Указом Президиума ВС СССР от 14 апреля 1943 г. из состава НКВД СССР вновь, как и в 1941 г., был выведен самостоятельный Наркомат государственной безопасности СССР (НКГБ), который возглавил комиссар госбезопасности 1-го ранга Всеволод Меркулов.

Структура вновь организованного НКГБ была определена решением Политбюро П40/91 от 14 апреля 1943 г. об образовании НКГБ СССР и объявлена постановлением СНК СССР № 93–129сс от того же числа. Несколько позже постановлением СНК № 621-191сс от 2 июня 1943 г. было утверждено «Положение о Народном комиссариате государственной безопасности СССР». Разведка вошла в состав НКВД под прежним номером. Нумерация отделов при этом осталась пржней, однако впоследствии происходили некоторые изменения.

Приказом НКГБ № 00360 от 7 декабря 1943 г. оно было преобразовано в 8-й отдел. Он состоял из пяти отделений: четырех географических и справочного. Позднее были созданы бюро переводов и группа спецсообщений.

Приказом НКГБ № 00414 от 25 октября 1944 г. был создан отдел кадров;

Приказом НКГБ № 0066 от 2 февраля 1945 г. на базе 4-го отделения 5-го отдела был создан 9-й отдел (эмиграция);

Также упомянем структурные изменения, произошедшие в первые послевоенные месяцы:

Приказом НКГБ № 00271 от 21 июня 1945 г. на базе подразделений 1-го отдела был созданы 10-й отдел (славянско-балканский), на базе 3-го отделения 3-го отдела — 11-й отдел (научно-техническая разведка);

Приказом НКГБ № 00433 от 26 октября 1945 г. было создано спецотделение;

Приказом НКГБ № 0028 от 18 января 1946 г. ШОН была переименована в 12-й отдел.

Начальником 1-го Управления на протяжении всей войны оставался П. М. Фитин, 14 февраля 1943 г. получивший очередное спецзвание комиссара ГБ 3-го ранга, а 9 июля 1945 г. — соответствующее общевойсковое звание генерал-лейтенанта.

Его заместителями являлись П. А. Шария (11.8.41–16.8.43), П. А. Судоплатов (11.8.41 — 1.6.42 и 21.11.42 — 5.43), В. М. Зарубин (11.8 — 10.10.41), Н. И. Эйтингон (11.8–1.9.41), Н. Д. Мельников (1.9 — 30.11.41 и 14.5–3.8.43) и Г. Б. Овакимян (с 10.10.43).

Отделами руководили:

Секретариат

Н. Г. Бондаренко (11.8–3.10.41), Е. И. Кравцов (30.11.41 — 9.42), С. Г. Корнеев (21.11.42–15.9.43), Б. П. Одинцов (16.9.43–22.6.44), А. И. Боханов (30.6.44–27.6.46)

1-й отдел

Германия, Венгрия, окупированные страны, с 28.11.41 также Балканы. Начальник — А. М. Коротков

2-й отдел

Балканы (до 28.11.41). Начальник — В. Т. Яковлев.

2-й отдел (II)

Западная Европа и Скандинавия (с 28.11.41). Начальник — В. Т. Яковлев.

3-й отдел

Западная Европа (до 28.11.41). Должность начальника вакантна.

4-й отдел

Скандинавия (до 28.11.41). Начальники — Б. А. Рыбкин (11.8 — 15.9.41) В. Т. Яковлев (3.10–10.11.41).

4-й отдел (II)

Дальний Восток (с 28.11.41). Начальник — А. И. Лангфанг.

5-й отдел, с 28.11.41 — 3-й отдел (II)

Англо-американский, до 21.6.45 — также НТР. Начальники — И. А. Чичаев (11.8–1.10.41), Г. Б. Овакимян (3.10.41–10.9.43), А. Г. Граур (1.10.43–27.6.46).

6-й отдел

Япония, Маньчжурия, Корея (до 28.11.41). Начальник — А. И. Лангфанг.

7-й отдел

Китай, Таиланд, Синьцзян, Монголия, Тува (до 28.11.41). Начальник — Н. Д. Мельников (11.8–1.9.41).

7-й отдел (II)

Нелегальная разведка (с 4.6.42). Начальники — Е. П. Мицкевич (4.6.42–10.11.43 и с 8.45), Гессельберг Л. А. (10.11.43–28.2.44, и.о.), Л. П. Василевский (6–7.45)

8-й отдел, с 28.11.41 — 5-й отдел (II)

Ближний и Средний Восток, кавказская эмиграция. Начальники — П. И. Тахчианов (1.8.41 — 1.4.42), А. М. Отрощенко (1.4.42–27.6.46)

9-й отдел, с 28.11.41 — 6-й отдел (II)

Совколонии, оперучет, въездные и выездные визы, до 6.3.43 также информация. Начальники — М. Т. Дубовик (11.8.41 — 1.12.43), М. Б. Прудников (1.12.43 — 1.10.44), В. М. Зарубин (15.2.45–27.6.46)

9-й отдел (II)

Эмиграция (со 2.2.45). Начальник — А. С. Гукасов.

10-й отдел

Связь (до 28.11.41). А. А. Исаков (11–23.8.41), М. П. Филимонов (23.8 — 28.11.41, и.о.)

10-й отдел (II)

Славяно-Балканский (с 21.6.45). Начальник — В. И. Пудин

11-й отдел

НТР (с 21.6.45). Начальник — Л. П. Василевский

ИНФО, с 7.12.43 — 8-й отдел (II)

С 6.3.43. Начальники — Е. Д. Модржинская (16.9–7.12.43), М. А. Аллахвердов (1.7.44–27.6.46)

ШОН, с 18.1.46 — 12-й отдел

В. Х. Шармазанашвили

Отдел кадров

С 25.10.44. Начальник — Е. П. Мицкевич (27.10.44 — 8.45).

Группа «А»

М. Б. Прудников (11.8–3.10.41), М. А. Кропочев (1.10.41 — …), И. А. Морозов (1.5–4.6.42)

5 июня 1943 г. было издано постановление ГКО, в котором отмечалось, что в деятельности разведорганов существует дублирование усилий по некоторым вопросам, распыление сил и средств на решение второстепенных задач. Постановление четко разграничивало функции ГРУ РККА, 1-го (разведывательного) управления НКГБ СССР и РУ Наркомата ВМФ СССР. Этим постановлением на 1-е управление НКГБ возлагалось ведение политической разведки в целях получения сведений о внешней и внутренней политике иностранных государств, их политическом и экономическом положении, политических партиях, группах и общественно-политических деятелях, достижениях и новинках в области науки и техники, данных об эмиграции и т. д.

За годы войны внешняя разведка вывела за границу 566 нелегалов. Было завербовано 1240 агентов и осведомителей, добыто агентурным путем 41718 различных материалов, в том числе 1167 технических документов, из которых реализовано 616[13].