Как Оппенгеймер ни надеялся уберечь себя от внимания следственной комиссии, весной 1949 года КРАД начала обширное расследование шпионажа в радиационной лаборатории Беркли. Потенциальной мишенью был не только Фрэнк, но и сам Роберт. Четверо бывших учеников Оппенгеймера — Дэвид Бом, Росси Ломаниц, Макс Фридман и Джозеф Вайнберг — получили повестки, обязывавшие их выступить в качестве свидетелей. Следователи КРАД знали, что разговор Вайнберга со Стивом Нельсоном о ядерной бомбе в 1943 году был тайно подслушан. Хотя улики вроде бы изобличали Вайнберга в шпионаже, юрисконсульт комиссии понимал, что материалы несанкционированного прослушивания суд не примет. 26 апреля 1949 года КРАД устроила Вайнбергу очную ставку с Нельсоном. Вайнберг с ходу заявил, что ни разу с ним не встречался. Юристы КРАД понимали, что Вайнберг лжесвидетельствует, но ничего не могли доказать. Тогда они решили построить обвинение на свидетельских показаниях Бома, Фридмана и Ломаница.

Бом никак не мог решить, согласиться принять вызов и давать ли показания на друзей. Эйнштейн уговаривал его отказаться от дачи показаний, даже если за это посадят в тюрьму. «Возможно, придется некоторое время посидеть», — говорил великий ученый. Бом не хотел прикрываться пятой поправкой к конституции. Он рассудил, что членство в Коммунистической партии не находилось под запретом и поэтому ему нечего предъявить. Интуиция подсказывала ему честно рассказать о своей собственной политической деятельности, но воздержаться от показаний против других. Зная, что Ломаниц тоже получил повестку, Бом связался со старым другом, который в это время преподавал в Нашвилле. Ломаницу пришлось после войны несладко — стоило ему найти приличную работу, как ФБР всякий раз сообщало работодателю, что Ломаниц коммунист, и его увольняли. Будущее не обещало ему ничего хорошего, однако он изыскал средства на поездку к Бому в Принстон.

Двое друзей гуляли по Нассау-стрит, как вдруг из парикмахерской вышел Оппенгеймер. Роберт несколько лет не виделся с Ломаницем, хотя и поддерживал с ним контакт. Осенью 1945 года он написал Ломаницу: «Дорогой Росси! Я был рад получить твое длинное, но очень меланхоличное письмо. Когда вернешься в Штаты и освободишься, приезжай ко мне. <…> Времена сейчас трудные, особенно для тебя, но ты держись — трудности не будут продолжаться вечно. С горячими пожеланиями, Опье». Обменявшись любезностями, Бом и Ломаниц рассказали Оппи о своих злоключениях. По воспоминаниям Ломаница, Оппенгеймер разволновался и неожиданно воскликнул: «О боже! Все пропало. В комиссию по расследованию антиамериканской деятельности включен фэбээровец». Ломаницу это показалось проявлением паранойи.

И все же у Оппенгеймера имелись веские основания для тревоги. Ему тоже доставили повестку из КРАД, и он установил, что один из членов комиссии, конгрессмен от штата Иллинойс Гарольд Вельде, в прошлом действительно был агентом ФБР и в годы войны проводил расследование в радиационной лаборатории Беркли.

Позднее Оппенгеймер отзывался о встрече с бывшими учениками как о разговоре, длившемся не более двух минут. Он якобы просто посоветовал им «говорить правду», и они ответили: «Мы не станем лгать». Бом выступил свидетелем на слушаниях КРАД в мае и июне 1949 года. По совету адвоката, знаменитого защитника гражданских прав Клиффорда Дурра, он отказался сотрудничать со следствием, сославшись на первую и пятую поправки к конституции. Принстонский университет, где преподавал Бом, сделал официальное заявление в его поддержку.

