против Соединенных Штатов, должны были "мирно разойтись по своим домам", Ли создал зачатки армии, с которой следовало считаться, еще не достаточно сильной для наступления, но, возможно, достаточно сильной для защиты Виргинии на всех, кроме нескольких уязвимых, участках. Молодой лейтенант Уолтер Х. Тейлор, вошедший в штаб Ли 3 мая, стал, пожалуй, самым точным летописцем полководческого искусства Ли и его понимания логистики, а также самым близким из его помощников на протяжении всей войны. Тейлор не избежал харизмы Ли: "Меня сразу привлекла и сильно впечатлила его внешность... Он казался солдатом и человеком, рожденным командовать", - писал он, но, не ограничиваясь природным даром Ли создавать впечатление серьезности, Тейлор быстро составил четкое представление о поразительной силе концентрации, терпении и необычайном профессиональном мастерстве своего нового командующего. Тейлор также сразу понял, что Ли ненавидел бесконечную, отнимающую время переписку, с которой ему приходилось иметь дело, несмотря на то, что сам он быстро и неустанно писал письма родным и друзьям. Молодой человек быстро превратил себя в амануэнта своего командира, избавив Ли от часов неблагодарной работы. Ли, по словам Тейлора, "не был удовлетворен, если к концу рабочего дня не решал все вопросы, требующие оперативного внимания", повторяя суждение великого солдата и администратора герцога Веллингтона: "Дела дня должны быть сделаны в течение дня".

Никто лучше Тейлора, который видел почти всю переписку Ли, не мог понять, с какими проблемами он столкнулся. Недостатка в рабочей силе как таковой не было - виргинцы так охотно шли добровольцами на защиту своего штата, что Ли приходилось отказывать тем, кого он не мог вооружить, - но было очень мало организованной подготовки или военного персонала и структуры, необходимых для превращения их в настоящую армию. Предложение бывшего губернатора Уайза сформировать роты снайперов, каждый из которых был бы вооружен собственной винтовкой, из жителей сельских районов Западной Вирджинии, хотя и получило горячую поддержку президента Дэвиса и губернатора Летчера, было типичным проявлением любительского военного мышления, которое Ли считал необходимым пресекать. Как бы ни были искусны стрелки из западной Вирджинии в деле приготовления мяса на стол у себя дома, их винтовки были разных калибров, что усложняло логистические проблемы Ли, и не были оснащены средствами для крепления штыка, в эпоху, когда массовый штыковой удар все еще считался решающим фактором в сражении.

Ли боролся с нехваткой всего, что могло понадобиться его армии. Мушкеты были в таком дефиците, что многим добровольцам выдали гладкоствольные кремневые замки времен Революционной войны, а не более современное ударное оружие. Солдаты, получившие старое оружие, часто чувствовали себя униженными и разгневанными. Почти все остальное также было в дефиците, включая униформу, обувь, кавалерийские сабли и пистолеты, а также палатки, одеяла, лошадей, мулов и повозки - три последние оставались критической проблемой на протяжении всей войны. Тейлор не переставал восхищаться Ли: другу, с которым он работал в Банке Вирджинии до начала войны, Тейлор написал: "О! Мистер Баррот, он - козырь, солдат, джентльмен и, прежде всего, христианин". Тейлор быстро приспособился к рабочему дню Ли, который начинался после раннего завтрака и продолжался до одиннадцати вечера, а также к воздержанным привычкам Ли. Но несмотря на преждевременное преклонение Тейлора перед своим начальником, знал об этом Ли или нет, его роль превратилась в роль опытного военного бюрократа, южного эквивалента Дуайта Д. Эйзенхауэра середины XIX века восемьдесят лет спустя, до того как Айк встал из-за стола и принял на себя активное командование операцией "Факел", вторжением союзников в Северную Африку.

Ли был завален проблемами. Одно дело - призвать ополченцев и добровольцев, другое - решить, как долго они будут служить. По этому важнейшему вопросу Ли и Виргинский конвент сильно расходились во мнениях. Губернатор Летчер и члены конвента хотели ограничить срок призыва - многие из них считали, что война закончится быстро, возможно, после одной победы, в то время как Ли, чье мнение о продолжительности войны было гораздо более пессимистичным (и, как оказалось, более реалистичным), хотел, чтобы люди были призваны "на время войны". В итоге Ли пришлось согласиться на годичный срок службы, что привело к предсказуемым проблемам весной 1862 года, поскольку срок службы мужчин истек как раз в тот момент, когда они были наиболее необходимы.

Его проблемы еще больше осложнились в связи с переносом столицы Конфедерации из Монтгомери в Ричмонд. Вооруженные силы Виргинии вскоре должны были стать частью армии Конфедерации, и войска Конфедерации из других штатов неизбежно должны были получить приказ занять позиции в Виргинии. Хотя Ли и Джефферсон Дэвис очень уважали друг друга - жесткость характера Дэвиса и нелюбовь Ли к политике делают маловероятным, что они были "друзьями" в общепринятом смысле этого слова, - интеграция правительства и вооруженных сил Виргинии в состав Конфедерации не была ни легкой, ни популярной во всем мире. Виргинцы были склонны считать, что они являются primus inter pares * и что обороной Виргинии должны командовать виргинские генералы, в то время как войска из других штатов думали, что они идут на помощь Виргинии, а в некоторых случаях, что есть более важные боевые действия, которые должны быть сделаны ближе к дому. Читая переписку Ли в мае и июне 1861 года, можно восхититься как его стратегическими способностями, так и тактом. Как бы его ни поджимало время и какими бы критическими ни были обстоятельства, Ли никогда не отказывался сформулировать свои приказы как предложения или похвалить даже самых непокорных из своих старших офицеров.

Он сразу понял стратегическую реальность положения Вирджинии, которую можно объяснить с помощью простой аналогии. Если положить левую руку перед собой, широко расставив пальцы и большой палец, и представить ноготь большого пальца как Ричмонд, то каждый из вытянутых пальцев представляет собой точку, в которой враг может войти в Виргинию, и где география, русло реки и ее долина или направление горных хребтов могут благоприятствовать атакующему и предложить ему естественные "точки доступа". Двигаясь с востока на запад, указательный палец представляет длинный полуостров между реками Йорк и Джеймс, который был легко доступен для врага из-за военно-морской мощи Союза и который в случае смелого захвата мог одним ударом отрезать Ричмонд от остальной Вирджинии и Юга. Средний палец представляет Александрию и путь Оранжево-Александрийской железной дороги, по которому враг может добраться до жизненно важного железнодорожного узла в Манассасе и снова изолировать столицу. Безымянный палец представляет долину Шенандоа от Харперс-Ферри на юг до Уэйнсборо и Линчбурга, где враг может не только разрезать Виргинию на две части, но и перерезать железную дорогу Ричмонд