Джона Брауна, был занят вирджинскими "добровольцами", многие из которых были ополченцами, но не раньше, чем небольшой отряд уходящих войск Союза поджег мастерские и складские здания, уничтожив большую часть хранившихся там мушкетов, но оставив нетронутыми станки для их производства. Виргинским офицером, командовавшим войсками, удерживавшими Харперс-Ферри, был малоизвестный и в меру эксцентричный бывший бревет-майор армии США Томас Дж. Джексон, профессор естественной и экспериментальной философии и инструктор артиллерии в Виргинском военном институте в Лексингтоне. Он отличился в Мексиканской войне и вскоре получил прозвище "Стоунволл", став самым ценным командиром корпуса Ли, а в качестве южного героя уступая лишь самому Ли. Хотя Ли видел и восхищался Джексоном, сражавшимся в Мексике, он, возможно, не сразу понял, что потеря тысяч крайне необходимых винтовок была менее важна, чем тот факт, что майор Джексон присоединился к делу.

Второй инцидент связан с Норфолкской военно-морской верфью. Она была захвачена войсками Конфедерации, а затем быстро отвоевана в результате дерзкого набега с моря, во время которого войска Союза подожгли большинство кораблей и верфи, а затем ушли с одним из военных судов на буксире - ранняя и постыдная демонстрация военно-морской мощи Союза. Положительным моментом было то, что удалось спасти более 1000 хранившихся морских орудий и около 3000 бочек пороха, а многие орудия можно было установить на повозки и использовать в качестве артиллерии на суше, но потеря кораблей стала серьезным ударом. Несколько из них были восстановлены от ватерлинии вверх, а корпус одного из них, парового фрегата U.S.S. Merrimack, в конечном итоге будет переделан в конфедеративный броненосец Virginia и сразится с союзным броненосцем Monitor в марте 1862 года.

В ответ на обстрел форта Самтер Линкольн 15 апреля издал "Прокламацию", призывающую "ополчение нескольких штатов Союза в количестве семидесяти пяти тысяч человек... для надлежащего исполнения законов". Это была та самая армия, командование которой было предложено Ли 18 апреля. Охарактеризовав "нынешнее состояние общественных дел" как "чрезвычайный случай", президент приказал мятежникам "разойтись и мирно разойтись по своим местам жительства в течение двадцати дней с этой даты". По замыслу Линкольна, эта прокламация была не столько объявлением войны, сколько намеком на то, что 5 мая или вскоре после него федеральное правительство предпримет военные действия против штатов, которые отделились. Это давало Ли менее двух недель на подготовку к обороне Виргинии от превосходящих сил. События развивались с головокружительной быстротой. Бомбардировка форта Самтер началась 12 апреля, через три дня, 15 апреля, Линкольн выпустил прокламацию, призывающую 75 000 человек; 18 апреля Ли предложили командовать новой армией Союза, которая была призвана; в начале 19 апреля он подал в отставку из армии США. 22 апреля он навсегда покинул Арлингтон и вместе с судьей Робертсоном отправился на поезде в Ричмонд, а 23 апреля он уже командовал вооруженными силами Виргинии, и оставалось всего двенадцать дней до вступления в силу срока, установленного в прокламации президента.

Ли немедленно приступил к преобразованию хаоса в основы эффективной военной машины. Он быстро собрал личный штаб (возможно, самым важным его членом станет молодой Уолтер Херрон Тейлор, выпускник Виргинского военного института, который останется с Ли на протяжении всей войны) и ловко заменил неумелых или престарелых старших офицеров ополчения (большинство из них в той или иной степени обладали местным политическим влиянием) на опытных офицеров. Он разработал планы по сбору оружия отовсюду, откуда только можно, и назначил железнодорожные узлы по всему штату, где роты ополчения могли бы собираться и вооружаться под командованием опытного офицера и обучаться строевой подготовке курсантами, отобранными из VMI. Он лично осмотрел оборонительные сооружения в Харперс-Ферри и Норфолке и принялся копать полевые укрепления, в которых он был признанным экспертом. Вскоре он основал под Ричмондом учебный склад, прозванный Кэмп-Ли, чтобы превращать гражданских добровольцев в солдат. Ли поразил всех своей энергией и профессиональным мастерством, собрав за несколько недель армию, состоящую из "40 000 солдат [и] ста пятнадцати орудий полевой артиллерии", а также группу офицеров, многие из которых стали одними из ведущих генералов Юга - в том числе Томас Джей ("Стоунволл") Джексон, Джон Белл Худ, компаньон Ли из Кэмп-Купера, Техас, и Джон Б. Магрудер.

Ли всегда знал, что всего в нескольких милях к северу, в Союзе, его друг и наставник генерал Уинфилд Скотт делал то же самое в гораздо больших масштабах и с гораздо большими ресурсами для командования. Несмотря на свою безупречную вежливость, Ли не смог добиться всего этого, не попортив при этом перьев, в основном потому, что он не казался многим людям достаточно воодушевленным по поводу сецессии или способности Юга выиграть войну. Отчасти это был реализм профессионального военного, не склонного к легкому оптимизму солдат-дилетантов; отчасти - тот факт, что, кто бы ни выиграл войну, мир, который он знал и любил, будет разрушен. Армии будут маршировать взад и вперед по Вирджинии, выкорчевывая семьи, уничтожая фермы и посевы, угрожая установленному порядку, который был так дорог Ли, и нарушая изящество, формальность и традиции 200-летней давности.

Это предчувствие потери глубоко тронуло Ли и сбылось быстрее, чем он предполагал. Хотя и он, и Кьюстис мягко - возможно, слишком мягко - предупредили миссис Ли, что ей, возможно, придется покинуть свой любимый Арлингтон, она осталась дома, написав ему в Ричмонд, что никогда не видела "страну более прекрасной, совершенно сияющей. Желтый жасмин [сейчас] в полном цвету и благоухает во всем воздухе".

"Ты должна переехать", - написал он ей в резкой форме 26 апреля. Когда она этого не сделала, через неделю он призвал ее "подготовить все вещи к переезду... ...и быть готовой к переезду в любой момент", но опять безрезультатно. В конце концов ее кузен Ортон Уильямс приехал из военного министерства, чтобы предупредить Мэри, что на следующий день дом займут войска Союза. Утром он снова приехал, чтобы сказать, что занятие Арлингтона откладывается, но не отменяется - она должна действовать, и быстро. Ее дочь Милдред была в школе, а Энни уехала на плантацию Памункей-Ривер со своим братом Руни и его женой, так что Мэри и ее дочери Агнес оставалось только руководить монументальной задачей по упаковке содержимого Арлингтона. Серебро семейств Ли и Кьюстис было уложено в два тяжелых сундука, вместе с личными бумагами Ли и "незаменимыми документами Вашингтона и Кьюстиса", и отправлено по железной дороге в Ричмонд. Семейные портреты и картины мистера Кьюстиса были аккуратно извлечены из рам и перевезены на повозке в Равенсворт для хранения. Ковры, ковровые дорожки, драпировки и книги были сняты и убраны на хранение, как