Структура органов Союзного государства включает в себя Высший Государственный совет, Парламент, Совет министров, Постоянный комитет, Суд, Счетную палату, отраслевые и функциональные органы и создается для эффективной реализации целей Договора с четко определенной компетенцией каждого из органов. Строилась система управления, более характерная для государства, чем для международной организации.

При формировании высших органов Союзного государства принимался во внимание принцип паритетности, в соответствии с которым предусматривалось равное представительство каждого из государств-участников. В результате решение органа не могло быть принято, если за него проголосовали представители только одного государства. Это обеспечивает гарантию суверенитета участников, поскольку его следствием является то, что все решения органов Союзного государства понимаются только тогда, когда государство-участник в лице своих представителей высказало согласие на обязательность для данного решения.

Договор имел приложение в виде «Программы действий Республики Беларусь и Российской Федерации» по реализации его положений. В Программе раскрываются этапы создания Союзного государства, их содержание и временные рамки для реализации конкретных задач взаимодействия.

Образование Союзного государства вызвало заметный международный резонанс, привлекло внимание мировой общественности как уникальный, во многом новаторский, эксперимент по созданию государственно-политического образования новейшего типа.

26 января 2000 г. на первом заседании Высшего Государственного совета Союзного государства в должности государственного секретаря был утвержден П. П. Бородин, функциональная обязанность которого заключалась в руководстве Постоянным Комитетом Союзного государства, в решении текущих вопросов работы органов Союзного государства. Государственный секретарь входит также в состав Совета министров на правах заместителя председателя этого главного исполнительного органа Союзного государства. В тот же день в Кремле состоялся обмен ратификационными грамотами о вступлении в действие Договора о создании Союзного государства.

Союзное государство в своей правовой основе получило законодательную базу, созданную путем выполнения всех необходимых демократических процедур. Гражданам России и Беларуси были предоставлены равные права и равные возможности в деле построения своей социальной судьбы: доступ в высшие учебные заведения обеих стран, возможность участвовать в имущественных отношениях и т. д.

В рамках Союзного государства Беларуси и России была найдена оптимальная формула сохранения государственного суверенитета стран-участниц. Высшим органом Союзного государства был определен Высший Государственный Совет, в состав которого вошли главы государств, правительств и руководители палат парламентов обеих стран. Решения данного органа принимаются только путем согласования позиций государств-участников, а голосование осуществляется по принципу «одно государство – один голос». К ведению Высшего Государственного совета были отнесены важнейшие вопросы развития Союзного государства: создание в пределах своей компетенции органов Союзного государства, включая органы управления отраслевого и функционального характера; утверждение бюджета Союзного государства, принятого Парламентом Союзного государства; утверждение международных договоров Союзного государства; заслушивание ежегодного отчета председателя Совета министров Союзного государства о реализации принятых решений; определение местопребывания органов Союзного государства, выполнение иных функций, отнесенных к ведению Договором либо переданных на рассмотрение государствами-участниками.

Высший Государственный совет мог проводить свои заседания по мере необходимости, но не реже одного раза в квартал. Внеочередные заседания Высшего Государственного совета созывались по инициативе одного из государств-участников или председателя Высшего Государственного совета.

26 января 2000 года состоялось первое заседание Высшего Государственного Совета Союзного государства. Для обеспечения исполнения решений Высшего Государственного Совета и оперативного управления подчиненной ему системой отраслевых и функциональных органов Союзного государства был утвержден коллегиальный исполнительный орган – Совет Министров Союзного государства.

25 апреля 2000 г. на первом заседании Совета министров Союзного государства был принят его регламент, устанавливающий основные правила организации деятельности Совета министров по реализации его полномочий. На Совет министров возлагались функции разработки основных направлений общей политики развития Союзного государства, включая подготовку проектов законов Союзного государства, контроль за выполнением Договора, Программы по реализации его положений и актов Союзного государства, разработку бюджета, управление собственностью Союзного государства и ряд других.

На первых заседаниях Высшего Государственного совета Союзного государства был утвержден бюджет Союзного государства, рассмотрены вопросы формирования органов Союзного государства, обеспечения организационных и материально-технических условий их работы, выполнения первоочередных мер по выполнению «Договора о создании Союзного государства» и «Программы действий Российской Федерации и Республики Беларусь по реализации положений Договора о создании Союзного государства», утверждена Программа согласованных действий в области внешней политики государств-участников Договора о создании Союзного государства, а также принят ряд других важных решений по реализации Договора о создании Союзного государства.

В то же время в системе органов управления выявились существенные статусные противоречия. Так, Союзный парламент по своему статусу должен был быть выше, чем парламенты России и Беларуси, но в реальной политической жизни он такой роли не играл. Вопрос соподчиненности органов управления Союзного государства оказался одним из наиболее болезненных в ходе его институционализации.

Совет министров должен был обеспечивать создание и развитие единого экономического пространства, проведение единой финансовой, налоговой, кредитной, денежной, валютной, ценовой и торговой политики, координировать процесс унификации законодательств, способствовать проведению согласованных действий государств-участников в международных делах, в сфере обороны, безопасности, обеспечения законности, прав и свобод граждан, обеспечения общественного порядка и борьбы с преступностью, а также в области культуры, науки, образования, здравоохранения, социального обеспечения и охраны окружающей среды.

При Совете министров Союзного государства начал действовать институт представителей государств-участников Договора, обеспечивающих координацию деятельности органов исполнительной власти государств-участников по реализации положений Договора. Договором так же предусматривалось формирование отраслевых и функциональных органов Союзного государства. Например, в ведении Таможенного комитета Союзного государства должны были находиться вопросы единой торговой и таможенно-тарифной политики, Пограничный комитет должен был определять пограничную политику Союзного государства и т. д. Предполагалось, что отраслевые и функциональные органы будут формироваться по мере передачи предметов исключительного ведения Союзному государству.

Высший Государственный совет и Совет министров Союзного государства не являлись постоянно действующими органами Союзного государства, их деятельность носила сессионный характер. В связи с этим в структуре было предусмотрено создание Постоянного комитета, своеобразного управленческого аппарата, обеспечивающего деятельность вышеуказанных органов.

Постоянный комитет должен был обеспечивать деятельность Высшего Государственного совета и Совета министров Союзного государства и являлся ответственным за подготовку их заседаний, должен был координировать работу отраслевых и функциональных органов Союзного государства и их взаимодействие с исполнительными органами государств-участников, осуществлять контроль за выполнением решений Высшего Государственного совета и Совета министров, а также поручений председателя Высшего Государственного совета, председателя Совета министров.

Постоянный комитет совместно с соответствующими органами государств-участников должен был осуществлять предварительное рассмотрение программ, проектов и мероприятий Союзного государства, готовить заключения по проектам актов, вносимых на рассмотрение Высшего Государственного совета и Совета министров Союзного государства, осуществлять другие функции, предусмотренные Договором и Положением о Постоянном комитете.

В состав данного органа на паритетной основе входили члены Постоянного комитета, являвшиеся по должности заместителями государственного секретаря, отвечающими за конкретные