После Крымской войны Русская Духовная Миссия получила возможность вернуться в Иерусалим. Русский Синод назначил ее главой не архимандрита, как было раньше, а епископа. Эта мера должна была повысить статус миссии в глазах местных властей и жителей Иерусалима – в новых условиях это казалось очень важным. Аналогичный случай будет иметь место в 20-е годы XX столетия, когда для наблюдения за делами Русской миссии со стороны Русского зарубежного синода тоже будет назначаться архиерей.

Период с окончания Крымской войны и до назначения в Иерусалим о. Антонина (Капустина) в 1864 году был для Русской Духовной Миссии переходным. С одной стороны, в составе миссии работали замечательные люди, помогавшие церкви на иных поприщах. С другой – все эти годы миссию сотрясали непрерывные конфликты: с русским МИДом, с Иерусалимским патриархом, внутри миссии – между ее сотрудниками и начальником. В конце концов, миссия оказалась на грани закрытия и превращения в обычную посольскую церковь, а Иерусалимский патриарх в какой-то момент даже отказал начальнику миссии в праве служения на святых местах. Эта ситуация будет распутана в середине 60-х годов о. Антонином (Капустиным, 1817–1894), который умел совмещать собственную инициативу с тонким лавированием между российским Синодом и МИДом.

О. Антонин был выходцем из примерно той же среды, что и его предшественник – архим. Порфирий (Успенский), первый начальник Русской Духовной Миссии. Это была среда провинциального русского духовенства. Несколько поколений предков архимандрита Антонина были священниками в Зауралье – в селе Батурине Пермской губернии. Учился будущий архимандрит в Далматовском духовном училище, в Пермской семинарии и затем в Киевской Духовной Академии.

Круг интеллектуальных интересов о. Антонина был удивительно широк: его увлекали современные и древние языки, богословие, история, археология, эпиграфика, палеография, нумизматика, астрономия, изобразительное искусство и архитектура. При этом он обладал еще и выдающимися организационными способностями.

Во главе Русской Духовной Миссии он стоял почти тридцать лет: с 1865 по 1894 год. Эти десятилетия стали целой эпохой в истории русского присутствия на Святой Земле. Большинство храмов, монастырей и других русских построек, которые сохранились до сегодняшнего дня, было воздвигнуто при личном участии о. Антонина. Большая часть земельных участков, и по сей день принадлежащих русской церкви, была куплена им. Три из пяти русских монастырей, находящихся в наше время на Святой Земле, также были основаны о. Антонином, притом что сам он в монастыре никогда не жил.

Императорское Православное Палестинское Общество (ИППО) – со всеми своими школами, гостиницами и больницами – было отдельной от миссии организацией, но и оно тоже возникло при содействии о. Антонина. Более того, можно сказать, что до назначения главой общества брата царя – Великого Князя Сергея Александровича, ИППО воспринималось скорее как «общество друзей архимандрита Антонина», чем как самостоятельная организация. А когда это общество возглавил брат царя Великий Князь Сергий Александрович, оно приобрело фактически государственный масштаб.

До Святой Земли о. Анонин провел почти 15 лет на греческом Востоке: 10 лет – настоятелем русской посольской церкви в Афинах, которую сам и отстроил, а затем 5 лет – настоятелем русской церкви в Константинополе. В Афинах о. Антонин принимал участие в археологических экспедициях. Особый интерес у него вызывала эпиграфика – изучение византийских надписей на греческом языке. За десять лет пребывания в Афинах он обнаружил, переписал и исследовал 200 христианских надписей VI–VII вв. В Греции о. Антонин начал читать византийские рукописи, и это стало еще одним из его серьезных научных интересов. Из Афин он совершил свои первые поездки в Рим (1852), Иерусалим и Египет (1857), где познакомился с различными рукописными собраниями. В 1859 году о. Антонин впервые побывал на Афоне, где посвятил много времени исследованию древних рукописей и книг, а также описанию нескольких монастырских книгохранилищ.

Пять лет, проведенных в Константинополе, стали для о. Антонина самыми плодотворными в научном отношении. Заниматься раскопками здесь ему не пришлось, но зато было много работы с рукописями и надписями. В 1862 году архим. Антонин составил каталог 624 византийских рукописей библиотеки Иерусалимского Святогробского подворья в Константинополе. Работая над этим собранием, он первым обратил внимание ученых на уникальный рукописный сборник, содержащий текст раннехристианского произведения Дидахе, написанного на рубеже I и II веков и считавшегося утерянным. Имея опыт работы с рукописями в Константинополе и на Афоне, в 1870 году Капустин составил описание двух тысяч рукописей монастыря св. Екатерины на Синае – первый в истории каталог Синайского собрания.

В сентябре 1857 года о. Антонин впервые совершил путешествие на Святую Землю: ему как раз исполнилось 40 лет. Это путешествие было паломническим: Капустин провел на Святой Земле всего пять дней и даже не предполагал, что ему предстоит прожить в Иерусалиме 30 лет и что именно иерусалимский период его жизни станет самым наполненным и плодотворным. Удивительная особенность мировосприятия о. Антонина заключалась в том, что в древних руинах Святой Земли он видел не только великое прошлое, но и великое будущее. В современных ему нехристианах Капустин видел будущих христиан. Возвращение в Яффу из Иерусалима о. Антонин описывал так: «Трехчасовой последний мой путь по Святой Земле совершен был под самыми благими впечатлениями. Прошедшее представлялось сладким сном, будущее – великолепным праздником»[2]. Человеку с таким видением мира предстояло стать выдающимся пастырем и строителем на Святой Земле.

Когда о. Антонин оказался в Иерусалиме в 1865 г. уже постоянно, то примером для него стала деятельность не только прямых предшественников, но также и западнохристианских миссий – католических и протестантских, уже два десятилетия активно работавших на Святой Земле. Их обычный миссионерский подход был прост: сначала лечить, потом учить, а уж после этого приглашать присоединиться к своей церкви. В середине XIX века, как раз в капустинское время, потери среди православной паствы Иерусалимского и Антиохийского патриархатов были огромные: в католичество переходили тысячи православных арабов. Архим. Антонин решил, что Русская миссия должна помогать местной церкви в сохранении паствы. В первую очередь через школьное образование, ведь именно этим были сильны католики. В результате работы Русской Духовной Миссии и других русских организаций к началу XX века на Ближнем Востоке было более сотни русских общеобразовательных школ.

Для создания прочной материальной базы на Святой Земле западные миссии приобретали земельные участки, а на них строили странноприимные дома, храмы и монастыри. То же самое стал делать о. Антонин, так что большая часть русских земель и недвижимости на Святой Земле была приобретена и обустроена именно при нем как для паломников, так и для появлявшихся на Святой Земле русских