Госпитальеры оказались теперь в невыгодном положении. Их поддержка Раймунда оттолкнула от них значительную часть армянской аристократии, а тем временем Боэмунд удерживал Антиохию. Они не могли позволить себя потерять свое влияние в обоих государствах и поэтому решили умиротворить правящую партию в Армении. Госпитальеры обязались добровольно каждый год отряжать Константину 400 конных воинов. В 1224 г. армяне подняли восстание против Филиппа Антиохийского, четвертого сына Боэмунда IV, который взял в жены Изабеллу, но был слишком благосклонно настроен к своему франкскому окружению в ущерб своим новым подданным. Филипп был брошен в тюрьму и позднее отравлен. Молодая королева Изабелла, овдовев, направилась в Селефкие (Селевкию) к госпитальерам за помощью. За ней в погоню устремился Константин, он потребовал, чтобы она сдалась ему. Госпитальеры не знали, что предпринять; было бы бесчестием для них оставить юную королеву без поддержки, но их положение было тяжелым, замку угрожали сельджуки, и они хотели сохранить добрые отношения с армянами. Их окончательное решение было не менее позорным. Они продали Селефкие Константину и покинули замок, оставляя его регенту во владение, оставив в нем безутешную Изабеллу. Королеву заставили замуж за сына Константина, породнив тем самым семейства Рубенидов и Хетумидов.

Взаимоотношения госпитальеров и армян оставались добрыми на протяжении всего XIII в. Еще прежде 1228 г. Константин и его отец стали собратьями госпитальеров. Магистр Гийом де Шатонёф и граф Яффы в 1252 г. договорились о браке Евфимии, дочери Хетума I, с Юлианом Сидонским. В 1281 г. госпитальеры, вероятно, сражались вместе с армянами в составе монгольского войска в битве при Хомсе, а в следующем году магистр послал на помощь Киликийской Армении 100 конных воинов. Даже после падения Акры с Кипра посылалась регулярная помощь в Киликию. Госпитальерам было необходимо поддерживать дружеские связи с Киликией, потому что орден находился, как правило, в плохих отношениях с Боэмундом и его наследниками, и к тому же существовал конфликт ордена с тамплиерами по поводу Гибелы. Боэмунд изгнал гарнизон госпитальеров из Антиохии; он продолжал завладевать многими объектами собственности ордена, насильственно вторгся в его монастырь в Триполи, подвергнув избиению одних братьев и убив других. Он был отлучен от церковного общения, и в 1226 г. папа разрешил ордену вернуть себе свою собственность и цитадель Антиохии с помощью военной силы. Папа согласился подвергнуть отлучению каждого, кто имеет отношения с графом. Возможно, имперский посланник примирил на время Боэмунда и госпитальеров, но в 1230 г. папа подтвердил свое решение об экскоммуникации Боэмунда по просьбе ордена.

К 1231 г. Боэмунд уже постарел и начал искать пути примирения с церковью. Его отношения с тамплиерами были теперь менее тесными, в то время как Фридрих II начал проводить новую политику и перестал оказывать поддержку северным государствам крестоносцев в их борьбе против мусульман. Боэмунд согласился на посредничество патриарха Иерусалимского, отказался от всех своих претензий к ордену и передал ему права на сбор ренты в Антиохии и Триполи. В обмен на это госпитальеры согласились отказаться от всех дарений, полученных ими от Раймунда-Рубена, за исключением Гибелы и Шато-де-ла-Вьей. В 1233 г. папа подтвердил это соглашение и снял отлучение с Боэмунда, который вскоре после этого скончался.

