Прежде чем Скотт решил, как лучше взять Мехико, он решил атаковать Молино-дель-Рей, крепкое каменное здание у основания Чапультепека, где, как ему сообщили, Санта-Анна отливал бронзовые пушки. Он хотел, чтобы дивизия Уорта предприняла ночную атаку на него, но после бурной сцены Ли удалось переубедить Скотта. Атака началась при свете дня 8 сентября, но результат оказался неутешительным. Ворт атаковал без достаточной артиллерийской подготовки, захватил здание, в котором не было никаких признаков пушечного литейного цеха, и был почти отброшен назад мексиканской контратакой, которая привела к почти 800 американским потерям в одном из самых тяжелых боев войны. Поскольку американцы сохранили здание, они могли заявить о победе, но она оказалась пирровой и стала предупреждением о том, что мексиканская армия, оказавшаяся буквально у ворот собственной столицы, все еще может сражаться с удивительной храбростью.

Молино дель Рей как ничто другое подчеркнуло ценность дара Ли к кропотливой разведке и тщательной расстановке артиллерии перед атакой. Теперь эти способности были использованы для поиска наилучшего способа нападения на Мехико с юга. В сопровождении двух других инженерных офицеров ему удалось подойти "на расстояние мили с четвертью от города" и понаблюдать за тем, что мексиканцы делают для улучшения обороны. Ли был впечатлен и стал нехарактерно осторожным в отношении возможности штурма Чапультепека, но он был убежден, что город может быть взят хорошо скоординированными атаками с юга. Он провел 9, 10 и 11 сентября в непрерывной разведке, почти без отдыха, ища лучшие места для размещения артиллерии; но на "военном совете" в ночь на 11 сентября Скотт окончательно решил атаковать Чапультепек, убедившись, что хорошо проведенный артиллерийский обстрел может выбить мексиканских защитников из крепости, и что после захвата Чапультепека, с вершины которого открывается вид на западную стену города, Мехико будет открыт для продолжительной атаки. С размещенной на нем американской артиллерией холм будет доминировать над двумя западными подходами к городу, который находился всего в миле от него. Хотя все присутствовавшие офицеры, кроме Борегара (и, в конечном счете, Твиггса), поддержали Ли, выступив против атаки, это показатель уважения, которое они испытывали к Скотту, что они мгновенно согласились с его решением. И здесь Ли кое-чему научился: генерал-командующий всегда должен прислушиваться к мнению старших командиров, но если он принял решение, его нужно слушаться. Как и генерал Скотт, на чей пример он опирался, Ли умел вызывать уважение и даже благоговение у тех, кто с ним не соглашался. Но, как и в случае с предпочтением Ли хороших манер перед прямыми приказами, иногда за это приходилось расплачиваться, как это случилось со Скоттом при Молино-дель-Рей и будет с самим Ли при Геттисберге.

Какими бы ни были его сомнения, Ли в течение следующих сорока восьми часов с головой погрузился в подготовку к атаке на Чапультепек, доводя себя до изнеможения. Под руководством лейтенанта Джорджа Б. Макклеллана он разместил четыре батареи тяжелой артиллерии, работая так быстро, что первые две батареи смогли открыть огонь утром 12 сентября, менее чем через двадцать четыре часа после получения Ли приказа. Огромный труд и опасность были связаны с доставкой 8-дюймовых гаубиц и 16- и 24-фунтовых орудий по мягкой, болотистой местности и установкой их на платформы, которые были вырыты киркой и лопатой, чтобы принять их, и все это на виду у противника и под постоянным вражеским огнем. Как только орудия были установлены, Ли отправился вперед, чтобы более тщательно изучить подступы к Чапультепеку. Он был настолько поглощен своей задачей, что генералу Скотту пришлось послать офицера, чтобы вернуть его в свой штаб в Такубайе. Там Ли застал Скотта в ярости. Он не получил никаких сообщений о том, как бомбардировка повлияла на мексиканцев, удерживающих Чапультепек. Скотт был полон решимости атаковать этим вечером и приказал одной дивизии идти на запад через густую кипарисовую рощу у подножия Чапультепека, а другой - атаковать с юга, прямо по крутой дороге, прорубленной в скале. Добровольцы были сформированы в два "штурмовых отряда", оснащенных лестницами, чтобы возглавить штурм. Ли, как старшему из присутствующих инженерных офицеров и тому, кто ближе всех подошел к Чапультепеку, пришлось уговаривать генерала Скотта отказаться от ночной атаки. Затем Ли было приказано проинструктировать командиров, которые должны были провести атаку - есть вероятность, что Скотт был слишком нервно напряжен, чтобы сделать это самостоятельно, - и в течение ночи войска заняли свои позиции к западу и югу от Чапультепека, а другие устроили "показную демонстрацию" перед южными воротами, чтобы обратить внимание Санта-Анны в неправильном направлении.

Ли провел ночь, осматривая батареи и следя за тем, чтобы повреждения, нанесенные ответным огнем мексиканцев, были быстро устранены. К этому времени он уже сорок восемь часов не спал, но ему было приказано направлять дивизию генерала Пиллоу в ее атаке на западный склон Чапультепека. Он отправился с передовыми отрядами, как только прекратилась бомбардировка, в восемь часов утра 13 сентября, подвергаясь артиллерийскому обстрелу, мушкетному огню и - новинка для того времени - зарытым минам, большинство из которых, к счастью, не сработали. Он наблюдал за тем, как поднимались лестницы, и штурмующие были отброшены назад с большими потерями. Он перегруппировал войска, и вторая попытка оказалась успешной. Ли сам взобрался по крутому склону на террасы на вершине в сопровождении лейтенанта Джеймса Лонгстрита, который будет командовать его корпусом справа в роковой третий день Геттисбергской битвы, и лейтенанта Джорджа Э. Пикетта, чья дивизия предпримет атаку на Кладбищенский хребет - последний акт в этой великой героической трагедии. В какой-то момент штурма Ли был "легко ранен", но ему удалось помочь раненому генералу Пиллоу спастись, а затем подняться на вершину, чтобы увидеть поднятие американского флага. Сама "крепость" оказалась не такой грозной, как опасались. Она была построена как дворец и не давала особой защиты укрывшимся в ней мексиканским солдатам. Огромное здание захватывали комната за комнатой, многие американские солдаты "бесчинствовали, грабили и охотились на беззащитных мексиканцев в отместку за зверства в Молино-дель-Рей", но, зная все, что мы знаем о Ли, мы можем быть уверены, что он был среди тех, кто решительно восстанавливал порядок и дисциплину в войсках. Поскольку он никогда не упоминал об этом, то, вероятно, не был свидетелем действий от пятидесяти до ста (мнения расходятся) курсантов мексиканской военной академии, которые стали знаменитыми мексиканскими Героями. * Шесть из них сражались насмерть, а последний мальчик, Хуан Эскутиа, завернулся в мексиканский флаг, развевавшийся над Чапультепеком, и