Руководитель администрации Путина, глава администрации президента Александр Волошин, оглядываясь назад, спустя годы, говорит, что Ходорковский был наивен. Даже если в действительности он не представлял существенной политической угрозы, он не понимал, как это будет воспринято "консервативной частью истеблишмента".

Зимой 2002 г. по указанию Сечина Управление экономической контрразведки ФСБ, возглавляемое Юрием Заостровцевым, тем самым человеком, который руководил расследованием деятельности Гусинского и Березовского, начало негласное расследование деятельности ЮКОСа. Спустя годы Ходорковский пришел к выводу, что интерес Сечина был в основном финансовым. Он хотел найти способ, чтобы государственная нефтяная компания "Роснефть", председателем совета директоров которой он впоследствии станет, завладела активами ЮКОСа. Для этого ему необходимо было убедить Путина в том, что политические амбиции Ходорковского представляют потенциальную опасность и что, пока он остается у руля ЮКОСа, он будет представлять угрозу.

Путин был в раздумьях. Его не надо было убеждать в том, что бизнесменов надо держать на коротком поводке. К Ходорковскому, в частности, он относился с подозрением. У них было много общего - железное самообладание, навязчивое чувство ответственности, желание играть ключевую роль в будущем развитии России. Но Путин был согласен с Волошиным в том, что Ходорковский не представляет непосредственной угрозы. Если бы он принял меры против него или других ведущих бизнес-магнатов, это вызвало бы немедленный резонанс на Западе, и способность России привлекать иностранные инвестиции была бы поставлена под угрозу. Лучше, по мнению Путина, держать их в напряжении, понимая, что любой неверный шаг с их стороны может повлечь за собой возмездие в виде налоговых требований или пересмотра того, как они приобрели свои предприятия в ходе сомнительной приватизации в 1990-е годы.

В декабре 2002 года бизнесмены попытались найти выход из затруднительного положения, предложив единовременные выплаты государству в качестве компенсации сумм, недополученных ими в ходе приватизации. Премьер-министр М.М. Касьянов, считавший это отличной идеей, подсчитал, что это принесет от 15 до 20 млрд. долларов США. Путин не согласился. Я ему говорил, что это хорошо для стабильности, для привлечения иностранного капитала, для доверия инвесторов", - сказал Касьянов. «Но для него важнее было не дать им сорваться с крючка. Пока у них нет гарантий сохранности их собственности, ими можно манипулировать».

Так бы все и осталось, если бы 19 февраля 2003 года в Кремле не состоялась плановая встреча Путина с ведущими членами Российского союза промышленников и предпринимателей.

Он начался с обсуждения административной реформы, которое быстро переросло в критику государственной бюрократии. Один из выступавших рассказал о том, как его друг отказался от попытки открыть новый магазин в Москве, поскольку для этого требовалось получить разрешение 137 различных чиновников. "Нельзя ли сократить это число до 10-12?" - спросил он. К всеобщему облегчению, Путин согласился. Когда настала очередь Ходорковского, он затронул тему коррупции, которая, по его словам, за последние годы выросла на 25% и теперь составляет около 30 млрд. долл. в год, или 12% ВВП страны. Коррупция, по его словам, приобретает системный характер. Выпускники университетов конкурируют между собой, чтобы попасть на работу в налоговое управление, так как это дает возможность обогащения. Бизнес-решения принимались не по собственным соображениям, а ради "откатов", которые они могли принести. За утверждение крупных контрактов чиновники стали требовать многомиллионные взятки, которые шли не в тщательно замаскированный фонд, а прямо в их собственные карманы.

Ходорковский, как обычно, плыл по ветру, но, возможно, ему бы все сошло с рук, если бы он не привел в пример недавнюю покупку "Роснефтью" небольшой сибирской нефтяной компании "Северная нефть" за 600 млн. долларов. ЮКОС хотел купить ее, но цена была гораздо выше, чем стоимость компании. Все считают, - сказал Ходорковский, - что эта сделка имела, скажем так, дополнительное измерение... Сегодня здесь присутствует президент "Роснефти" Сергей Богданчиков. Может быть, он сможет это подтвердить?

Богданчиков, бывший "красный директор", имевший тесные связи с силовиками, "превратился в камень", - написал один из присутствовавших при этом журналистов. По слухам, сумма отката составила не менее 100 млн. долларов, а возможно, и в два-три раза больше. Приобретение курировал Сечин, очевидно, с ведома Путина, поскольку, когда премьер-министр Михаил Касьянов впоследствии поинтересовался этим, выяснилось, что президент знал о деталях сделки гораздо больше, чем он сам. Впоследствии стало известно, что деньги предназначались для формирования военного кошелька для предстоящих выборов в Госдуму и кампании по переизбранию самого Путина в следующем году.

Ходорковский совершил огромный просчет. Нападая на Сечина, он, как оказалось, косвенно нападал и на Путина.

Когда президент заговорил, он говорил ледяным тоном, что говорило о его серьезном раздражении. Он сказал, что попросит Германа Грефа, председателя правления "Роснефти", представить отчет о приобретении. Он понял, что "Роснефть" хочет расширить имеющиеся запасы, что, по его мнению, вполне нормально. ЮКОС, добавил он, обладал огромными запасами. Если Ходорковский собирался подвергать сомнению планы других компаний по расширению запасов, то вполне правомерно было бы спросить, как ЮКОСу удалось приобрести такие огромные активы. После этого, по словам банкира Сергея Пугачева, также присутствовавшего на встрече, он все еще кипел. "Кем он себя возомнил?" - спросил он. Набрался наглости, проповедует мне при всех.

Позднее утверждалось, что эта встреча предрешила судьбу Ходорковского. На самом деле ее значение заключалось в другом. Она дала Сечину возможность начать строить дело против него. С февраля сотрудники ФСБ Заостровцева удвоили усилия по поиску уличающих материалов как против ЮКОСа, так и против Ходорковского лично. Но Путин еще не принял решения. ЮКОС продолжал вести переговоры о слиянии с пятой по величине нефтедобывающей компанией "Сибнефть", владелец которой Роман Абрамович имел привилегированные контакты с Администрацией Президента и мог бы выйти из сделки, если бы почувствовал серьезные проблемы.

В конце апреля Путин встретился с Ходорковским и Евгением Швидлером, одним из ближайших соратников Абрамовича, в своей резиденции в Ново-Огарево, чтобы обсудить обнародованный несколькими днями ранее план слияния, а также предложение Ходорковского о создании альянса с американской компанией Chevron, который, в случае его реализации, позволил бы группе стать крупнейшей нефтяной компанией мира. По словам Волошина, Путину эта идея понравилась при условии, что доля американской компании не превысит 25%. Сечину, который считает, что нефтегазовый сектор должен находиться в руках государства, эта идея не понравилась. Что касается других планов Ходорковского, то у Путина были сомнения. ЮКОС настаивал на строительстве нефтепровода из Восточной Сибири в Китай в