Президент предпринял целенаправленные усилия, чтобы укрепить свой авторитет защитника окружающей среды - области политики, которую Гор, его вице-президент, считал предметом особой заботы. За время своего президентства он взял под федеральную охрану больше земель в сорока восьми штатах, чем любой другой президент двадцатого века.88 В 1997 году он подписал так называемый Киотский протокол, который призывал США и другие развитые страны к 2012 году сократить выбросы углекислого газа и других парниковых газов до 5,2 % по сравнению с уровнем 1990 года. В общей сложности 141 страна согласилась с этим протоколом к 2005 году. Поскольку протокол освобождал развивающиеся страны, такие как Китай, от сокращения выбросов, эта мера практически не имела поддержки в Конгрессе, и Клинтон так и не представил ее на утверждение Капитолийского холма. Протокол, не ратифицированный Соединенными Штатами (на долю которых приходилось 36 % мировых выбросов парникового типа) и Россией (17 %), так и не был введен в действие. Тем не менее, многие либералы были довольны тем, что Клинтон присоединился к этой работе.89

В 1997 году - и в течение всего оставшегося срока правления Клинтона - на политическом фоне маячила куда более значимая проблема: растущие угрозы терроризма. Хотя некоторые из этих угроз исходили от Северной Кореи, правительство которой подозревалось в нарушении заключенного в 1994 году с Соединенными Штатами соглашения о прекращении работ над ядерным оружием, наибольшую непосредственную опасность представляли воинственно настроенные против Запада мусульмане, особенно с Ближнего Востока.90 Значительная часть этой опасности, по мнению агентов американской разведки, исходила из Ирака, который оставался под жестоким правлением Саддама Хусейна, и из Ирана.

Все большее беспокойство Клинтона вызывали террористы, преданные Усаме бен Ладену, образованному и богатому уроженцу Саудовской Аравии, который был выслан из Судана в 1996 году после возможного участия в неудачном заговоре с целью убийства президента Египта Хосни Мубарака. В мае 1996 года бен Ладен укрылся в Афганистане, где вступил в союз с рьяно антизападным режимом талибов, установившим контроль над большей частью страны после вывода российских войск в 1989 году. Бен Ладен и его последователи, как и талибы, придерживались учения

Мусульманские священнослужители, чей идеологический посыл был глубоко враждебен практически всему, что связано с западной цивилизацией: ее космополитизму, секуляризму, материализму, чувственности, высокомерию, поддержке прав женщин и одержимости технологиями.91 Бен Ладен особенно ненавидел Соединенные Штаты, чьи солдаты в Саудовской Аравии, по его мнению, развращали культуру его родной земли - священной земли ислама - и чья военная мощь поддерживала презираемое еврейское государство Израиль.

Бен Ладен, которому помогали богатые спонсоры со всего региона Персидского залива, организовал террористическую сеть "Аль-Каида", которая активизировала вербовку и обучение радикальных мусульманских боевиков на базах в Афганистане. Хотя было трудно получить достоверную информацию об этой секретной и постоянно развивающейся организации, по приблизительным оценкам, в конце 1990-х годов число таких боевиков превышало 15 000 человек.92 В феврале 1998 года бин Ладен выступил с публичным призывом к священной войне - "Джихад против евреев и крестоносцев", - в котором заявил, что долг каждого мусульманина - убивать американцев и их союзников где угодно. В августе 1998 года грузовики с бомбами, изготовленные боевиками "Аль-Каиды", одновременно взорвали посольства Соединенных Штатов в Кении и Танзании. В результате взрывов погибло более 300 человек, большинство из которых были африканцами, и более 4 500 получили ранения. Среди погибших было двенадцать американцев. В октябре 2000 года два террориста-смертника из "Аль-Каиды" на надувной лодке, начиненной взрывчаткой, подошли к американскому военному кораблю "Коул", стоявшему на якоре в порту Аден в Йемене. Протаранив лодку, они устроили взрыв, который проделал дыру в борту военного корабля. В результате взрыва погибли семнадцать американских моряков и тридцать пять получили ранения.

Подобные акты насилия указывали на то, что радикальные идеи, движущие мусульманскими боевиками, такими как бен Ладен, угрожают людям в западных странах, включая Соединенные Штаты. Было также очевидно, что многие люди, преданные "Аль-Каиде", местным террористическим ячейкам, разбросанным по всему миру, и антиеврейским группировкам, таким как ХАМАС и "Хезболла", являются фанатиками. В отличие от убийц-коммандос или подрывников, как, например, многие из тех, кто страдал в Испании и Северной Ирландии, некоторые из них были террористами-смертниками, считавшими убийство и самоубийство святым долгом. Некоторые, в том числе подростки, казалось, были готовы взорвать себя вместе с детьми и другими людьми, оказавшимися на пути, чтобы выполнить приказ ревностного начальства, запечатлеться в памяти как мученики или воплотить в жизнь свои представления о славной загробной жизни.

Сотрудники американской разведки в конце 1990-х годов осознали, что Всемирный торговый центр в Нью-Йорке, взорванный в 1993 году, является одной из возможных целей, которые террористы могут попытаться поразить в Соединенных Штатах. К концу 1998 года они также знали, что радикальные мусульманские террористы рассматривают - наряду с множеством других идей - угон коммерческих самолетов и их столкновение со зданиями.93 В начале 1997 года ЦРУ рассматривало различные схемы захвата или убийства бин Ладена. Клинтон выступил с дипломатическими инициативами - с Саудовской Аравией, Пакистаном и Талибаном - с целью убедить талибов выдворить бин Ладена, чтобы его можно было захватить и предать суду.94 В начале 1998 года, после того как Саддам Хусейн начал изгонять инспекторов ООН по вооружениям, Клинтон усилил военное присутствие Америки в регионе Персидского залива для возможной войны с Ираком. Президент, которого за рубежом многие критиковали как разжигателя войны, сдался только тогда, когда Хусейн наконец разрешил инспекторам ООН по вооружениям пройти в его дворцы.

После взрывов в Кении и Танзании в 1998 году Клинтон санкционировал ответные удары крылатыми ракетами по предполагаемому месту дислокации боевиков "Аль-Каиды" в Афганистане и по фармацевтическому заводу в Судане, который, как считалось, производил химическое оружие. В декабре 1998 года, когда Хусейн уже полностью прекратил инспекции вооружений ООН, Клинтон заявил, что Ирак разрабатывает оружие массового поражения. С 16 декабря американские и британские самолеты начали операцию "Лис пустыни", в рамках которой в течение четырех дней круглосуточно наносились авиаудары по иракским объектам. Англо-американские налеты возобновились в январе 1999 года и продолжались до вторжения Соединенных Штатов в Ирак в 2003 году.

Некоторые из этих рейдов были частью более широких усилий по борьбе с терроризмом во время второго срока Клинтона, когда Конгресс и исполнительная власть начали постепенно наращивать ресурсы, которым они позволили истощиться после окончания холодной войны. Хотя в последующие годы это стало источником энергичных пристрастных споров о том, увеличилось или уменьшилось финансирование борьбы с терроризмом