Критическое отношение к ордену в Европе и решимость короля Кипра поставить в подчиненное положение госпитальеров были, вероятно, наименьшими проблемами, если сравнить все это с тем, что происходило в самом ордене, где царили неверие в собственные силы и разлад, нарастало стихийное возмущение. В Арагоне сестры ордена Святого Иоанна из Сихенского монастыря постарались выйти из-под юрисдикции ордена госпитальеров и обрести самостоятельность. Короли Арагона, папство и госпитальеры участвовали в решении этого вопроса, но рассмотрение притязаний сторон затянулось на несколько лет. В 1297 г. братья Кастильского приората подняли мятеж, причины которого неясны; но сопротивление было подавлено только после 1299 г. Ситуация осложнялась не только на местах, но и в центре. Жан де Вильер скончался между 20 октября 1293 г. и 30 сентября 1294 г. Госпитальеры выбрали магистром Одона де Пена, который в 1273 г. занимал орденскую должность драпьера. Поздняя традиция утверждает, что Одон на момент избрания был уже в преклонных летах и отличался религиозным фанатизмом. Но каков бы ни был его характер, а мы располагаем в этом плане очень скудной информацией, нет никакого сомнения, что братья были настроены решительно против его правления. Отчасти он сам был виноват в этом. Он мог унаследовать традицию автократического правления, которая, как об этом свидетельствуют многие, восходила к эпохе правления Гуго де Ревеля. После смерти Одона Конвент ордена госпитальеров на Кипре составил памятную записку для вновь избранного магистра Гийома де Вилларе, обвиняя не только Одона, но также предшествующих магистров в расточительстве, коррупции и злоупотреблении властью.

Время правления Одона, как нам представляется, было особенно тяжелым. В 1295 г. несколько высокопоставленных госпитальеров во главе с Бонифацием де Каламандра-сеном, Главным командором заморских земель, и Гийомом де Вилларе, приором Сен-Жиля и будущим магистром, собрались в Риме. Они представили папе план реформирования ордена. Эти предложения так и не были реализованы. Отчасти причина могла быть в том, что невозможно было убедить Римскую курию в необходимости претворить их в жизнь, а отчасти из-за смерти Одона. Подробнее это будет рассмотрено выше, но здесь достаточно сказать, что реформаторы предлагали сосредоточить управление орденом в руках семи дифиниторов, одним из которых станет магистр. Они будут решать все вопросы тайным голосованием большинством голосов. Они будут обязаны строго выполнять свои монашеские обязанности и приносить клятву соблюдать Устав, а также следить за тем, как соблюдается Устав и обычаи ордена. Бонифация VIII беспокоило положение дел в ордене. Реформаторы обратили его внимание на то, насколько плохо управляет орденом магистр. Гийом де Вилларе неоднократно обращался к папе по этому вопросу, заявляя о своей поддержке планов реформаторов. 12 августа 1295 г. папа в письме к Одону порицал его за несоблюдение Устава и обычаев Госпиталя и призвал его изменить отношение к своим обязанностям. Магистр, по-видимому, не последовал совету папы, и потому был вызван в Рим, чтобы объяснить свое поведение. Он умер 17 марта 1296 г. на пути в Европу.

Несколькими днями позже 26 марта Гийом де Вилларе был избран магистром на Генеральном капитуле, собравшемся в Лимасоле. Гийом родился в Провансе, который дал ордену нескольких братьев и сестер. Это были: Журден, аббатиса женского монастыря госпитальеров в Фьё, Бенедикт, сестра из монастыря Сихена, и ее брат Фульк, преемник Гийома в должности магистра. Сам Гийом де Вилларе сделал долгую и успешную карьеру в ордене. В 1260-х гг. он был драпьером, в 1269 г. – помощником приора Сен-Жиля. Когда Гийом де Вилларе управлял приоратом, одновременно, как можно предположить, он продолжал исполнять обязанности драпьера. В 1271 г. он стал приором Сен-Жиля и оставался им до избрания его магистром. Он был достойным приором, заслуги которого были признаны Конвентом ордена в 1299 г.; входил в группу реформаторов в Риме в 1295 г., где отстаивал перед папой и кардиналами интересы ордена.