Черед Оппенгеймера явиться на особое заседание КРАД за закрытыми дверями наступил 7 июня 1949 года. На допрос прибыли шесть конгрессменов, в том числе Ричард М. Никсон (депутат нижней палаты конгресса от штата Калифорния). Считалось, что Оппенгеймера вызывают в роли председателя консультативного комитета КАЭ по общим вопросам. Однако искушенные конгрессмены не собирались расспрашивать его о политике в области ядерных вооружений, их интересовали охотившиеся за атомными секретами шпионы. Предчувствуя недоброе, Оппенгеймер все же решил явиться без адвоката, потому что не хотел выглядеть виноватым. Вместо адвоката он прихватил с собой Джозефа Вольпе, которого заранее представил как старшего юрисконсульта КАЭ. В течение двух часов Роберт демонстрировал дружелюбие и сговорчивость.

Юрист КРАД вначале заявил, что комиссия не намерена ставить Оппенгеймера в неловкое положение. Однако первым же вопросом было: «Вам известен факт, не так ли, что определенные ученые лаборатории радиации являлись членами коммунистической ячейки?» Оппенгеймер ответил отрицательно. После этого его попросили рассказать о политической деятельности и взглядах его бывших учеников. Роберт отрицал, что еще до войны знал о членстве Вайнберга в Компартии. «Он приехал в Беркли после войны, — уточнил Оппенгеймер, — и взгляды, которые он выражал в это время, отнюдь не были коммунистическими».

Юрист КРАД спросил Оппенгеймера о другом бывшем ученике, докторе Бернарде Питерсе. В ответе Роберта отразилась его типичная наивность. Он полагал, что раз свидетельствует на закрытом слушании, его слова не будут преданы огласке. Правда ли, спросил юрист КРАД, что Оппенгеймер сообщил офицерам службы безопасности Манхэттенского проекта, будто Питерс «опасный человек и наверняка красный»? Оппенгеймер признал, что говорил нечто в этом роде капитану Пиру де Сильве, отвечавшему за соблюдение секретности в Лос-Аламосе. В ответ на просьбу привести подробности Оппенгеймер объяснил, что Питерс состоял в Коммунистической партии Германии и участвовал в уличных битвах с нацистами. Потом его отправили в концлагерь, откуда он чудом сбежал, прибегнув к хитрости. Роберт также добавил, что, прибыв в Калифорнию, Питерс «яростно критиковал» Коммунистическую партию как «недостаточно преданную делу свержения правительства [США] насильственным путем». На вопрос, откуда он знает, что Питерс был членом КПГ, Оппенгеймер ответил: «Помимо всего прочего, он сам мне об этом говорил».

По-видимому, Питерс вызывал у Оппенгеймера неприязнь. В мае, за месяц до слушания, когда Роберт участвовал в конференции Физического общества, о Питерсе спросил старый друг Оппи Сэмюэл Гаудсмит. В качестве консультанта КАЭ Гаудсмит иногда проверял дела, связанные с вопросами безопасности. Питерс попросил его узнать, почему его задвигают, поэтому Гаудсмит поднял досье на Питерса и прочитал слова Оппенгеймера об «опасном человеке», сказанные де Сильве. Когда Гаудсмит спросил Оппи, не изменил ли он своего мнения о Питерсе, тот озадачил его, ответив: «Да вы на него сами посмотрите. Разве такому можно доверять?»

Оппенгеймера расспрашивали и о других знакомых. Когда его спросили, являлся ли членом Компартии его старый друг Хокон Шевалье, он охарактеризовал его «как образчик розового кабинетного радикала», заметив, что не имеет точных сведений о его членстве в Компартии. Относительно «дела Шевалье» Роберт повторил версию, которую рассказал ФБР в 1946 году: растерянный, смущенный Шевалье передал ему высказанную Элтентоном мысль о «передаче информации советскому правительству», а он (Оппенгеймер) во весь голос и «в крепких выражениях потребовал не теряться и не связываться