Не успел, однако, Ричард уехать, как раздоры вспыхнули вновь. Тамплиеры открыто заключили союз с Дамаском и игнорировали соглашение с Египтом. К тому же папа и император теперь были врагами, они попытались вынудить Египет расторгнуть договор. Мусульманский князь аль-Джаувад, претендент на власть в Дамаске, бежал в Акру. Дамаск потребовал его выдачи и одновременно выслал в обмен за его голову некую денежную сумму. Аль-Джаувад был отправлен в Дамаск и там задушен. В 1242 г. тамплиеры напали на Хеврон и близ Аскалона вступили в бой с египтянами. Позднее, в этом же году, какие-то христиане, возможно тамплиеры, напали на Неаполис (Наблус). Как сообщал современник тех событий Мэттью Парижский, орден «самовольно нарушил договор с Египтом».

В то же время в апреле 1243 г. Конрад становился совершеннолетним. Фридрих уже не имел никаких прав в Сирии, и надеяться на то, что тамплиеры и сеньоры продлят время его регентства, не приходилось. Все они открыто поддержали новых кандидатов на регентство Алису Кипрскую и ее мужа Ральфа де Суасона. Общественное мнение в Сирии, всегда симпатизировавшее Дамаску, качнулось в сторону тамплиеров. Была предпринята последняя попытка спасти положение, и, несмотря на то что их орден вел на севере войну с Алеппо, госпитальеры в Акре задумали совершить государственный переворот. Весенней ночью 1242 г. Риккард Филангьери тайно прибыл из Тира в Акру; у потерны, ведущей в город, его встретили госпитальеры. Его провели в резиденцию ордена, где он провел совещание с госпитальерами и двумя городскими купцами, вероятно пизанцами. Они вышли на улицы, чтобы призвать своих сторонников и собрать как можно больше добровольцев. Однако они действовали неосторожно, и слух об их приготовлениях дошел до Филиппа де Монфора, главы партии противников императора. Он собрал своих людей вместе с генуэзцами и венецианцами, которые не испытывали симпатии к Фридриху, и поспешил к резиденции госпитальеров. Филипп послал гонцов к Балиану Ибелину, сеньору Бейрута, который устремился на север, чтобы помешать бегству Филангьери. Однако он опоздал; до Филангьери дошли тревожные вести, и он бежал и вскоре уже был в безопасности в Тире.

Тем временем Акра стала напоминать скорее город ростовщиков, чем крепость крестоносцев. Генуэзцы и венецианцы, принадлежавшие к партии гвельфов, сражались на улицах с гибеллинами-пизанцами. Генуэзцы осадили резиденцию госпитальеров. К ним вскоре присоединились Ба-лиан Ибелин и тамплиеры, которые спешно прибыли из Кесарии. Осада резиденции госпитальеров длилась около полугода. Одновременно тамплиеры воспользовались ситуацией и сожгли дотла церковь тевтонских рыцарей. Магистр госпитальеров Петр де Вьей Брид прибыл из Маргата, где он готовил войну с Алеппо, и расположился лагерем под стенами города. Он умер 17 сентября, и его сменил на посту магистра Гийом де Шатонёф, который был рядовым братом за десять лет до своего избрания, а к 1241 г. стал маршалом ордена. По-видимому, Гийом симпатизировал политике гибеллинов, как и его предшественник. Во время начавшихся переговоров он отрицал, что знал о заговоре, и настаивал, что весь орден не должен страдать за ошибки нескольких членов. Было достигнуто соглашение, и осада резиденции госпитальеров была снята.

В 1243 г. был захвачен Тир, и последняя императорская твердыня в Латинской Сирии пала, хотя новый байли остался в Триполи. Филангьери был отозван в Европу. Поражение императора означало конец внешней политики госпитальеров. В начале 1244 г. Жоффруа де Саржин и тамплиеры отправились в Яффу на встречу с представителями Дамаска, и, когда весной вспыхнула война между Египтом и Дамаском, против Египта сложился союз Дамаска, Керака и христиан. Госпитальеры не могли противостоять церковным иерархам, тамплиерам и сеньорам.

Они неохотно согласились присоединиться к лиге, хотя и они, и тевтонские рыцари выступали против нее. Патриарх Иерусалимский писал, что решительно все христиане объединились против Дамаска. Но существовала еще одна причина для подобного единства, та самая причина, что привела султана Дамаска и мусульманского правителя Керака в Акру, где тамплиеры устроили им торжественную встречу. Египет призвал на помощь хорезмийцев.