Его наследники продолжали предъявлять друг другу взаимные притязания, причиной которых было чувство неудовлетворенности, которое испытывали князья после окончания войны за наследство, и ощущение своей собственной слабости, что побуждало их оспаривать права могущественных сеньоров. Не надо забывать, что орден госпитальеров был крупнейшим земельным собственником. Особенно обострились земельные споры в правление Боэмунда V, Боэмунда VI, Боэмунда VII. Несмотря на то что эти князья иногда участвовали в кампаниях ордена против сарацин и обе стороны не раз соглашались оставить на время свои претензии при себе, госпитальеры в 1236 г. объединились с ассасинами в борьбе против Боэмунда V и поддерживали наиболее рьяных противников князей – семейство Эмбриако, сеньоров Гибелета (Джубайля, он же древний Библ). В 1212 г. Ги, сеньор Гибелета, стал собратом, освободив орден от сеньориальных налогов на движимое имущество в своем фьефе. Сеньор Гибелета Генрих даровал привилегии госпитальерам в обмен на их согласие обеспечить защиту крепости как в настоящее время, так и в будущем. В 1274 г. сеньор Ги II доверил охрану своего семейства госпитальерам. Неудивительно, что они поддержали мятеж Эмбриако в 1258 г. и неудавшийся мятеж Ги против Боэмунда в 1282 г., когда он был вынужден искать убежище в их резиденции в Триполи. Боэмунд держал ее в осаде, пока не были обговорены и приняты условия сдачи Ги. Последствия соглашения были трагичны, так как Ги и его соратники были казнены, несмотря на гарантии, данные ордену.

Только в 1288 г., когда госпитальеры приняли активное участие в возведении на престол графини Люсии, орден и графство Триполи окончательно примирились. В следующем году Триполи захватили мамлюки.

Проармянская политика ордена и его традиционная враждебность к Антиохии и Триполи помешали налаживанию сотрудничества между христианами на севере. Ситуация в Иерусалимском королевстве была во многом схожей. Как только госпитальеры уладили конфликт в Антиохии, между орденом Храма и орденом Святого Иоанна началось очередное противостояние, самое серьезное среди всех, имевших место, и во многих отношениях самое типичное. К тому времени, когда оно закончилось, была потеряна возможность для политического и военного возрождения государства, и Иерусалимское королевство вступило в последнюю стадию своего распада.

В 1222 г. король Иоанн решил отправиться с визитом в Европу. Он хотел обговорить с папой возможную помощь для европейских поселений в Палестине и найти жениха для своей юной дочери Иоланты, наследницы трона Иерусалимского королевства, для того чтобы передача власти прошла успешно. Он прибыл в Италию в октябре, и в его свите были патриарх Иерусалимский, магистр госпитальеров Гарен де Монтегю и Великий командор ордена Храма. Император Фридрих II взял на себя обязательство организовать крестовый поход самое раннее в 1225 г.; 27 апреля 1224 г. он торжественно принял Крест в присутствии короля Иоанна и представителей рыцарских орденов. 29 ноября 1225 г. состоялась свадьба императора и Иоланты в кафедральном соборе Бриндизи. Затем, не обращая внимания на протесты своего тестя, который полагал, что ему будет позволено продолжать управлять Святой землей, Фридрих II возложил на себя корону Иерусалимского королевства.

Фридрих в первые годы своего правления выказал благосклонное отношение к тамплиерам и госпитальерам. Однако между ноябрем 1226 г., когда он заключил соглашение с госпитальерами, рассматривая его как часть своих приготовлений к крестовому походу, и мартом 1228 г. Фридрих приступил к конфискации собственности тамплиеров и госпитальеров на Сицилии. Пострадали не только ордена; эти события совпали с выборами папы Григория IX и с ухудшением отношения между церковью и империей. В это же время Фридрих II начал переговоры с мусульманскими правителями Ближнего Востока. Пользуясь традиционным соперничеством Каира и Дамаска, он начал зондировать почву на предмет их реакции на возможный союз с Каиром. Египет отнесся к этому положительно, но интриги императора и, возможно, его связи с ассасинами, которые, как мы видели, были данниками госпитальеров, осложнили положение орденов. Прежде чем Фридрих II успел добраться до Сирии, он серьезно скомпрометировал себя в глазах тамплиеров и госпитальеров. Он конфисковал значительную часть их собственности на Сицилии и начал переговоры с сарацинами, в ходе которых затронул часть договоренностей госпитальеров в той части Сирии, где была сосредоточена их собственность. Мусульманский хронист Ибн-Натиф пишет, что тамплиеры и другие христиане на сирийском побережье с тревогой ждали прибытия императора.