Радуев был не просто в оппозиции к Масхадову, он был в военной оппозиции к нему. Он полагал, что Масхадов — слабый президент, которым в своих интересах манипулируют ваххабиты во главе с Яндарбиевым и Басаевым. Совершенно понятно, что Радуев считал себя потенциально лучшим президентом, чем Масхадов. Наверное, он полагал, что, учитывая его родственные связи с Дудаевым, пост президента должен был перейти к нему, что называется, по наследству.

Тем временем «независимая» прокуратура Чечни в ходе следствия установила, что все покушения явились следствием незаконной деятельности Радуева по контрабанде бензина из республики. Наверное, целью такой дискредитирующей кампании было лишить Радуева даже малейшего влияния в Чечне. Это удалось. О нем забыли. Даже во время нападения террористических чеченских отрядов на Дагестан в 1999 году Радуев от операции был отстранен. Радуев снова был вовлечен в орбиту вооруженного противостояния только после начала Второй Чеченской войны. При этом он не входил ни в одну группировку, подконтрольную Масхадову, и действовал сам по себе. Дни его были сочтены.

Будучи вне боевых террористических операций, Радуев на свой страх и риск начал планировать серию диверсий в российской глубинке. Он не мелочился — объектом его атак должны были стать ядерные реакторы. Радуев создал несколько мобильных групп по 15 человек в каждой. Они проходили усиленную подготовку в специальных лагерях Хаттаба, но до боевых операций дело не дошло. Никто не стал спонсировать откровенно авантюристические замыслы вконец потерявшего связь с реальным миром Радуева.

С ноября 1999 года Радуев включился в самостоятельные боевые действия против Вооруженных Сил РФ, которые он ни с кем не согласовывал. Просто ставил в известность Масхадова и Басаева, чтобы случайно не вступить в бой против них. Ни тому ни другому это не нравилось, но поделать они ничего не могли. Более того, своими анархистскими действиями Радуев вносил дезорганизацию в боевые операции террористов, что было на руку федеральным войскам. Таким образом, как это ни парадоксально, Радуев помогал Вооруженным Силам России сломить сопротивление мятежников. Может быть, в том числе и поэтому сами террористы «сдали» информацию о местонахождении Радуева специальным службам. Они наивно полагали, что тем самым сумеют сплотить свои ряды.

12 марта 2000 года Радуев был арестован в поселке Новогрозненский сотрудниками ФСБ в ходе спецоперации. Никакого сопротивления он оказать не успел. Выглядел при этом абсолютно растерянным. Позже Радуев говорил, что его предали чеченские командиры высокого ранга, намекая на Масхадова и Басаева, что, как теперь известно, было правдой. В августе 2000 года уголовное дело Радуева было передано из ФСБ в Главное управление Генеральной прокуратуры России по Северному Кавказу. Радуев был помещен в СИЗО № 1 города Махачкалы. 2 октября того же года в Институте психиатрии им. В.П. Сербского Радуеву была проведена экспертиза, которая установила отсутствие у него патологий и его вменяемость.

Радуев тут же заявил о готовности сотрудничать со следствием. В частности, в обращении на имя генерального прокурора он писал: «Обладая информацией об источниках и способах финансирования боевых подразделений реакционного религиозного течения “ваххабизм”, могу оказать помощь администрации Кадырова и спецслужбам России в их выявлении и прикрытии». И это говорил человек, который всего несколько месяцев назад грозил России ядерной катастрофой!!! Письма аналогичного содержания были отправлены всем, кто мог оказать влияние на его судьбу.

То, что суд было решено провести в Дагестане, отнюдь не было случайностью. Но не потому, что Радуева могли освободить боевики, как может кому-то показаться. В то время Радуева в Дагестане ненавидели. Пропагандируя фундаменталистские ценности, Радуев вполне искренне, как уже говорилось, не понимал, что в действительности занимался оккупацией территории соседней отнюдь не братской республики. Внутри народов Северного Кавказа существуют многовековые споры и противоречия, скорее не только не решенные, а усугубленные за годы существования советской власти. Вторжение Радуева в Кизляр было оценено именно как захват. Его идеи простыми дагестанцами воспринимались только как прикрытие агрессии. Все это подтвердилось, кстати, действиями Хаттаба и Басаева.

26 апреля 2001 года было сформулировано обвинительное заключение, в котором Радуеву инкриминировались следующие преступления: ч. 2 ст. 1261, ч. 3 ст. 2181 УК РСФСР, а также ч. 1 ст. 209, ч. 1 ст. 208, ч. 3 ст. 222, ч. 1, 3 ст. 205, п. «а, е, ж, н» ст. 105 УК РФ (похищение человека, нарушение правил учета, хранения, перевозки и использования взрывчатых, легковоспламеняющихся веществ и пиротехнических изделий, бандитизм, организация незаконного вооруженного формирования или участие в нем, незаконные приобретение, передача, сбыт, хранение, перевозка или ношение оружия, его основных частей, боеприпасов, взрывчатых веществ и взрывных устройств, террористический акт, убийство с квалифицирующими признаками). Уголовное дело составило 129 томов. Следует отметить, что Радуева судили на основании двух уголовных кодексов — нового Уголовного кодекса Российской Федерации и старого Уголовного кодекса Российской Советской Федеративной Социалистической Республики.

Среди прочего, доказанными считаются похищения и убийства военнослужащих и сотрудников Пензенского ОМОНа в декабре 1996 года, организация взрыва на вокзале Пятигорска в апреле 1997 года.

Судебный процесс начался в Махачкале 15 ноября 2001 года и продолжался совсем недолго, чуть больше месяца. В ходе процесса были приняты самые серьезные меры безопасности. Судебное заседание проходило в СИЗО, в одном зале которого расположились суд, обвинение и защита. Кстати, обвинение поддерживал лично Генеральный прокурор РФ В.В. Устинов. В другом зале находились пресса, свидетели и потерпевшие. Была налажена прямая телевизионная трансляция. В деле фигурировали 3 тыс. свидетелей, но показания согласились дать только 100 человек. Впрочем, было достаточно и этого.

Обстановка вокруг судебного процесса была накаленной. Секретарь Совета безопасности Дагестана Ахмеднаби Магдигаджиев заявил, что если Радуев не будет осужден, то дагестанцы сами найдут способ расправиться с ним. Разумеется, такое заявление выходило за пределы правового поля, и со стороны одного из руководителей республики выглядело излишне эмоциональным, но оно красноречиво свидетельствует, что происходило вокруг Радуева в то время.

25 декабря 2001 года Верховный суд Дагестана признал Радуева виновным по большинству пунктов обвинения. Из обвинения было исключено только создание незаконных вооруженных формирований, между прочим, непонятно почему. Требования В.В. Устинова были удовлетворены — Радуев был приговорен к пожизненному лишению свободы с отбыванием наказания в исправительной колонии особого режима № 14 учреждения 240/3 Главного управления исполнения наказания по Пермской области.

В своем последнем слове Радуев, как это ни странно, не сделал никаких громких заявлений. Он отказался признать себя виновным, но в то же время заявил,