Однако было найдено и иное применение его способностям. В 1274 г. папа Григорий X назначил его регентом графства Конта-Венессен, которым он управлял до середины 1280-х гг. В конце столетия он был советником короля Неаполя Карла II. Он, как говорили, стал «известен среди королей, сеньоров и князей и был любим ими». Он пользовался огромной популярностью и был знаком с государственными политиками и церковными деятелями, часто посещал королевские дворы Европы.

Однако его домом стал Сен-Жиль. Видимо, Гийому де Вилларе не нравился Восток, и он только дважды посетил Конвент в Сирии и на Кипре, вместо положенных по уставу шести раз. Когда его избрали магистром, он решил управлять орденом из своего приората. Были конкретные доводы в пользу этого решения. Европа была средоточием власти. Для магистра было особенно важно поддерживать прямые связи с церковными и высшими секулярными деятелями. Гийом де Вилларе, в силу своего личного влияния, имел возможность делать новые земельные приобретения для ордена в Западной Европе. Но конвентуальные бейлифы на Кипре, недовольные управлением орденом даже после ухода Одона, ни в коей мере не желали терпеть дальнейшего безначалия. Сразу после избрания Гийома они представили ему меморандум, в котором говорилось о продажности и плохом управлении предыдущих правителей ордена. Они соглашались признать его избрание только при условии, что он будет следовать обычаям ордена, как он и обещал.

23 августа 1297 г. Гийом созвал Генеральный капитул, который переехал из Авиньона в Марсель. Конвент неохотно согласился прислать своих представителей, несмотря на сомнительную законность этого собрания. Капитул настойчиво просил магистра вернуться в свою резиденцию на Кипре. Однако Гийом отказался переезжать, несмотря на то что Конвент при поддержке папы снова в 1298 г. потребовал его возвращения. Тогда 8 мая 1299 г. бейлифы в Лимасоле были вызваны на заседание нового Генерального капитула, который должен был собраться в Авиньоне 1 августа 1300 г., Гийом объяснил свое решение сложной обстановкой в Европе и добавил, что у него нет финансовых средств, чтобы со всеми почестями прибыть на Восток.

Конвентуальные бейлифы решили сопротивляться. Были выбраны два посланника, которым было поручено передать их ответ. Бейлифы рассмотрели причины отказа Гийома и сочли их несущественными. Затем они представили свою точку зрения. Право на созыв капитула имели магистр и Конвент, и его должны были проводить в том месте, где они имели общую резиденцию. Таким образом, он должен был собраться на Кипре, где находилось управление ордена согласно решению Генерального капитула, которое поддержал папа. В последнем обращении, которым бейлифы завершили изложение своих доводов, звучала плохо скрытая угроза. Они напомнили Гийому о том предупреждении, что высказал папа в адрес Одона де Пена, и еще раз подчеркнули, что приоры не могут участвовать в Генеральном капитуле без наличия документа, заверенного печатью Конвента. Давая инструкции своим посланникам, они напомнили им о последнем средстве сопротивления: потребовать от магистра esgart des frиres, то есть проведения судебного разбирательства.

Но, видимо, посланникам не пришлось идти на крайние меры. Решимость конвентуальных бейлифов принесла им успех, и Гийом де Вилларе пошел на уступки. В июле 1300 г. он был еще в Европе, а 5 ноября он занял место председателя Генерального капитула, собравшегося на Кипре. Было принято решение, что впредь Генеральные капитулы должны будут собираться на Кипре до тех пор, пока Конвент не вернется в Сирию. Постановления капитула, имешего место в Авиньоне и Марселе, были аннулированы. Сам Гийом больше не вернулся в Европу, но, по-видимому, так и не привык к жизни на Востоке. В 1302 г. до короля Арагона дошла весть, что магистр намеревался вернуться на Запад из-за проблем со здоровьем, «по причине дурного воздуха в тех местах».