В конце войны, поскольку русские иерархи в Маньчжурии тайно отправили ходатайство о присоединении к Московскому Патриаршеству, Корейская Миссия, возможно, была передана под их власть уже в 1944 г., хотя сама Харбинская епархия РПЦЗ формально перешла в юрисдикцию Московского Патриарха только 27 декабря 1945 г. В соответствии с датированным этим же числом указом Патриарха Алексия I управляемая о. Поликарпом Корейская Миссия, «временно самостоятельная», была принята в ведении Московского Патриарха, а сам архимандрит утвержден ее настоятелем. [3, с. 59] 1 апреля 1946 г. архиепископ Харбинский Нестор (Анисимов) написал архимандриту Поликарпу, что Корейская Миссия включена в состав новообразованного Восточно-Азиатского экзархата. Это известие было получено в Сеуле 29 мая и признано в ответном письме о. Поликарпа от 21 июня 1946 г., приложившем к нему отчет о своей деятельности и состоянии Миссии. [8, л. 174] Таким образом, несмотря на временное прерывание связей, Корейская Духовная Миссия неизменно оставалась преданной Московскому Патриархату.

В указанном письме архиепископу Нестору о. Поликарп писал: «Преждевременная кончина Владыки Митрополита Сергия неблагоприятно отразилась на Духовных Миссиях в Японии и в Корее… Епископ Николай Оно, ставленник японской жандармерии и возглавитель «группы маловеров-спекулянтов» (выражение покойного Владыки Сергия. А. П.) среди большинства православных японцев остался не признанным. И, конечно, после окончания войны наш Владыка Митрополит автоматически возглавил бы опять Японскую Православную Церковь… И наша Миссия в Корее вздохнула бы тогда облегченно… приходится много времени и сил употреблять на то, чтобы «отлаиваться»… Простите, так в шутку я называл свою деятельность при японцах, которые особенно в период войны 1941–1945 гг. с разных сторон подбирались к имуществу Миссии. К сожалению, вместо отдыха и регулярной прямой работы по Миссии, приходится продолжать «отлаиваться»… Будь жив Владыка, ничего, пожалуй, этого не было бы. Но… Владыки нет… Вы поймете, поэтому, мою особенную благодарность местному Генеральному Консульству СССР, которое помогло мне связаться с Патриархией и с Вашим Высокопреосвященством. Остро чувствовавший раньше одиночество и оторванность в работе по защите от посягательств на имущество Миссии, я опять обрел силы и надежду видеть спасенным здесь слабо тлеющий огонек Православия, готовый вот-вот затухнуть. Не оставьте же Ваше Высокопреосвященство, Высокопреосвященнейший Владыка, нашей Миссии без своих забот и попечений. Верю, что под мудрым водительством Вашего Высокопреосвященства – опытного миссионера – положение Духовной Миссии в Корее закрепится, – и из захиревшей, почти мертвой, она восстанет обновленной и цветущей». [8, л. 175–176]

Вторая мировая война не очень заметно повлияла на жизнь не только «белой», но и «красной» русской колонии в Корее. Даже после того, как 8 августа 1945 г. СССР официально объявил войну Японии, сотрудники советского консульства не были арестованы, японские власти лишь запретили им покидать территорию консульства. Эти ограничения действовали только неделю, так как 15 августа война в Корее завершилась, и страна освободилась от 35-летней оккупации. [1, с. 155] Изгнание японцев, раздел Кореи на северную и южную части по 38-й параллели, и установление там соответственно «коммунистического» и «демократического» режимов стало началом нового этапа истории Православной Миссии, очень осложненного постепенно разгоравшейся борьбой двух послевоенных сверхдержав – СССР и США. Контраст между строгим контролированием и притеснением христиан на Севере Кореи, где они представлялись опасными конкурентами коммунистов, и поддержкой христиан на Юге, где американцы видели в них естественных союзников, вызвал «религиозную эмиграцию» на юг. Это стало причиной переезда в район Сеула некоторого количества православных корейцев и антисоветских настроенных русских эмигрантов из Северной Кореи и Маньчжурии.

Вызванная притоком беженцев острая нехватка жилой площади стала причиной новых покушений на собственность Духовной Миссии. Некоторые из покинувших Китай русских эмигрантов участвовали в попытке захвата Миссии в 1925 г. Среди участников этого покушения был и диакон Алексий Ким Ки Хан. В 1930-х гг. он трудился в Миссии, но, согласно свидетельству архимандрита Поликарпа, по причине слабого образования и отсутствия интереса к миссионерской работе оказался мало полезен для дела. Митрополит Сергий терпел о. Алексия присутствие в Миссии лишь постольку, поскольку он был, по словам Владыки, «осколком от старой Миссии» (Ким учился в миссийской школе в 1907–1912 гг.). Таким образом, диакон Алексий фактически был временно принят на службу в Миссию из жалости и нежелания дать повод упрекнуть русских в безразличии к миссионерским трудам среди корейцев. [19, 359–360]

Тем временем, изменилось настроение прежней «белой» эмиграции в Сеуле, прежде всего в связи с политикой советских властей по оказанию помощи интеграции русской православной диаспоры с Московским Патриархатом, за что архимандрит Поликарп к лету 1946 г. выразил благодарность генеральному консульству СССР в Сеуле. [8, л. 175] Многие из этих русских приняли советское гражданство и уехали из Сеула после того, как консульство СССР было закрыто американцами в 1946 г. из-за его предполагаемой поддержки нелегальной левой оппозиции. К лету 1947 г. взрослое русское эмигрантское население Сеула сократилось примерно до 20 человек. [20, с. 48]

В первое послевоенное время, видя доброжелательное отношение к христианским миссионерам со стороны американских военных властей в Корее, о. Поликарп, подобрав себе новых помощников, возобновил активную миссионерскую деятельность. В этом деле ему, по благословению Московского Патриарха, оказывал материальную помощь Восточно-Азиатский экзархат (с центром в Харбине). [9, л. 10] Кроме того, архимандрит предпринял попытку упорядочить деятельность Миссии и расширить помещения для ризницы, библиотеки, церковных собраний и т. д. Для этого необходимо было отказать в аренде миссийских зданий ряду лиц, проживавших в Миссии и даже незаконно сдавших в целях прибыли часть занимаемых квартир. Обиженные квартиранты старались оклеветать о. Поликарпа перед властями. В частности, пользуясь националистическими чувствами корейцев, эти люди распространяли слухи о том, что имущество Миссии принадлежит ненавистной Японии (при этом вспоминалось о регистрации собственности Миссии в 1925 г., проведенной архимандритом Феодосием). [19, с. 360] Архимандрит Поликарп так писал об этой ситуации в упоминавшемся письме архиепископу Нестору от 21 июля 1946 г.: «В Корее у нашей Миссии находятся «доброжелатели» из русских беженцев, которые по некоторым соображениям (главный образом, кажется, потому, что хотят удержаться в миссийских удобных для них квартирах) наговаривают американцам, что наша Миссия, мол, была японским имуществом (это базируют на том основании, что некоторое недвижимое имущество зарегистрировано на имя Имущественного Общества Японской Православной Церкви…) и поэтому-де теперь имущество должно перейти американцам». [8, л. 175]

Представление, что это было «японское имущество» оказалось широко распространенным и среди корейцев и сыграло существенную роль в дальнейших событиях. Конфликт тлел до 1947 г., когда для участия в конференции по вопросу объединения Кореи в Сеул приехала советская комиссия, снова разместившаяся в здании Российского консульства рядом с Миссией и превратившая эту часть Чонг-Донга в «центр коммунистической