В это же самое время Италия была вторым после Испании центром контрреформации – церковно-политического движения по борьбе с протестантизмом и возрождению былого влияния католицизма. В Италии протестантов никогда не было, потому что ортодоксальный католицизм там всегда поддерживался церковными властями, а затем и инквизицией. Так, к примеру, по указу папы Климента VIII был сожжен на костре Доменико Сканделла, или Меноккио (1532–1599), занимавшийся самообразованием мельник из деревушки Монтереале во Фриули, который отринул идею о сотворении мира Богом и держался своеобразных пантеистических убеждений. Инквизиция, новый институт, учрежденный папской властью, в одних регионах встречал поддержку (Неаполь), в других же – активное сопротивление (Венеция).

Контрреформация зародилась в епископском городе Тренто, в котором с 1545 по 1563 год проводился знаменитый Тридентский собор. Со временем движение приобрело немалый масштаб, включив в свою «программу» строительство новых храмов и восстановление старых. В Риме дух контрреформации вкупе с возрождением власти Папской области выразились в перестройке города в новом стиле барокко. Происходило это главным образом в период правления папы Сикста V (1585–1590). Изменились и обрядовые конвенции: в частности, бо́льшую роль стало играть таинство евхаристии. Следовательно, стал меняться и внутренний облик храмов. Например, в соборе Святого Иоанна Крестителя на Латеранском холме в Риме с 1599 года новым средоточием храма стал алтарь Святого причастия. Если говорить в максимально общем смысле, то новая архитектура стала воплощением изменившихся функций и переосмысленных откликов. Новые тенденции выразились и в такой науке, как фортификация: строительство равелинов и других сооружений alla moderna, обеспечивающих прикрытие от артиллерийского огня, позже они войдут в историю как итальянская «бастионная система укреплений» (trace italienne).

Политическое значение веяний в искусстве было налицо по всей Италии, и особенно в Венеции, нарочито отказавшейся от стиля церковной архитектуры, который ассоциировался с лояльностью к папской власти. Вместо этого акцент был сделан на реформы в области религии и культуры: в частности, была перестроена церковь Сан-Сальвадор, более строгая и аскетичная, чем собор Святого Петра в Риме. То же касалось и храмов на материковой территории республики, например Дуомо Нуово (1604) в Брешии. Его высота, олицетворявшая помимо прочего и могущество, должна была превосходить мирские постройки раннего Средневековья, такие как Палаццо Бролетто и Торре-дель-Пеголь («народная башня»).

В период контрреформации интерьеры многих средневековых зданий были расписаны фресками, а в храмах появились новые алтари (например, в Веронском соборе). В более общем плане искусство контрреформации выражало масштаб самого явления, а также опиралось на ряд традиций, в том числе страстное стремление к преобразованиям, гуманистическому идеалу многознания и чувственной утонченности. Эти противоречия отражались, в частности, в знаменитой светотени одновременно натуралистической и театральной живописи Микеланджело Меризи да Караваджо (1573–1610). Среди ярких образцов могут быть названы его «Обращение Савла» и «Распятие святого Петра», находящиеся сейчас в римской церкви Санта-Мария-дель-Пополо, а также «Семь деяний милосердия», находящаяся в Неаполе в церкви Пио-Монте-делла-Мизерикордия, в которой с 1601 года располагалась благотворительная организация, созданная для предоставления займов беднякам.

Однако религиозными учреждениями все не ограничивалось. В Милане, бывшем одним из центров контрреформации, талантливые архиепископы из семейства Борромео занялись вопросом воспитания детей. Карло Борромео (1538–1584), племянник папы Пия IV, был в возрасте двадцати двух лет назначен архиепископом Милана и приложил немалые усилия в деле оказания помощи бедным во время голода 1570 года и чумы 1576 года. В 1610 году он был канонизирован, а облик его запечатлен на многочисленных портретах.

Важной частью поддержания католических традиций была благотворительность; если же говорить о чтении проповедей, то эта деятельность должна была сочетать в себе идеал нравственной жизни и пафос духовного обновления. Бесспорно, положительной стороной контрреформации было стимулирование реформ существующих церковных институтов. Церковь играла решающую роль в сфере социальной защиты и в деле объединения мирской духовности с церковной бюрократией.

При этом всякие попытки восстановить церковное единство посредством доктринального компромисса с протестантством были отвергнуты, а все усилия были направлены на уточнение и закрепление основных постулатов католического вероучения. Подход был жестким и нетерпимым, став предтечей папской политики XIX и большей части XX века. В 1564-м по итогам Тридентского собора был подтвержден Никейский символ веры с добавлением filioque, папа Пий IV (1559–1565) принял «Указатель запрещенных книг», а Карло Борромео работал над созданием нового катехизиса 1566 года. В 1570 году Пий V отлучил от церкви английскую Елизавету I, что ознаменовало начало очередной Религиозной войны. В 1712 году он был причислен к лику святых.