Подобные идеи были высказаны и в составленной митрополитом Неофитом отдельной докладной записке царю. Б. Филов в своем дневнике отмечал, что «она была написана в довольно остром тоне», и это дало положительный результат. Долгое время отказывавший в аудиенции митрополиту Неофиту царь решил встретиться с малым составом Синода. Накануне этой встречи,

14 апреля, Филов постарался использовать все свое влияние, чтобы убедить Бориса III в несостоятельности позиции архиереев. Так называемая «историческая конференция» произошла

15 апреля во дворце «Врана» в присутствии премьер-министра. Председательствовавший на ней царь негативно охарактеризовал спекулятивный дух еврейства, который якобы стал причиной и нынешнего мирового катаклизма, и выразил сомнение, что крестившиеся евреи сделали это по убеждению и не отрекутся от христианства позднее. Очень активно нападал на иерархов по еврейскому вопросу Б. Филов, но они стойко защищали свою позицию и заявили руководителям государства об угрожающих последствиях задуманной ими акции. Отдельно выступил митрополит Стефан, так как в Софии проживало больше всего евреев — 27 тысяч679. В результате первая попытка депортации евреев с территории самой Болгарии потерпела неудачу.

Однако на этом дело не закончилось. В мае 1943 г. под давлением Германии был составлен новый план депортации, теперь уже всех 48 тысяч болгарских евреев. В ходе его разработки были подготовлены два варианта (или этапа) — первоначальный план «Б», предусматривавший выселение в провинцию 25 тысяч евреев Софии, и план «А», где речь шла о полной депортации евреев из Болгарии. После того как царь санкционировал план «Б», Совет Министров 21 мая принял постановление о выселении из столицы евреев, за исключением крещеных до 29 августа 1942 г., граждански мобилизованных, женатых на лицах нееврейского происхождения и заразно больных680.

Рано утром 24 мая — в национальный праздник святых Кирилла и Мефодия к Софийской митрополии пришло множество евреев, которые сообщили митрополиту Стефану о начавшихся на них гонениях и намерении правительства выслать их из Софии, а затем в Германию (в частности, о подготовке первых списков видных евреев, подлежащих депортации в немецкие концлагеря) и просили передать составленное двумя раввинами прошение о милости царю на торжественном богослужении в Александро-Невском соборе. Владыка заявил пришедшим: «Я укрою всех евреев в церквах и монастырях, но не выдам их на расправу», затем позвонил по телефону во дворец и узнал, что царя нет в Софии. Затем митрополит совершил богослужение и в проповеди, апеллируя к органам государственной власти, заявил: «Да не поработится свободолюбивая, демократичная и общительная болгарская душа, осмысленно принимающая человечность и братолюбие, чуждым внушениям, влияниям и заповедям». Владыка также сказал, что судьба евреев предопределена Богом и что люди не имеют право их преследовать. После богослужения митрополит Стефан передал прошение столичных евреев начальнику царской канцелярии Павлу Груеву и говорил с Б. Филовым и министром внутренних дел П. Габровским о «милости к еврейскому меньшинству», но не получил никакой гарантии. Филов посоветовал Владыке перестать беспокоить царя и правительство заступничеством за евреев, на что митрополит Стефан заявил, что церковное заступничество является «не политикой, а нравственным, христианским и человеческим долгом»681.

Владыка также телеграфировал в Видин митрополиту Неофиту, который со своей стороны настойчиво просил Филова и Груева, чтобы прошение софийских евреев достигло царя. Митрополит Стефан дополнительно составил обширное послание Борису III с просьбой употребить все царское влияние и положить конец «вандализму и настоящему скандалу для болгарского миролюбия и человеколюбия». Это послание поступило к царю, и через начальника своей канцелярии он заверил, что с большим вниманием «отнесся к ее содержанию». Одновременно Владыка направил в правительство другой протест, против запрета евреям встречать Пасху и гонений на них и подал докладную записку в Синод о необходимости быстрой реакцию на новую угрозу евреям и освобождении двух арестованных раввинов. Митрополит пообещал, что сам сядет под домашний арест, если арестованные евреи не будут освобождены1.

Послание митрополита Стефана было доставлено Борису Ш, и П. Груев сообщил Владыке, что царь отнесся к нему с большим вниманием и обещал максимально облегчить проводимое по закону преследования евреев. В результате гонения были уменьшены, опасность отправки в Польшу первой группы евреев из Ломского концлагеря устранена, режим в других лагерях смягчен и задержанные в Софии в полицейских участках, за небольшими исключениями, освобождены. Однако значительную часть евреев Софии в ходе проведенной с 26 мая по 7 июня акции все-таки выслали в провинцию, причем 120 человек заключили в концлагерь Самовой682 683.

27 мая состоялось внеочередное заседание Священного Синода, на котором митрополит Стефан сообщил, что «еврейское меньшинство в столице подверглось тяжелым моральным и физическим преследованиям», снова просил защитить евреев и уведомил архиереев, что ввиду исключительных условий указал подведомственным ему священникам принимать в лоно Болгарской Православной Церкви «большое количество» иудеев. Члены Синода выслушали это сообщение с большим вниманием и, «ввиду исключительных условий», поручили митрополиту Неофиту встретиться с Б. Филовым и П. Груевым, чтобы еще раз напомнить позицию Церкви. На следующий день наместник-председатель Синода написал соответствующее письмо премьер-министру и министру иностранных и религиозных дел684.

28 мая правительство известило митрополита Стефана, что оно не будет признавать крестильные свидетельства Софийской митрополии. Владыка в свою очередь тут же информировал Синод, что исполнял свой долг, а правительство «вступает в пререкание с Апостолами Церкви». В тот же день малый состав Синода решил, что невозможно не принимать в Христианскую Церковь евреев, и уведомил Министерство иностранных и религиозных дел, что Церковь не подчинится любому запрещающему указу, так как «не может отказать от заветов Спасителя»685. Фактически Священный Синод был готов буквально распахнуть ворота храмов для массового крещения с целью спасения жизни евреев, если бы не удалось избавить иудеев от депортации.

Такая опасность вновь появилась в июне 1943 г. В этом месяце была предпринята третья и последняя попытка депортировать болгарских евреев в Германию. Комиссариат по еврейскому вопросу даже арендовал шесть кораблей на Дунае для перевозки 25 тысяч человек, но сопротивление общественности, в том числе церковной, сорвало и третью попытку686.

В эти дни митрополит Стефан обратился с архиерейским посланием к народу, призывая не оставлять гонимое еврейское меньшинство в унынии и отчаянии и содействовать ограничению произвола Комиссариата по еврейскому вопросу, чтобы избежать позорных действий, о которых в ближайшем будущем придется сожалеть. Этим дерзким поступком Владыка вызвал гнев многих правительственных чиновников. Комиссариат по еврейскому вопросу