Основные события в Начальном периоде войны, прямо влияющие на действия КБФ, проходили на сухопутном фронте. К началу июля после последовательного захвата немцами Лиепаи, Вентспилса и Риги была свернута система береговой обороны в Латвии. Личный состав, по возможности, был эвакуирован (в Курляндии), погиб при прорыве из окружения (в Лиепае) или отступил вместе с частями Красной армии (из Риги).

В Эстонии, после того как 16-я сд не успела убыть в полосу обороны Северо-Западного фронта, она с 23 июня вошла в состав Северного фронта и была подчинена командиру 22-го СК. Ей была поручена оборона побережья материковой части Эстонии в районе Таллина и остров Хийумаа[169]. Оборона острова Сааремаа была возложена на Северо-Западный фронт. Береговая оборона оставалась в подчинении командующего КБФ. При отсутствии морских целей и наличии сухопутных целей БО выполняет заявки сухопутных войск[170].

По воспоминаниям генерал-майора И. М. Любовцева, 24 июня командующий войсками Северо-Западного фронта приказал ему принять командование над всеми сухопутными войсками Красной армии в Эстонии. Это не совсем так. Сначала командование войсками на территории Эстонии принял командир 22-го СК. Ему подчинялась и 16-я сд. К началу июля она была полностью отмобилизована. С учетом того, что 11-я сд перебрасывалась в полосу фронта, для обороны от десанта побережья, в Эстонию направлялись формирования курсантов военных училищ из Ленинграда[171].

С 27 июня КБФ в оперативном отношении был подчинен командующему Северным фронтом[172]. Так как в частях бывших прибалтийских территориальных корпусов имелись попытки мятежа (корпусные части 29-го СК и 184-й сд) и массового дезертирства, было принято решение переформировать их перед тем, как ввести в бой. Поэтому 22-й СК из Эстонии выводился в район Старой Руссы. С 30 июня 16-я сд выводилась из состава этого корпуса и временно подчинялась командующему КБФ[173]. Именно с этого времени командир этой дивизии стал главным начальником над частями Красной армии на территории Эстонии.

Приближение немецких сухопутных войск к Эстонии создавало угрозу Главной ВМБ КБФ. Захват плацдарма на северном берегу Даугавы сначала в Даугавпилсе, а потом в Крустпилсе вынудили задействовать в воздушных ударах по плацдармам и авиацию флота. Первыми штурмовые удары по переправам немцев в Крустпилсе начала наносить 29 июня 43-я оаэ. С 30 июня в них должна была быть задействована вся бомбардировочная авиация КБФ. Еще до рассвета пара СБ вылетала на разведку и возвратилась в 6 ч 14 м. Уже в 6 ч 25 м с аэродрома Пярну поднялась первая шестерка СБ из состава 4-й эскадрильи 73-го ап под командованием майора Иванова. Через некоторое время, из-за потери ведущего, на базу вернулся один СБ. Все пять бомбардировщиков были сбиты над Даугавпилсом. К своим вышел экипаж лейтенанта Купика и один майор Иванов. Около 11 ч из Пярну вылетели еще две группы СБ и одна Ар-2. Первую в составе 5 СБ 4-й эскадрильи вел старший лейтенант Косов, а вторую в количестве 6 СБ 5-й эскадрильи — капитан Иванов. Третью группу, в составе 8 Ар-2 из 2-й эскадрильи, вел капитан Сыромятников. Первая и третья группы успешно отбомбились и вернулись на свой аэродром в полном составе. Вторая группа потеряла 4 СБ. В 12 ч 5 м на разведку из Пярну вылетела еще одна пара СБ. Оба самолета были сбиты. В итоге из 36 самолетов 73-го ап вылетавших на бомбардировку немецких переправ через Даугаву было сбито 11[174].

Понесшая большие потери в Районе Даугавпилс — Крустпилс, бомбардировочная авиация КБФ была временно возвращена к выполнению боевых задач в интересах КБФ. 73-й ап наносил бомбовые удары по позициям финских войск в районе Ханко, бомбили немецкие корабли в Вентспилсе и Ирбенском проливе и проводили воздушную разведку. 13-й и 71-й ап штурмовали позиции финских войск в районе Ханко и прикрывали ГлВМБ, ВМБ Ханко и корабли КБФ в западной части Финского залива. Аэродром 13-го ап на Ханко находился под постоянным воздействием артиллерийского огня финнов. Девять экипажей 71-го ап вылетели в Саратов для получения новых самолетов Як-1[175].

Когда была оставлена Рига, командующий войсками Северо-Западного фронта принял решение — после поражения фронта в приграничном сражении, оставить Эстонию. Войска фронта отводились на линию укрепленных районов по бывшей советскоэстонской и советско-латвийской границе. Судьба ГлВМБ КБФ и ПрибВМБ не учитывалась. Однако уже на следующий день после решения об оставления Эстонии, 2 июля, Ставка Верховного Командования отменила его. Генерал-полковник Ф. И. Кузнецов был снят с должности командующего войсками фронта. Вместо него, с должности командующего войсками 8-й армии, был назначен генерал-майор П. П. Собенников. На его место был назначен генерал-лейтенант Иванов Федор Сергеевич[176]. Сама армия отводилась в Эстонию для ее обороны.

Первая угроза с суши для ГлВМБ в Таллине возникла после оставления войсками Северо-Западного фронта Риги и приказа командующего войсками фронта об отступлении на линию Псков — Остров. Оборона Таллина предполагалась другими силами Красной армии. Межу тем, немцы почти без сопротивления захватили Пярну и двигались дальше на север. В связи с этим заместитель наркома ВМФ адмирал И. С. Исаков приказал до 23 ч 1 июля разработать порядок: отхода КБФ на Восточную позицию, уничтожения остающегося имущества, отхода по морю и по берегу[177]. В Таллине была начата срочная эвакуация. Командующий КБФ вице-адмирал В.Ф. Трибуц первоначально, принял решение основные силы флота сосредоточить в восточной части Финского залива. Для этого линкор «Октябрьская революция» в сопровождении эскорта (состав конвоев в приложении 6) 1 июля убыли в Кронштадт для усиления минно-артиллерийской позиции в районе острова Гогланд. В Усть-Лугу передислоцировались: штаб 2-й бр ПЛ, пловучая база «Полярная звезда», ГИСУ «Азимут» и подводные лодки Щ-322, Щ-324, М-90, М-94, М-95 и М-98. В Кронштадт передислоцировались: минный заградитель «Урал», пловучая мастерская «Серп и молот», танкер № 11, спасательное судно «Коммуна», кабельное судно «Кабельный».

Командиру отряда легких сил было приказано двумя дивизионами эсминцев прикрыть Ирбенский пролив, а оставшимися силами — отход сил из Таллина. В порту Пярну был затоплен транспорт «Эверига». Севернее полуострова Пакри и острова Найссаар была начата постановка минных полей[178]. В ночь на 2 июля из Таллина в Кронштадт вышел транспорт «Иосиф Сталин» с 3000 пассажирами из эвакуируемых учреждений КБФ. В 12 ч этого же дня из Таллина в Ленинград ушел караван судов, в составе 11 транспортов, в 21 ч еще один караван, в составе: гидрографических судов «Мерипоэг»,