Иногда обстоятельства складывались так, что ни магистр или его заместитель, ни маршал не имели возможности повести братьев-воинов в набег. В этом случае маршал назначал командора рыцарей. Первым в этом звании был некий Аймар, племянник маршала, который в 1220 г. командовал отрядом, отправившимся из Дамиетты на помощь Раймунду-Рупену в Тарс. Аймар промедлил и не выполнил свою миссию. Генеральный капитул 1301 г. издал указ, разрешавший командору во время набега передавать оружие убитых братьев другим воинам его отряда. Собравшийся несколько ранее Генеральный капитул разрешил Главному командору назначать командора рыцарей в Акре в случае, если все члены Конвента окажутся за пределами Иерусалимского королевства. В XIV в. командор также командовал отрядами воинов, которые высаживались с кораблей флота госпитальеров.

Магистр-эсквайр Конвента был начальником над эсквайрами и грумами, и в его ведении было все хозяйство конюшен. Его не следует путать с магистром-эсквайром, в подчинении которого были все эсквайры Великого магистра ордена и который впоследствии стал известен как главный эсквайр. Должность магистра-эсквайра Конвента впервые упоминается в 1206 г., ему было позволено иметь трех коней для личных нужд. Он был сержантом-воином, который подчинялся маршалу. Это была одна из самых важных должностей, которую мог занять сержант. Он имел в своем распоряжении собственных эсквайров. Его обязанностью было передавать коней и доспехи погибших братьев маршалу и наблюдать за прибытием судов с лошадьми на Кипр. Для предотвращения возможных случаев коррупции с 1301 г. он должен был представлять ежемесячные отчеты о своей деятельности. Вероятно, он постоянно участвовал в рейдах и нес ответственность за эсквайров и коней. Эсквайры составляли значительный процент оплачиваемых слуг в ордене. Однако, по-видимому, не делалось никакого различия между оруженосцами, в чьем ведении были оружие и доспехи, и грумами. В 1302 г. каждый брат-рыцарь имел двух оруженосцев, а каждый сержант-воин – одного. Рыцаря-тамплиера обычно сопровождали в битве два эсквайра; один стоял рядом с рыцарем и держал его копье, а второй находился позади оборонительной линии и присматривал за сменными лошадьми. В обязанностях магистра-эсквайра было поддерживать дисциплину и отвечать за безопасность братьев. Сменялись они довольно быстро, и, возможно, каждый новый маршал назначал своего собственного магистра-эсквайра.

Доверительные отношения среди орденских братьев помогали поддерживать твердую дисциплину в войсках христиан. В уставе тамплиеров целый раздел был посвящен воинским обязанностям. Ничего подобного не сохранилось в документах госпитальеров. Нам известно, как организовывался кавалерийский набег. Его мог возглавить магистр, его заместитель, маршал или командор рыцарей; видимо, в отряде также был свой священник. Братья надевали поверх лат плотно прилегающие монашеские сутаны и черные плащи (cappae); после 1248 г. появились широкие камзолы свободного покроя с вышитым на груди крестом, которые тоже носили поверх доспехов. В 1259 г. папа Александр разрешил братьям-рыцарям носить алый камзол с изображением белого креста, и в 1278 г. это одеяние было принято всеми братьями-воинами. Во время набега вне боя госпитальеры приторачивали часть доспехов сзади себя к седлу, оставаясь всегда в шлеме и поножах. Попытка грабежа в целях личного обогащения жестко пресекалась; трофеи, захваченные в сражении, предназначались для всех. Брат извергался из сана навсегда за дезертирство с поля боя, измену маршалу и братьям или переход на сторону мусульман. Несмотря на возраст, ни один брат-воин не мог уйти с действительной службы без разрешения магистра.

Мало что известно о состоянии воинской дисциплины в замках госпитальеров. В крепостях, расположенных на границах с мусульманскими государствами, ворота наглухо закрывались после вечерней службы и свободный выход не разрешался ни одному брату. На ночь выставлялась стража. Генеральный капитул 1283 г. запретил защитникам замка капитулировать без приказа коменданта, не поставив также прежде в известность магистра и Конвент. Этот статут был принят, вероятно, из-за обстоятельств, сопровождавших сдачу в 1271 г. замка Крак-де-Шевалье. Следует вспомнить исторический факт, что, когда египтяне предложили захваченным в плен вождям Седьмого крестового похода свободу в обмен на передачу им замков тамплиеров и госпитальеров, им было заявлено, что это неосуществимо, потому что кастеляны дали клятву на Святых мощах никогда замков не сдавать.

