В 1798 году Фердинанд IV Неаполитанский (1759–1825), чья жена была сестрой королевы Франции, перешел на сторону антифранцузского лагеря. Силами своих войск он быстро отбил Рим, но в декабре этого же года французы оттеснили его в Неаполь, вынудив бежать в Палермо при помощи флота Горация Нельсона. Неаполь оказался на пути роялистов, наступающих французов, итальянских якобинцев и лаццарони (lazzaroni, люмпен-пролетарские элементы итальянского происхождения, поддерживающие революционные идеи). Прежде чем французы и якобинцы установили порядок, якобинцы и лаццарони устроили уличные беспорядки, унесшие жизни более 4 тысяч человек.

На территории Неаполитанского королевства Франция основала Партенопейскую республику в качестве еще одного государства-сателлита. Однако в Неаполе и практически по всей территории Италии росло недовольство новым правительством, которое компрометировало себя связью с вездесущей французской оккупацией, дорого обходившейся стране. В Неаполе новая республика ввела республиканские и атеистические празднования наряду со свободой вероисповедания. Партенопейская республика отказывалась принимать тех, кто когда-либо служил королю, и при этом не могла справиться с нехваткой хлеба и дров. Также посодействовали ослаблению региона и французские войска, продвигающиеся на север.

В результате под началом кардинала Фабрицио Диониджи Руффо было организовано сопротивление против роялистов. В январе 1799 года кардинал сформировал народное антиреспубликанское движение санфедизм (Santa Fede, «Святая вера»), в феврале высадился в Калабрии и выступил в сторону Неаполя. Параллельно с этим 32-тысячная русско-турецкая армия с экспедиционными войсками в количестве 40 человек захватила Корфу и прибыла на Адриатическое побережье Италии. Армия высадилась в Нижней Апулии, захватив города Таранто и Фоджа на севере и Авеллино, Ариано-Ирпино и Нолу на западе. В это же время Неаполю угрожали англо-сицилийские войска. 15 апреля 1799 года 500 сицилийско-неаполитанских роялистов вместе с британскими войсками высадились с британских кораблей, захватив город Кастелламаре-ди-Стабия. Вторая группа англо-сицилийских войск высадилась в Салерно, к югу от Неаполя (где в 1943 году высадились войска союзников), и подошла вплотную к городу, захватив по мере продвижения Виетри, Каву, Цитару, Пагани и Ночеру. Несмотря на то что французские войска храбро сражались с захватчиками, последовавший в мае захват островов Искьи и Прочиды завершил блокаду Неаполя, и 13 июня город был захвачен.

Во время восстания лаццарони в Неаполе погибло и пострадало много итальянских якобинцев. Установление нового порядка в городе в июне сопровождало 100 казней. Данная мера широко обсуждалась итальянцами, не в последнюю очередь потому, что она позволила наказать Бурбонов. Казненные к тому же были реформаторами. Куда меньше внимания уделялось десяткам тысяч итальянцев, погибших от рук французов.

Предвзятый подход к прошлому учит многому. Так, интервенция 1943 года не считается чем-то дурным, поскольку англо-американские войска поддерживали «правильные» стороны. И наоборот, русско-британская (а не французская) интервенция 1799 года рассматривается как «дурная», поскольку Рисорджименто ассоциируется с Францией, как и более поздние политические группы левого толка 1943–1946 годов, такие как Партия действий. Члены этой партии утверждали, что они – идейные потомки якобинцев, хотя не было ни одного доказательства тому, что идейное «влияние» последних было направлено против Неаполитанских Бурбонов, против которых выступил лишь Джузеппе Гарибальди в 1860 году.

В 1799 году в Неаполе была восстановлена монархия. Антифранцузские восстания вспыхивали и в других регионах, например в Пьемонте и Тоскане. Объединенные войска в 1799 году с помощью морской блокады Генуи британским флотом освободили некоторые территории от французских войск.

