Тут выяснилось, что лучшие мамлюки султана находились в резерве. Это вызвало взрыв возмущения среди египтян, и часть солдат отказалась сражаться. Весь правый фланг оставил свои позиции, а вслед за ними отошел и левый фланг. Тогда османы начали атаку, и мамлюки, что бы избежать окружения, бросились в бегство. Их султан покончил с собой. Египетский историк XVI века Ибн Ийас Мухаммед писал о гибели Кансух аль-Гури: «Говорят, что, убедившись в поражении, он принял яд из перстня, который всегда был при нем и, когда яд проник внутрь, он потерял сознание, упал с лошади и умер в одночасье».

Весть о победе османов послужила сигналом к восстанию в Халебе. Горожане перебили мамлюкский гарнизон и заперли городские ворота. Так же поступили и жители Айнтаба и других северных городов. Несколько эмиров, высших сановников, халиф Мутеваккиль и три египетских шейх уль-ислама, находившиеся при армии, сдались османам. Ханифитский же шейх уль-ислам бежал, но по дороге был ограблен бедуинами.

После грандиозного поражения часть мамлюков во главе с Хайр-беком в сентябре 1516 г. перешла на сторону османов, а остальные разбежались. Загнав коней и побросав оружия, оборванные или даже голые, они добрались до стен Дамаска. Но тут мамлюков ждало разочарование - в города царило безвластие. Тогда мамлюки, группами и в одиночку стали пробираться в Египет. Мамлюкский корпус полностью прекратил свое существование.

28 августа 1516 г., Селим I, приветствуемый горожанами, вступил в Халеб, а на следующий день в пятничной хутбе он был провозглашен «Служителем обоих священных городов» («Хадим аль-хурамейн»). Таким образом, он принял титул, который со времен Салах ад-Дина носили правители Египта, и утвердил себя в качестве духовного и светского главы мусульманского мира. По примеру мамлюков он стал именовать себя «султан ислама» или «падишах-и ислам».

Все население Сирии радостно приветствовало османские войска. Население Триполи, Сафеда и других городов Южной Сирии, Ливана и Палестины перебило мамлюкские гарнизоны, захватило крепости и свергло прежние власти. Крестьяне же начали настоящую охоту за уцелевшими мамлюками.

При подходе османских войск сирийцы открывали им ворота городов. 20 сентября 1516 г. Селим I вступил в Хаму, 22 сентября - в Хомс. В Дамаске вспыхнуло восстание. Власть захватили городские ополченцы, они разграбили дома франков, самаритян, улемов и богачей. Власти Дамаска вместе с семьями спешно покинули город. Население радостно встречало османов. Улицы Дамаска были выстланы шелками, на которые 9 октября 1516 г. ступил конь Селима I.

В Дамаск к Селиму прибыли делегации из Триполи, Бейрута, Сайды и других сирийских городов, чтобы засвидетельствовать свою покорность. Туда же прибыли и друзские эмиры Ливана, так же перешедшие на сторону турок. В обмен на номинальное признание вассальной зависимости они сохранили свою внутреннюю автономию.

30 ноября 1516 г. османские войска подошли к Газе - теперь Сирия и Палестина были полностью оккупированы.

Уже через несколько дней после занятия турками Дамаска прямо под стенами города начал работу съезд представителей различных городов и местностей, созванных Селимом I. Султан выслушивал делегатов, разбирал конфликты, затем произвел назначения на важнейшие государственные должности, сохранив в основном прежнюю структуру управления.

Селим I резко (в 4 раза) снизил налоги и торговые пошлины. Но главным его деянием стало принципиальное перераспределение земель. Он создал комиссии для оставления новых канунов, раздела и регистрации земель в соответствии и законами землевладения в Османской империи.

Селим I уделял много внимания почитаемым в народе угодникам, святым мощам и местам их поклонения. Сохранилось предание, что грозный султан-завоеватель смиренно стоял в мечети Омейядов перед оборванным дервишем, не смея заговорить с ним первым. Он совершил трехдневное паломничество в Иерусалим. Но больше всего Селим I импонировал народу тем, что посетил могилу Ибн аль-Араби под Дамаском и повелел возвести там великолепный мавзолей.

Селим I оставался в Дамаске до середины декабря 1516 г. К этому времени исход войны был уже предрешен. Надо было только урегулировать отношения с мамлюками. Селим I хотел заключить с ними мир на условии, что они признают его в качестве халифа и служителя обеих священных городов.

16 декабря 1516 г. в Каир прибыло османское посольство и предложило мамлюкам признать себя вассалами османского султана. Тогда им позволялось управлять Египтом от имени Селима I, чеканить его имя на египетских монетах, произносить в пятничной хутбе, а дань платить как во времена аббасидских халифов. Но мамлюки никак не желали признать свое поражение и ни в какую не соглашались стать вассалами «хамского сброда», каким они считали османских правителей. Еще 11 октября 1516 г. они избрали себе нового султана - 38-летнего племянника Кансух аль-Гури Туманбая. Это был настоящий мамлюксий рыцарь, который свято верил в победу и потому резко отказал османским послам. Мало того, Туманбай приказал их умертвить, поскольку посчитал их поведение слишком вызывающим.

Таким образом продолжение войны стало неизбежным. Туманбай за короткий срок собрал и экипировал мамлюкский корпус, заручился поддержкой бедуинских племен и сформировал отряды наемников. В декабре 1516 г. в Каире заработал пушечный двор.

Туманбай решил прервать все коммуникации османов с Малой Азией, для чего отправил в Палестину 10-тысячный отряд мамлюков под началом бывшего наместника Дамаска Джанберди аль-Газали, героя битвы на Дабинском поле. Но 25 декабря в Палестине, недалеко от Бейсане, турецкие войска наголову разбили мамлюков. Османами командовал один из лучших полководцев империи Юсеф-паша. Турки бросали в мамлюкских рыцарей веревки с крюками, стаскивали их с коней и добивали топорами и ятаганами.

16 декабря 1516 г. основные силы османов выступили из Дамаска, пересекли Синайскую долину и к середине января 1517 г. добрались до дельты Нила. В Бильбейсе Селим I огласил воззвание к крестьянству и народу Египта. Он обещал им амнистию, гарантировал неприкосновенность личного имущества и заявил, что будет воевать только с мамлюками. Феллахи и бедные горожане радостно приветствовали османов. Они перестали платить налоги своему правительству, прославляли Селима и выдавали туркам местопребывание скрывавшихся мамлюков.

Туманбая же поддерживали только бедуины, которым он за каждого убитого турка платил золотом, и еще айяны, сохранявшие лояльность мамлюкам. В такой ситуации Туманбай решил отойти к Каиру. Около Риданийи (северного предместья мамлюкской столицы) он приказал вырыть траншеи и устроить палисады с гнездами для