В ходе Брестских переговоров среди большевиков оформляется оппозиция в лице «левых коммунистов», призывающих к немедленному экспорту революции в другие страны и выступающих против мира с империалистическими державами. В группу «левых коммунистов» вошел и Дзержинский. «Левые коммунисты» призывали к полному уничтожению банков, отмене денег, децентрализации государственного и хозяйственного управления, были против привлечения к работе буржуазных специалистов, в том числе из царской армии и охранки.

Среди «левых коммунистов» были такие известные революционеры, как Куйбышев, Урицкий, Арманд, Коллонтай, Фрунзе, Ярославский, Бухарин, Радек, Бокий, Уншлихт, Землячка, Косиор, Штернберг и другие, — но не было Троцкого, что с самого начала делает несостоятельным тезис о том, что Дзержинский якобы был троцкистом и боролся против Ленина.

3 марта 1918 года в Брест-Литовске был подписан сепаратный мирный договор между Советской Россией и Центральными державами (Германией, Австро-Венгрией, Османской империей и Болгарским царством), продавленный Лениным. Он ознаменовал собой поражение и выход Советской России из Первой мировой войны. Вскоре ЦК левых эсеров приговорил к смерти немецкого посла графа фон Мирбаха. Там рассчитывали, что после этой акции Германия разорвет Брестский мир и начнет военные действия против России, а возмущенные этим немецкие рабочие свергнут кайзера. В качестве исполнителя выбор пал на 18-летнего «романтика революции», левого эсера Якова Блюмкина, которого Александрович назначил в ВЧК на должность начальника специально созданного для него немецкого отделения контрразведывательного отдела по наблюдению за охраной посольств. Готовясь к теракту, Блюмкин написал «Письмо к товарищу», своего рода предсмертную записку: «Черносотенцы-антисемиты с начала войны обвиняют евреев в германофильстве, и сейчас возлагают на евреев ответственность за большевистскую политику и за сепаратный мир с немцами. Поэтому протест еврея против предательства России и союзников большевиками в Брест-Литовске представляет особое значение. Я, как еврей, как социалист, беру на себя совершение акта, являющегося этим протестом».

6 июля 1918 года Блюмкин явился в посольство Германии якобы для обсуждения судьбы племянника посла, которого арестовала ВЧК. Блюмкина сопровождал фотограф того же отдела ВЧК, также левый эсер Николай Андреев. Около 14 часов 40 минут Блюмкин несколько раз выстрелил в посла, а Андреев, убегая, кинул в гостиную две бомбы. Посол погиб на месте, а нападавшие скрылись. Убийство фон Мирбаха послужило сигналом для вооружённого левоэсеровского мятежа.

После получения известия об убийстве графа фон Мирбаха Александрович отправляется в отряд Попова в Покровские казармы для участия в заседании ЦК партии левых эсеров, захватив с собой все наличные деньги ВЧК, которые он передает в партийную кассу. Александрович лично разоружил прибывшего для ареста Блюмкина Дзержинского и его охрану, заявив Дзержинскому: «По постановлению ЦК партии левых эсеров, объявляю вас арестованными».

Около 18 часов Александрович в сопровождении членов ЦК партии левых эсеров приехал в здание ВЧК на Лубянке, где арестовал заместителя Дзержинского Мартына Лациса. Однако на следующий день, при активном участии латышских стрелков и в результате артиллерийского обстрела главного штаба восставших в Трёхсвятительском переулке, где в это время находился и арестованный Дзержинский, мятеж был подавлен. Александрович был арестован и в ночь на 9 июля 1918 года расстрелян «за измену служебному долгу» в числе 13 активных участников мятежа. Блюмкин, также приговоренный к расстрелу, скрылся.

В августе 1918 года Дзержинский лично руководил ликвидацией заговора западных дипломатов. Он послал недавно поступивших на службу в ВЧК Яна Буйкиса и Яна Спрогиса в Петроград с заданием проникнуть в антисоветское подполье под видом представителей некой московской контрреволюционной организации. Чекистам через английских матросов удалось познакомиться с руководителем заговора, британским военно-морским атташе в России Фрэнсисом Кроми, к которому в начале марта 1918 года был прикомандирован Сидней Рейли, числившийся в картотеке британской разведки под кодовым именем S.T.-1 (настоящее имя Соломон Розенблюм, место рождения Одесса). Перебравшись в Москву, Рейли легко и свободно вербовал советских служащих (в том числе и секретаршу ЦИК Ольгу Стрижевскую) и получал от них нужные ему документы, в том числе свободный пропуск в Кремль по подлинному удостоверению сотрудника ЧК на имя Сиднея Релинского. Атташе Кроми отправил чекистов в Москву к Рейли с письмом к главе британской миссии Роберту Локкарту, профессиональному разведчику, который хотел установить контакты с командирами латышских стрелков. В Москве после совещания с Дзержинским и Петерсом было решено «подсунуть» Локкарту командира артиллерийского дивизиона латышской дивизии Эдуарда Берзина, выдав его для солидности за полковника. 14 и 15 августа Берзин встречался с Локкартом, а затем с Рейли, который передал Берзину 1 млн 200 тыс. рублей в качестве платы за свержение латышскими полками советской власти в Москве (для сравнения: зарплата Ленина составляла тогда 500 рублей). 30 августа было совершено покушение на Ленина и убийство в тот же день председателя Петроградской ЧК М.С. Урицкого. В ответ на это ВЦИК объявил «красный террор». Чекисты штурмом взяли британское посольство в Петрограде и арестовали заговорщиков. Фрэнсис Кроми, затеявший стрельбу, был убит. Ночью 1 сентября у себя на квартире в Москве был арестован Локкарт, а 3 сентября 1918 года газета «Извѣстія Всероссійскаго Центральнаго Исполнительнаго Комитета Совѣтов Крестьянских, Рабочих, Солдатских и Казачьих Депутатов и Московскаго Совѣта Рабочих и Красноармейских Депутатов» опубликовала официальное сообщение: «Ликвидирован заговор, руководимый британско-французскими дипломатами, во главе с начальником британской миссии Локкартом, французским генеральным консулом Гренаром, французским генералом Лавернем и другими, направленный на организацию захвата, при помощи подкупа частей советских войск, Совета Народных Комиссаров и провозглашения военной диктатуры в Москве».

Впечатляет и операция по ликвидации так называемого Тактического центра. За спиной заговорщиков стояла английская разведка SIS в лице ее резидента Пола Дьюкса, скрывавшегося в своих донесениях под псевдонимом S.T.-25. Чекисты установили его еще в июне 1919 года. Современный английский исследователь Филипп Найтли пишет: «SIS засылала своих лучших агентов, свободно говоривших по-русски и хорошо знающих страну и ее народ, в Москву и Петроград, предоставив им практически неограниченную свободу действий в создании агентурных сетей, финансировании контрреволюционной деятельности и возможность делать все ради уничтожения большевистской заразы еще в зародыше… Основными сотрудниками SIS, действовавшими в России, были Сидней Рейли, Джордж Хилл, Сомерсет Моэм, работавший также на американцев, и Пол Дьюкс. Сюда же мы отнесем и Роберта Брюса Локкарта, агента британской дипломатической службы в Москве, который, не будучи офицером SIS, принимал активное участие в ее деятельности в России».

С выходом частей Юденича к Петрограду контрреволюционеры планировали поднять восстание в городе. Сигналом к выступлению должен был послужить взрыв бомбы, сброшенной с аэроплана на Знаменскую площадь. Перед чекистами встала задача обезвредить опаснейший заговор. Операцию по его ликвидации лично возглавил приехавший в