Однако в 1800 году Наполеон вернулся и наголову разбил австрийцев в битве при Маренго. В 1801 году Австрия и Франция заключили Люневильский мирный договор. Пьемонт и Ломбардия оставались под контролем Франции, Австрия сохраняла за собой Венецию и Венето. Тоскана была передана герцогу Пармскому в качестве компенсации Испании, отдавшей Франции Луизиану. Наполеон аннексировал Эльбу и Пьемонт в 1801 и 1802 годах соответственно.

В 1805 году Южная Италия вновь оказалась театром военных действий в Войне Третьей коалиции. Французы заняли часть Неаполитанского королевства, однако уже в ноябре 1805 года их вытеснили англо-русские войска. Они планировали защитить королевство, но население не оказывало им поддержки. Более того, события этого года оказали сильное влияние на дальнейшие события. Британский флот рассчитывал разбить объединенные силы Испании и Франции и освободить Неаполь, но Наполеон разбил Австрию и Россию при Аустерлице (на территории современной Чешской республики), тем самым парализовав новый режим в Южной Италии. Россия и Англия выводили свои войска, пока король Фердинанд пытался успокоить гнев Наполеона. Со всех сторон Италии приходилось отвечать на угрозы более могущественных врагов.

В 1806 году настоящим полем боя стала Калабрия. Крестьяне повсеместно выступали против войск и правительства. Французским войскам удалось подавить итальянский консерватизм в Калабрии путем жесткого насаждения нового порядка с помощью 48 000 солдат и карательных летучих бригад. Британцы, служившие в Италии в то время, отмечали, что Франция «была слишком жестока» по отношению к «вооруженному населению», у которого «не было оружия и боеприпасов в достаточном количестве».

Британская военная интервенция в Калабрию в 1806 году не смогла остановить боевые действия. Король Фердинанд бежал на Сицилию под защиту английского флота и гарнизона. Командующий английскими войсками лорд Уильям Бентинк установил на Сицилии британский конституционализм. Последовав примеру Фердинанда, Виктор Эммануил I (пр. 1802–1821) нашел пристанище на Сардинии.

Франция больше не насаждала республиканский строй. В 1806 году Наполеон вверил управление Неаполем своему брату Жозефу. В 1808 году Жозеф стал королем Испании, а бразды правления Неаполем перешли к самой младшей сестре Наполеона, Каролине, и Иоахиму Мюрату, его маршалу, главнокомандующему кавалерией и по совместительству мужу Каролины. Старшая из сестер, Элиза Бонапарт, стала княгиней Луккской в 1805 году и великой герцогиней Тосканской в 1809-м. Средняя сестра, Полина Бонапарт, получила титул герцогини Гвасталльской. Ее муж, князь Камилло Боргезе, стал генерал-губернатором французских департаментов на севере Италии.

Итальянцы в полной мере ощутили на себе стремление Наполеона к власти. Сделав себя президентом Итальянской республики (бывшая Цизальпинская республика) в 1802 году, в 1805 году он провозгласил себя королем Италии, назначив вице-королем своего пасынка, Эжена (Евгения) де Богарне. В этом же году Наполеон короновался в Миланском соборе, надев Железную корону Ломбардии. После победы над Австрией в 1806 году Наполеону отошли Венеция и Венето, в 1808 году – папские владения, а в 1810 – провинция Тренто. Он часто говорил о сохранении национального единства Италии в новом королевстве, но при этом аннексировал много территорий в пользу Франции, например фортификационные сооружения в 1801-м, Пьемонт в 1802-м, Геную и Парму в 1805 году. Лигурийская республика была разделена на монархическую и французскую части. Этрурия (Тоскана) была аннексирована в 1809 году. Истрия, Далмация, Триест и Фиуме в 1806 году перешли во владения Итальянского королевства, в 1809 году Иллирийские провинции стали частью территории Франции.