В 1258 г. на ордынский престол после упорной борьбы сел внук Батыя Берке и, как считает М.Г. Сафаргалиев, «победа Берке в значительной мере была облегчена благодаря поддержке его кандидатуры со стороны мусульманских купцов, привлеченных еще при Батые золотоордынской администрацией и в качестве откупщиков дани. Одновременно он нашел поддержку мусульманского духовенства Хорезма и Булгара, желающего видеть на троне не язычника, а сторонника магометанской религии. Со вступлением на престол хана Берке мусульманские купцы действительно получили доступ ко всем государственным учреждениям, а перед мусульманским духовенством открылось широкое поле для миссионерской деятельности».

Очевидно, при хане Берке в Булгаре начинается строительство главной мечети, ибо, как считают специалисты, закладка фундамента этой мечети относится к основанию раннезолотоордынского слоя (слой 4р). Это было внушительное сооружение из белого камня почти квадратной формы 32 на 34 м, с высоким (25 м) также белокаменным минаретом. Как считает С.С. Айдаров, ближайшие аналогии этой мечети находятся в Малой Азии — мечеть султана Алаеддина первой половины XIII века в столице Сельджукидов Конии. Мечеть в Булгаре была главной или джами (джума) мечетью. Позднее она в какой-то мере стала эталоном для строительства и других мечетей в ведущих городах Орды — Старом Крыму, Бельджамине и др.

Ордынские ханы начинают использовать ислам с его одним из основных положений — «повинуйтесь богу и тем, кто имеет власть» — в своих целях. Следует подчеркнуть и положительное значение этого явления, ибо вместе с исламом в Орду и среду ордынской знати проникает и высокая для того времени арабская, среднеазиатская и булгарская культура. Булгар и окрестности бывшей столицы Булгарии Великого города в это время начинают превращаться в места мусульманского поклонения — своеобразного малого хаджа. В последней четверти XIII века в Булгаре воздвигаются рядом с соборной (джами) мечетью два мавзолея: северный (Монастырский погреб) и восточный (церковь св. Николая), а на горе Балынгуз к северу от развалин Великого города также воздвигается мечеть и появляются первые мавзолеи, в том числе, очевидно, и Маалюм Ходжа (искаженное Балынгуз).

После смерти Менгу-Тимура в 1280 г. в Орде разгорается первая феодальная междоусобица, длившаяся более 30 лет, т. е. до начала правления Узбека, севшего на ордынский престол в начале 1313 г. В это время вновь усиливается стремление завоеванных монголами земель, в прошлом экономически и политически развитых, каковой была прежде всего Волжская Булгария, к самостоятельности. Волнениям в Золотой Орде способствовало и то, что в конце XIII — начале XIV вв. в Поволжье отмечается несколько сильных засушливых периодов, более неблагоприятных для кочевников, чем для лесостепных народов. Как считают специалисты, наиболее тяжелыми в этом отношении были 1282–1284, 1298–1299 и 1309–1312 годы.

В этих условиях в Булгарии, особенно в ее основной части, наблюдается стремление как к экономической, так и политической свободе. Прежде всего, это сказывается на чеканке булгарских монет, на которых перестают ставить имена ханов, они становятся анонимными или в лучшем случае на них ставится почетное прозвище «Насир лид-Дин Аллах» — «помощник веры и аллаха».

Хотя в Булгарии еще и сохраняется практика сбора ордынской дани, но она, как и на Руси, все более и более собирается местными откупщиками, так называемыми тамгачи. Интересно надгробие 1314 г. из села Большие Тарханы, в эпитафии которого отмечено: «Давший воспитание ученым и любивший их, мечети строивший и много благодеяний совершивший, бедных любивший, Ходжи сына, Госмана, сын, сборщик податей Ибрагим Суварский». Возможно, в связи с этим, как полагает М. Сафаргалиев, были сокращены размеры самой дани. А дань эта, называемая каланом, обычно собираемая с земли и вообще с оседлого населения, была достаточно велика — до 30, а иногда и до 50 % урожая или доходов.

Тогда же усиливается стремление к освобождению от налогов, о чем свидетельствует, по мнению Г.А. Федорова-Давыдова, восстановление института тарханства и начало функционирования института сойургала (суарли у булгар). Так назывались служилые люди, освобожденные от многих налогов и повинностей государем той или иной страны. Интересно в этом отношении надгробие 1322 г. из Болгар, поставленное на могиле Сатылмыша, сына «суарли Азнаба».

Это надгробие свидетельствует еще об одном важном процессе в булгарской среде конца XIII — начала XIV вв. — о попытках восстановления титулов булгарских князей (беки), в том числе и владетельных (эмиры). В связи с этим, кроме уже упомянутого надгробия Хасанбека, сына эмира Махмуда из окрестностей Казани, упомянем о надгробии из Болгар 1323 г., поставленном на могиле «эмира Буляртая, сына Булемшах-бека», очевидно, правившего не позднее начала XIV века. Скорее всего, он был владетельным князем в Биляре, а похоронили его в священном для булгар Булгаре. Интересно и то, что его отец Булемшах титуловался еще беком, а он сам уже эмиром.

То, что титул бека в конце XIII века становится в Булгарии достаточно обычным, свидетельствует и надгробие 1291 г., поставленное вместе с одним из самых красивых мавзолеев в Булгаре (см. Восточный мавзолей или церковь Святого Николая) на могиле «Сабирыилчи дочери Бураш-бека». В это же время начинают достаточно часто упоминаться и наиболее активные приближенные булгарских князей — представители княжеской дружины, называвшиеся йори (ювари) — «муж войны» или «военный человек» по Х. Фейзханову. Причем, это нередко был и наследственный титул. Интересно надгробие 1329 г. из Булгар, поставленное на могиле дочери Йусуфа-йори, сына Ахмеда-йори с тахаллусом Мюн-Бюлер Балимар. Возможно, что это были военачальники князей, сидевших в Биляре.

Но представители этого военного сословия имелись и в других местах Булгарии, о чем свидетельствует надгробие 1317 г. из Ямбухтина, поставленное на могиле Буджука сына Мэмке-йори. Некоторые из них получали и более высокое звание богатыря — Алпа (см. надгробие Урум-Алпа, сына Оураза из Болгар 1309 г.), на основе чего затем складывалось булгарско-казанское служилое сословие — так называемые алпавыты (помещики) или ходжи (см. надгробие йори Клоча, сына Ар-ходжи).

Именно на рубеже XIII–XIV веков из этого привилегированного сословия выдвигались булгарские чиновники и юристы, что говорит о попытках восстановления автономного государственного аппарата, причем не только в центре, но и на местах. В связи с этим представляет интерес надгробие 1311 г., поставленное на кладбище в окрестностях Джукетау (ныне старое мусульманское кладбище Чистополя) на могиле Исмагила, сына Маджар-кази, «давшего воспитание ученым, любившего набожных, мечети воздвигавшего, множества благих дел совершившего». К этому же времени, очевидно, относится надгробие Карсак-кази, сына Алп-ходжи, выявленное в окрестностях Урсаево Азнакаевского района.

В 1291 г. на ханский престол в Золотой Орде сел Токта, но и при нем еще продолжаются феодальные распри, то усиливавшиеся, то ослабевавшие. Лишь в конце правления Токты