Не следует забывать, что значительную часть войска госпитальеров составляли туркополы; рыцари и сержанты, служившие за жалованье; вассалы и союзники. Арабы полагали, что обоз с продовольствием и оружием, который они захватили в 1157 г. у Банияса, сопровождали не только орденские братья, но также сержанты, тамплиеры, отряд франкских пехотинцев и союзники-мусульмане. В 1168 г. Жильбер д’Эссайи обещал выставить 500 рыцарей и такое же число туркополов для вторжения в Египет. В основном, вероятно, это были наемники; и соглашение, заключенное между магистром и королем Амори I, предусматривало, что ожидаемые большие трофеи ордена должны пойти на оплату воинов, принявших участие в этой кампании. Туркополы сражались при Арсуре в 1191 г., при Газе в 1244 г., при завоевании Родоса в 1306 г. В 1179 г. их гарнизон разместили в Бетгибелине, в 1258 г. – в Акре. В 1212 г. Крак-де-Шевалье удерживали 2 тысячи солдат, а Маргат – 1 тысяча. В 1280-х гг. в гарнизоне Маргата было 600 всадников. Большая их часть получала, вероятно, плату за службу. В 1268 г. Гуго де Ревель пишет в своем послании, что орден снабжал продовольствием на Востоке до 10 тысяч воинов; многие из них, вероятно, были наемниками. В 1291 г. в Акре в войске госпитальеров определенно служили наемники. Наиболее интересную информацию, однако, мы получаем из описаний совместных кампаний. В 1203 г. госпитальеры в Маргате и Крак-де-Шевалье сформировали большой отряд для нападения на Баарин. В него входили 400 всадников, 1100 пехотинцев и некое количество туркополов. В 1233 г. орден предпринял еще один поход на север, на этот раз целью была Хама. В войско магистра Герена были мобилизованы все наличные силы ордена: 100 рыцарей, 300 конных сержантов и свыше 1 тысячи пеших сержантов. К нему также присоединился магистр тамплиеров Арман де Перигор и весь его Конвент, 100 рыцарей-киприотов под командованием Жана Ибелина и Вальтера де Бриенна, 80 рыцарей из Иерусалимского королевства под началом Пьера Авалона и 30 рыцарей из Антиохии под началом Анри, брата князя. В 1282 г. магистр направил отряд из 50 братьев в полном вооружении, которым были приданы 50 туркополов в Киликийскую Армению.

Среди наемников самыми многочисленными были, по-видимому, туркополы. Они представляли собой туземную кавалерию. Это была легкая конница, вооруженная луками; туркополов использовали и как вспомогательные части в войске рыцарей. В 1206 г. они входили в свиту некоторых чиновников администрации ордена. В Госпитале у них были свои казармы. Из их среды выделился важный администратор ордена – туркопольер, который командовал отрядами туркополов. Первое упоминание о нем относится к 1203 г.; к 1248 г. он стал братом, возможно в ранге сержанта-воина, и подчинялся он маршалу. В 1303 г. его ведомство стало конвентуальным бейливиком. Генеральный капитул в том же году постановил, что, хотя туркопольер уже больше не подчинялся маршалу, все же он выполнял его приказы в военных и административных вопросах, касавшихся туркополов. Он получал из казначейства 100 сарацинских безантов в год и 50 мер вина, производившегося на двух виноградниках Кипра. Известны еще две должности – Master Crossbowman (магистр арбалетчиков) и Master Sergeant (магистр сержантов). Эти магистры определенно не были членами ордена, поскольку им не позволяли трапезовать вместе с братьями. Вероятно, они были мирянами, и они командовали наемными сержантами-воинами. В орденских войсках Пятого крестового похода были отряды наемников-арбалетчиков. В отдельных случаях госпитальеры использовали осадные машины, для обслуживания которых были нужны технические специалисты. При осаде Акры в 1191 г. они применили камнеметательную машину; во время Пятого крестового похода под стенами Дамиетты их требушеты и другие осадные машины вызвали всеобщее восхищение, одно из орудий пробило брешь в крепостной стене. В 1285 г. на стенах Маргата были установлены мангонели; в 1251 г. Акру защищали метательные машины. Неизвестно, существовал ли специальный департамент для строительства и обслуживания подобного сложного оружия, но, что более вероятно, необходимые машины и строительные материалы приобретали, когда в них появлялась необходимость.