Правитель Египта был разгневан. Именно тамплиеры нарушили договор Ричарда Львиное Сердце. Оказавшийся лицом к лицу с наступательным союзом Дамаска, Керака и Акры, раздраженный многими мелкими провокациями, султан обратился к хорезмийцам. Исмаил и Ан-Насир, как только они услышали об этом, поспешили в Акру и потребовали помощи, которую им ранее обещали франки. Часть Египта могла отойти к христианам, добейся они успеха.

Хорезмийцы в июне обрушились с севера подобно буре. Гийом де Шатонёф и Арман де Перигор прибыли в Иерусалим и помогли эвакуировать город. Но они покинули его до того, как 11 июля вторглись хорезмийцы. Гийом де Сан-ли, Великий командор госпитальеров, был убит в сражении. Гарнизон держался до августа, но в октябре, сражаясь в одном строю с египтянами, хорезмийцы встретились при Газе с объединившимся в союз противником. Объединенное войско франков и Дамаска было уничтожено. Потери среди рыцарских орденов были особенно тяжелыми: магистры тамплиеров и госпитальеров были взяты в плен и увезены в Египет. Потери сражения при Газе (более 5 тысяч убитыми, 800 пленными) уступали только потерям Хаттина. Магистр госпитальеров оставался в плену в Каире до 1250 г., освободили его совершенно больным человеком. Почти шесть лет орденом управлял заместитель магистра Жан де Ронай, который был командором Триполи и одно время Великим командором Газы.

Когда до Фридриха II дошла весть о потере Иерусалима и разгроме при Газе, он обвинил тамплиеров и сеньоров Сирии в том, что они не прислушались к совету госпитальеров и тевтонских рыцарей. В 1245 г. на Лионском соборе папа Иннокентий IV объявил о свержении Фридриха II, который ответил на это тем, что полностью прекратил поставку в Святую землю необходимых ей товаров. Духовно-рыцарские ордена получили приказ пресекать всякие попытки оказать императору поддержку, а также поспособствовать удалению его представителей из Триполи. Однако многие остались привержены императору, на что указывает сообщение о том, что где-то в 1247 г. магистр ордена тамплиеров получил предписание наказать каждого госпитальера и тевтонского рыцаря, принявших сторону императора.

Прибытие Людовика IX Святого во главе нового крестового похода не залечило полностью раны, несмотря на то что было во всеуслышание заявлено, что король примирил тамплиеров и госпитальеров. Представители обоих орденов участвовали в совете, который принял решение о походе в Египет. Но понятно, что они согласились на это крайне неохотно, потому что было еще свежо воспоминание о Газе. Магистр ордена тамплиеров и маршал госпитальеров Гийом де Корсель написали королю Франции, что Египет, Алеппо и Дамаск ведут переговоры о союзе и что тамплиеры и госпитальеры опасаются за судьбу Яффы и Кесарии, оказавшихся перед лицом объединенного ислама. Гийом де Корсель позднее писал, что переговоры с мусульманами закончились ничем и что Алеппо стремится заключить мир с Людовиком IX. В это же время магистр тамплиеров Гийом де Соннак сообщал, что к нему обратился египетский эмир, представлявший интересы султана, с предложением о мире с крестоносцами. Ходили упорные слухи, что сам магистр был инициатором переговоров и король Людовик IX запретил ему вступать без его разрешения в переговоры с египтянами. Однако к 1252 г. тамплиеры при новом магистре Рено де Викьере снова вернулись к своей прежней политике и начали налаживать контакты с Дамаском. Людовик II должен был употребить все свое влияние, чтобы сохранить договор с Египтом. Госпитальеры продолжали поддерживать Гогенштауфена. В самый разгар Войны Святого Саввы в 1258 г. Боэмунд VI, князь Антиохии и граф Триполи, пригласил свою сестру Плезанцию и своего племянника Гуго II, короля Кипра, приехать в Акру. Он обратился в Высший (Верховный) суд с просьбой подтвердить законность притязаний Гуго на право наследования престола после Конрадина Гогенштауфена, признав его хранителем королевской власти. Если бы эти притязания были признаны законными, то Плезанция могла бы стать регентом. Боэмунда поддержали тамплиеры, тевтонские рыцари, пизанцы и венецианцы. Госпитальеры вместе с генуэзцами, братствами и несколькими влиятельными сеньорами заявили, что нельзя ничего решать в отсутствие Конрадина, но их оппоненты были в большинстве.