Несколько дней спустя Исидор был послан одним из четырех делегатов и два раза обсуждал с Римским папой другие вероучительные вопросы, которые до сих пор не были обговорены. После смерти патриарха (10 июня), вместе с Виссарионом Никейским и Дорофеем Митиленским, он получил соболезнования Римского папы и снова обсуждал с ним неоговоренные проблемы. Для разбора учения о примате папы и Евхаристии были назначены общие заседания, которые были последними, но и здесь Восток вынужден был капитулировать перед Западом. Архим. Амвросий так пишет об этой дискуссии: «После речи Иоанна Рагузанского выступил с речью Иоанн де Торквемада по вопросу об освящении Свв. Даров. Император просил изъять из "Хартулы" выражение, что освящение Свв. Даров происходит исключительно произношением священником слов Спасителя. Но Торквемада возразил, говоря, что это выражение, будучи необходимым, не может быть изъятым. Исидор Киевский заявил: "Мы и сегодня имеем тот служебник святого Василия Великого и святого Иоанна Златоустого, который мы имели до Раскола, и никогда латиняне не ставили нам это в укор". Далее он присовокупил то суждение, которое кажется соответствующим и мысли св. Марка Эфесского, выраженной им в сочинении об освящении Свв. Даров: "Мы веруем, что слова Спасителя являются 'effectrix' (совершатель, освятитель) Божественных Даров; они являются, так сказать, семенем, которое, собственно говоря, есть 'effectrix' Плода; но как к семени должна быть присовокуплена и иная вещь, чтобы оно принесло плод, так и к словам освящения (евхаристическим словам Спасителя) должна быть присовокуплена последующая за сим молитва (эпиклезис), чтобы в действительности совершить Священный Плод"»[453]. По мнению Е. Мапелли, это учение вполне согласуется с учением свв. Николая Кавасилы, Симеона Солунского и Марка Эфесского[454].

Вопрос о примате Римского папы был препятствием, которое, казалось, заграждало путь к унии, и, как пишет Дж. Джилл, «было общее отчаяние». Исидор, Виссарион и митрополит Митиленский Дорофей, с немногими другими были назначены императором и папой для рассмотрения вопроса. Со стороны папы было сделано несколько уступок. В конце концов греки составили очень дипломатичную формулировку о примате папы: «Касательно главенства (ή άρχή) папы, мы признаем, что он наивысший архиерей и властитель (έπίτροπος), представитель и викарий Христа, пастырь и учитель всех христиан, что он направляет и управляет Церковью Божией, однако без нарушения привилегий и прав восточных патриархов»[455]. 27 июня Исидор и Дорофей отправились к папе и уговорили его принять эту формулировку и в день апостолов Петра и Павла, 29 июня, провозгласить всему миру о заключении унии.

Когда составляли соборное определение о соединении Церквей, митрополит Исидор и Виссарион предложили императору присоединить к соборному акту и отлучение на не принимающих этого соединения, имея в виду, вероятно, свт. Марка, не согласившегося подписать унию. Император на это не пошел[456].

Роль в заключении унии, которая выпала на долю Исидора Киевского, его близость к императору и папе, наконец, его авторитет среди греческого духовенства, — все это выдвигало его «... после смерти патриарха на первое место и делало его естественным кандидатом на патриарший престол Нового Рима»[457]. Как свидетельствует Сильвестр Сиропул, не чужд был притязаний на патриарший престол Константинополя и сам Исидор[458]. Но, благодаря «ловкой интриге», устроенной духовником и протосинкеллом Григорием (будущий Константинопольский патриарх Григорий III Мамма), этому не суждено было случиться. Григорий, по мнению А. Я. Шпакова, умел «повлиять на Иоанна» и мечтал «о патриаршем троне для себя». Это избрание Исидора патриархом не осуществилось, «так как известно, что, когда папа настаивал на избрании патриарха во Флоренции, то император, по совету того же Григория, который опасался, что в патриархи будет избран Исидор, отпустил в Венецию нескольких старших митрополитов, и после того объявил папе, что, за отсутствием епископов, нельзя сделать надлежащего избрания в патриархи»[459].

И вот наконец то, ради чего приехала делегация Русской Церкви во главе со своим митрополитом, совершилось. В понедельник 6 июля 1439 г. во флорентийском соборе Santa Maria del Fiore состоялось торжественное объявление унии[460]. Папой Римским Евгением IV была совершена месса в сослужении 12 кардиналов и 93 епископов[461], на которой присутствовала и русская делегация во главе с митрополитом Исидором. На следующий день после объявления унии император Иоанн VIII Палеолог призвал к себе в числе прочих Исидора и Виссариона и отметил необходимость совершения православной литургии, чтобы католики увидели византийское чинопоследование евхаристического богослужения и чтобы «во всем между нами сохранялось равенство». Католики попросили рассказать им о чине православной Божественной литургии, что было сделано митрополитами Исидором и Виссарионом. Русский митрополит рассказывал, как совершается проскомидия, потом начало литургии и по порядку до конца, а Виссарион Никейский дополнял рассказ Исидора. Выслушавшие этот урок по византийской литургике вернулись к папе, рассказали о чине литургии, однако папа решил прежде либо сам посмотреть на ее чинопоследование, либо отправить на православную литургию от себя несколько кардиналов и только после этого принять решение о ее публичном совершении и своем пребывании на ней. Подобное отношение, конечно, не могло не ранить православных участников Собора, посему вопрос о торжественном служении литургии решено было снять[462]. После торжественного объявления унии митрополит Исидор со своей делегацией не сразу выехали в обратный путь. 17 августа 1439 г. Римский папа «облек Исидора высоким званием»[463] легата от ребра апостольского для Руси, Литвы, Ливонии и на города, диоцезы, земли и места Польши, с миссией провозглашения унии во всех областях его митрополии[464], и даровал ему охранную грамоту для безопасности путешествия[465]. С собой Исидору папа дал письмо[466], адресованное князю Василию Васильевичу, в котором сообщалось об унии и о том, что Исидор «крепчайше потрудися о соединении»[467]. В завершение письма папа Евгений IV просил помогать Исидору во всем. Монах Григорий (верный ученик Исидора и будущий Киевский митрополит) как казначей в свите Исидора 24 октября 1439 г. получил из Апостольской палаты 654 флорина на все необходимое для поддержания жизни митрополита и его людей в количестве 29 человек. Этой суммы достаточно было на 6 месяцев и 10 дней[468]. П. П. Соколов полагает, что власть Исидора как легата ограничивалась лишь «католиками Западной России»[469], однако это явная натяжка и сохранившиеся документы не позволяют это мнение подтвердить.

Папская миссия Исидору была непростым заданием, так как необходимо было вступать в предварительные переговоры с правителями Польши, Литвы и русских княжеств и уговорить