В стране стала налаживаться мирная жизнь. У Марфы Ивановны появилось много обязанностей. В ее подчинении оказались две слободы, Калашная и Хамовная, в которых находились мастерские по производству различных тканей. Часть тканей использовалась для нужд царского двора, часть шла на продажу, и это приносило казне дополнительные доходы. За Москвой-рекой начали возделывать огороды, где выращивались всевозможные овощи для царской кухни. Марфа Ивановна строго следила за тем, чтобы вовремя был собран урожай и сделаны заготовки на зиму. В Рубцове под ее руководством разбили обширный сад, где были посажены яблони, вишни, крыжовник, смородина и другие ягодные культуры. Плоды собирались и хранились частично в свежем виде, частично в патоке. Из некоторых ягод делали настойки, наливки, морсы и квасы. Все это вскоре наполнило царские погреба, и проблем с продовольствием уже не возникало.

Великая государыня смирилась с тем, что ей приходится проживать в Вознесенском монастыре. Там же поселилась и ее вдовая сестра, которая также приняла постриг. Поскольку во главе церкви не было патриарха, многие церковные деятели стали обращаться за поддержкой именно к Марфе Ивановне. Она помогала монастырям получить налоговые льготы, отстоять свои земельные владения во время конфликтов с другими землевладельцами и т. д.

Ее покровительством стали пользоваться все сирые и обездоленные вдовицы, старики, убогие и болящие. Особую заботу Марфа Ивановна проявляла о насильно постриженных женщинах царского рода. Некоторые царицы по ее просьбе были переведены в московские монастыри (Мария-Елена Буйносова — в Новодевичий, Прасковья Соловая — в Ивановский), другим к каждому церковному празднику присылались подарки. Хотя Марфа Ивановна не жаловала представительниц рода Годуновых, Ксению — Ольгу Годунову и Евдокию — Александру Сабурову, но и они не оставались без ее заботы и, когда пришло время, были достойно похоронены первая — в Троице-Сергиевом монастыре вместе с родителями и братом, вторая — в Вознесенском монастыре вместе с царями и царевнами. В Тихвинском монастыре остался прах только Анны Колтовской, четвертой жены Ивана Грозного, которая по церковным правилам уже не считалась законной супругой.

Одной из главных забот Великой государыни стала женитьба сына — ведь ему следовало основать династию и иметь наследников. С выбором невесты затруднений не было. Уже давно сердце Михаила было отдано веселой хохотушке Марии Ивановне Хлоповой, с которой он познакомился в далеком детстве в селе Клин (ее дядя был приставом у ссыльных Романовых). Выбор Михаила был всеми поддержан, так как невеста происходила из древнего, хотя и не самого знатного рода. Однако ее предки уже состояли в родстве с царями: матерью пятой жены Ивана Грозного, Анны Васильчиковой, была сестра Ильи Алексеевича Хлопова, царского постельничего; дочь Ильи Алексеевича была женой И. С. Нагого, родственника последней жены Ивана Грозного, Марии — Марфы Нагой.

Вообще родственные связи Хлоповых были обширны: с Олферьевыми, Шереметевыми, Троекуровыми, Собакиными, Сабуровыми и др., а через них — и с Романовыми.

Вопрос о свадьбе был окончательно решен в 1616 году. Марию поселили в верхних покоях царского дворца и нарекли Анастасией в честь знаменитой бабки Михаила — царицы Анастасии Романовны. Все ее родственники были приглашены ко двору и вошли в ближнее царское окружение.

Однако прежним царским фаворитам братьям Салтыковым не понравилось, что Хлоповы стали входить в царскую свиту и претендовать на хорошие должности и высокие чины. Поэтому они пытались при любом удобном случае оттеснить либо совсем прогнать соперников из царского дворца. Такой случай вскоре представился, поскольку именно Салтыковым было поручено оберегать здоровье невесты Михаила Федоровича.

Мария Хлопова, обладавшая неплохим аппетитом, очень увлекалась сладостями: всевозможными пастилками, фруктами в патоке, коврижками и пирогами. В то время пышная фигура считалась признаком женской красоты, поэтому не существовало понятия об ограничении в еде. Как-то после очередной порции сладостей у девушки началась рвота. Обеспокоенные родители обратились к Михаилу Салтыкову, и тот принес какую-то водочную настойку, якобы улучшающую пищеварение. От нее Марии стало еще хуже. Тогда позвали докторов-иностранцев. Осмотрев девушку, те пришли к выводу, что у нее от неправильного питания легкая форма желтухи. Ей было предписано не употреблять сладкое, острое и жирное.

Но Салтыковых такой диагноз не устроил, и они стали распространять слухи о том, что Мария неизлечимо больна. Об этом вскоре узнала и Марфа Ивановна. Она вызвала племянников и устроила им допрос. Борис и Михаил не стали сгущать краски по поводу здоровья царской невесты, но заявили, что, по мнению докторов, она не сможет иметь здоровых детей. Эта новость так поразила Марфу Ивановну, что она тут же побежала к сыну и стала убеждать его ни под каким предлогом не жениться на Хлоповой. Племянники убедили ее, что родственники невесты, желая приблизиться к трону, скрыли ее неизлечимую болезнь.

Новость оглушила Михаила, уже давно привязавшегося к Марии. Но вместо того, чтобы самому поговорить с будущей женой, он поручил матери во всем разобраться и принять правильное решение. Марфа Ивановна приказала обвинить Хлоповых во лжи и вместе с Марией выслать в Тобольск. Никаких оправданий с их стороны уже никто не хотел слушать. Они уже считались государственными преступниками и были помещены на особом дворе, больше напоминавшем тюрьму. В суровых сибирских условиях юная Мария серьезно простудилась и заболела воспалением легких. Без нужных лекарств вылечиться до конца ей так и не удалось. Михаил, узнав о плохом состоянии здоровья своей бывшей невесты, приказал перевести ее в Нижний Новгород. Вся эта история настолько повлияла на него, что о новой женитьбе он и слышать не хотел. К тому же из-за вторжения польских войск под руководством королевича Владислава, претендента на московский престол, в стране создалась напряженная обстановка. В случае победы поляков Михаилу грозила неминуемая гибель.

Однако подданные не предали своего избранника и отказались подчиниться Владиславу. И королевич вернулся домой ни с чем. В Москве же стали ждать возвращения из плена Филарета. 14 июня 1619 года Михаил наконец-то смог обнять отца. Не менее радостной и теплой была встреча Марфы с бывшим мужем. Оба пролили немало слез радости и воздали хвалу Богу за то, что их разлука закончилась. Правда, Марфа так и осталась жить в Вознесенском монастыре уже в качестве его игуменьи. Филарет же начал готовиться к принятию патриаршеского сана. Только его царь желал видеть на посту главы православной церкви. Для поставления Филарета даже специально пригласили иерусалимского патриарха Феофана, хотя это могли сделать и русские иерархи.

Марфа Ивановна поначалу