Партия считала церковь движущей силой подобных проявлений народной религиозности, но фактически кампания по борьбе с суевериями велась на том поле, где интересы государства совпадали с интересами церкви354. 10 сентября 1958 г., перед тем как информация о начале новой антирелигиозной кампании стала достоянием общественности и еще до того, как партия и правительство приняли секретные постановления, Карпова направили в Одессу для встречи с патриархом Алексием355. Карпову было дано поручение деликатного свойства: проинформировать патриарха о начинающейся кампании и заручиться его содействием, но в то же время заверить, что государство по-прежнему будет поддерживать «нормальные» отношения с церковью. Тем не менее когда Карпов проинформировал патриарха о намерении партийного руководства закрыть Киево-Печерскую лавру, патриарх пригрозил уйти в отставку – а такой ход событий был бы совершенно неприемлем для Совета по делам РПЦ, который всегда следил за реакцией зарубежной общественности на положение религии в СССР. Карпов был вынужден разрядить напряженную обстановку и заверить патриарха, что у того «нет оснований… сомневаться в искренности отношений [государства] к нему», а затем перевел разговор на тему, по которой они могли достичь компромисса: о мерах по искоренению суеверий. Карпов попросил патриарха заняться проблемой так называемых «кликуш» – этот термин использовался в отношении верующих женщин, которые считались одержимыми демонами; кликуши были постоянным явлением в жизни православной церкви356. Докладывая об этой встрече, Карпов отметил, что хотя патриарх оценил ситуацию вокруг Киево-Печерской лавры как «сложную», он сказал Карпову, что церковь считает кликушество формой суеверия, и отозвался о кликушах как о «шарлатанках», «жулье» и «беснующихся больных людях». Поскольку церковь считала суеверие грехом и «плодом невежества», патриарх заверил Карпова, что он уже дал указания священникам, чтобы те не совершали молебствий у любых «так называемых „святых“ деревьев, колодцев, родников, ключей», и что он даст также указания относительно кликушества.

28 ноября 1958 г. Президиум ЦК КПСС принял постановление «О мерах по прекращению паломничества к так называемым „святым местам“»357. В ходе антирелигиозной кампании власти захватывали такие святые места и либо закрывали их, либо приспосабливали для иных целей. Святые колодцы заливали цементом, оправдывая их закрытие тем, что они были антисанитарными и являлись рассадниками малярии и венерических болезней358. Иногда святые места превращали в пионерские лагеря359. В других случаях они становились свинофермами. Новая антирелигиозная кампания была также направлена на разоблачение самозваных религиозных лидеров («самочинцев»), в частности местных жительниц, которые в отсутствие религиозных учреждений часто выступали как хранительницы религиозных знаний, или же незарегистрированных органами власти священников и мулл, которые осуществляли богослужения и требы и иногда переходили из деревни в деревню, чтобы избежать наказания. Даже накануне периода наиболее антагонистических отношений между советским государством и церковью обе стороны могли прийти к соглашению относительно некоторых дефиниций и задач, например относительно антагонизма отсталости и просвещения. легитимной и нелегитимной власти. Антирелигиозная кампания, таким образом, была еще и дисциплинарным проектом: чтобы контролировать религию, было пересмотрено понятие религии, с тем чтобы включить в него такие элементы, которые не были институциональными и коренились в индивидуальной вере. В этом смысле заинтересованность церкви в том, чтобы провести более четкую границу между верой и суеверием, совпадала с повесткой хрущевской кампании, в рамках которой борьба с суеверием была частью более масштабного проекта строительства современного, рационального советского общества.

В январе 1960 г., вскоре после того, как Центральный комитет КПСС издал постановление «О мерах по ликвидации нарушений духовенством советского законодательства о культах», Карпов написал письмо Хрущеву. В этом письме он доказывал необходимость сохранения «нормальных» отношений с церковью, особенно поскольку Советский Союз «еще не може[т] отказаться от известного использования церковных организаций за границей в наших государственных политических интересах…»360 Тем не менее на фоне агрессивной антирелигиозной политики того времени позиция Карпова становилась все более шаткой. Вскоре после отправки этого письма Хрущеву Карпов был смещен со своего поста, а большая часть «старой гвардии» Совета по делам РПЦ подверглась чистке; тем самым был послан недвусмысленный сигнал, что миссия Совета заключается не в нормализации церковно-государственных отношений, а в том, чтобы служить орудием партии в антирелигиозной кампании.

Письмо Карпова и реакция на него партийного руководства подчеркнули увеличивавшийся разрыв между «старой гвардией», по-сталински ставившей акцент на задачах управления, и новым поколением, акцентировавшим задачи хрущевской идеологической мобилизации. Показателем этого разрыва стало назначение Владимира Куроедова на место Карпова. Куроедов, которому предстояло занимать пост председателя Совета по делам РПЦ (а затем – Совета по делам религий) в следующие двадцать пять лет, сделал карьеру партийного аппаратчика, в том числе возглавлял отдел пропаганды ЦК Коммунистической партии Литовской ССР, был секретарем Свердловского и Горьковского областных комитетов партии и главным редактором областной газеты «Горьковская коммуна». Перед тем как возглавить Совет по делам РПЦ, он работал в партийном аппарате Москвы. В 1960 г. Фурцева, которая в тот период курировала дела религий в Центральном комитете КПСС, пригласила к себе Куроедова и сообщила, что его кандидатура рассматривается как возможная замена Карпову361. У Куроедова не было ни знаний, ни опыта в религиозных делах; как он вспоминал впоследствии, руководство делами религий было для него «совсем незнакомое дело и должность» и он не испытывал «восторга» в отношении перспектив этой работы. Тем не менее на следующий день Куроедова вызвали на заседание Постоянной комиссии по идеологическим вопросам при Президиуме ЦК КПСС, где Суслов сообщил ему, что назначение утверждено, и проинструктировал, что церковь получила слишком много свобод и «распустилась» и что «надо наводить порядок». Настроение было воинственное, и идеологический истеблишмент, судя по всему, был уверен, что СССР стоит на пороге «окончательного искоренения религии»362.