Возмущение командующего понятно — ему было предложено собственноручно уничтожить флот, который только что был им спасён. Версия о секретных протоколах к Брестскому миру, подразумевавших расплату с немцами в том числе кораблями флота, в эти дни активно обсуждалась в Петрограде. Ходили слухи, что корабли будут взорваны фиктивно, с минимальными повреждениями (для чего якобы и создавали спецкоманды), после чего кайзеровский флот легко войдёт в гавань и поднимет их. В это верили, а большевиков после подписания сепаратного мира почти открыто называли немецкими ставленниками.

Для спасения флота Щастный решил придать приказ гласности, и на следующий день он просто зачитал его с трибуны III съезда делегатов Балтийского флота со своими комментариями. Съезд принял решение, что корабли можно заминировать и взорвать только после боя с реальным противником, если не будет иного выхода. В Москву к Троцкому отправилась делегация моряков, чтобы лично вручить ему решение съезда. На следующий день Щастный отправил в Морской штаб телеграмму с просьбой об отставке, но она принята не была.

Стоит отметить, что настроение моряков-балтийцев по отношению к большевистскому правительству в эти дни было почти враждебным. Причин на это было много: от заключения «странного» мира с немцами до неспособности наладить снабжение флота. Возвращение кораблей и экипажей стало неприятным сюрпризом для городских властей, они оказалось к этому не готовы. Как раз в мае произошло открытое антибольшевистское выступление в Минной дивизии, моряки которой приняли резолюцию следующего содержания:

«Петроградскую коммуну ввиду её полной неспособности и несостоятельности предпринять что-либо для спасения родины и Петрограда распустить и вручить всю власть морской диктатуре Балтийского флота».

С великим трудом Раскольникову, Луначарскому и другим большевистским лидерам удалось успокоить ситуацию. Кстати, восставшие моряки предлагали Щастному стать диктатором, но он отказался. Позже он сам рассказывал об этом комиссару флота Блохину, который, видимо, передал его слова Троцкому.

27 мая Щастный был вызван в Москву к наркомвоенмору Троцкому. В его кабинете, который помещался в бывшем Александровском военном училище на Знаменке, произошло бурное выяснение отношений. Троцкий стал кричать и бить кулаком по столу, на что Щастный попросил его прекратить истерику и вести разговор в более подобающем тоне. Закончилось всё тем, что Щастный был арестован. Троцкий отправил ВЦИК записку

(«Дело командующего Балтийским флотом А.М.Щастного», М.: 2013): «Уважаемые товарищи. Препровождаю Вам при сём постановлении об аресте бывшего начальника морских сил Балтики Щастного. Он арестован вчера и препровождён в Таганскую тюрьму. Ввиду исключительной государственной важности совершённых им преступлений мне представлялось бы абсолютно необходимым прямое вмешательство в это дело ЦИКа. С товарищеским приветом Л.Троцкий».

На следующий день Президиум ВЦИКа рассмотрел записку и нашёл решение правильным: «Одобрить действия Наркома по военным делам т. Троцкого и поручить т. Кингисеппу в срочном порядке производство следствия и представить своё заключение в Президиум ВЦИКа». Выписка из протокола заседания № 26 есть в деле. Главный следователь Верховного Ревтрибунала РСФСР (Ленин подписал декрет о его создании 28 мая) член ВЦИКа эстонский большевик Виктор Кингисепп приступил к работе.

Щастный сначала был доставлен в Таганскую тюрьму, но вскоре туда явилась делегация балтийских матросов, требовавших немедленно выпустить «народного адмирала». Тогда его срочно перевели в Кремль, где была оборудована специальная отдельная камера.

Из письма начальника Таганской тюрьмы Юревича писателю М.Корсунскому:

«Первое впечатление от адмирала несомненно положительное. Человек в морской форме, среднего роста, плотный, с приятным лицом. Когда я спросил его — по какому обвинению он направлен к нам, Щастный сказал: „Вины за мной никакой, но вас я долго стеснять не буду, так как Троцкий меня неминуемо и очень скоро расстреляет“. Сказано это было без всякой акцентировки, как будто он говорил что-то самое обычное и касающееся не его, а постороннего человека. Я сказал ему, что удивляюсь его словам, так как Советская власть ещё никого не расстреливала и по нашим законам наивысшей мерой наказания является заключение в тюрьме на 10 лет. „Тем не менее, — ответил он мне, — меня расстреляют, хотя за мной нет, повторяю, никакой вины“. „Но, — спросил я, — за что же вас расстреляют, если вы ни в чём не виноваты?“ Он ответил: „Троцкий расстреляет меня за две вещи: первое — спасение флота в условиях полной невозможности это сделать, и, второе, Троцкий знал мою популярность среди матросов и всегда боялся её“.

Стоит вспомнить, что ещё в ноябре 1917 года Совет народных комиссаров упразднил все существующие суды, институты судебных следователей, прокурорского надзора, а также присяжную и частную адвокатуру. Поэтому смертных приговоров советская власть действительно не выносила, хотя массово отправляла на смерть людей во внесудебном „чрезвычайном“ порядке. Лишь в конце мая ВЦИК срочно подготовил и утвердил декрет об образовании Революционного трибунала при ВЦИКе для рассмотрения дел „особой важности“, Ленин подписала его только 28 мая, когда Щастный уже был арестован. А за три дня до суда нарком юстиции Петерис Стучка своим постановлением отменил ранее установленный запрет на применение смертной казни. Ему же принадлежало и авторство „Руководства для устройства революционных трибуналов“, в котором говорилось, что „в своих решениях Революционные трибуналы свободны в выборе средств и мер борьбы с нарушителями революционного порядка“.

Следствие заняло менее двух недель. Были вызваны шесть свидетелей: Ф.Раскольников, С.Сакс (члены коллегии Морского комиссариата), Е.Блохин, И.Флёровский (бывший и новый комиссары флота), Е.Дужек (комиссар Минной дивизии) и Л.Троцкий (наркомвоенмор). В трибунал явился только Троцкий, его показания и стали решающими. Правда, трибунал поначалу отложил заседания из-за неявки остальных свидетелей, но лишь на три дня — с 13 до 16 июня. Потом решили обойтись выводами следствия и единственного присутствовавшего свидетеля, а по сути, главного инициатора дела Троцкого.

Председательствовал в трибунале Сергей Медведев, бывший рабочий-металлист Обуховского завода. Членами „чрезвычайного суда“ стали Отто Карклин, Бронислав Веселовский (или Весоловский), Карл Петерсон, Александр Галкин и Иван Жуков. Все судьи, следователь Виктор Кингисепп и обвинитель Николай Крыленко являлись членами ВЦИКа — высшего законодательного, распорядительного и контролирующего органа советской власти.

Крыленко и Троцкий нападали, Щастный и его защитник присяжный поверенный Владимир Жданов все обвинения отвергали. Суд поначалу был открытым, велась стенограмма заседания, но потом его закрыли якобы в силу того, что там были озвучены секретные документы. На секретной части заседания никаких стенограмм уже не велось, и о том, что там происходило, до сих пор неизвестно. В прениях государственный обвинитель Крыленко был категоричен: „Я утверждаю, что начальник морских сил Щастный поставил себе целью свергнуть Советскую власть, во