Настрадавшись во время осады, Ксения — Ольга не захотела больше оставаться в Троице-Сергиевом монастыре. Вместе с другой постриженицей из царского рода, Марфой Владимировной, дочерью удельного князя Владимира Старицкого, она отправилась в Новодевичий монастырь. Он был совсем рядом со столицей и казался более безопасным местом. Царевне хотелось поселиться в покоях своей тетки, Ирины — Александры, вдовы царя Федора Ивановича, у которой прежде она часто гостила. У нее сохранились самые лучшие воспоминания о тех днях.

Местные монахини дали ей кое-что из утвари тетки, пожалованной в монастырь Б. Ф. Годуновым. Ксения — Ольга немного приободрилась и даже стала подумывать, что наконец-то ее жизнь вновь войдет в спокойное русло. Но это была всего лишь очередная иллюзия.

В апреле 1610 года внезапно скончался полководец-освободитель М. В. Скопин-Шуйский. Москвичи стали поговаривать, что его отравила на пиру тетка царевны Екатерина Григорьевна, пожелавшая устранить соперника своего мужа, метившего на царский престол (у В. И. Шуйского не было детей-наследников). Несомненно, эти слухи достигли Новодевичьего монастыря и сразу испортили отношение к Ксении — Ольге остальных монахинь. Вновь все стали говорить, что ее род несет Руси одни беды.

Действительно, Д. И. Шуйский, после Скопина возглавивший царское войско, бездарно проиграл Клушинскую битву польскому гетману С. Жолкев-скому и этим подписал приговор и себе, и своему брату царю. Недовольство Шуйским достигло предела. 17 июля дворяне свергли его с престола, постригли в монахи и вместе с братьями отдали в польский плен. Царевна лишилась поддержки своей влиятельной тетки, поскольку Екатерина Григорьевна также была отправлена в Польшу.

Вскоре монахини Новодевичьего монастыря вновь оказались под угрозой захвата поляками. Двигаясь к столице, гетман Жолкевский подошел к городу со стороны монастыря и расположился со своим войском неподалеку. На этот раз защищать обитель было некому.

Но поляки не стали заниматься грабежом и насилием, они вступили с московскими боярами в переговоры по поводу воцарения королевича Владислава и были заинтересованы в том, чтобы произвести на возможных подданных наилучшее впечатление. Через некоторое время договор был подписан, и страну стали приводить к присяге новому государю. Однако не все русские люди смирились с тем, что ими будет править поляк-католик. По призыву патриарха Гермогена многие городовые воеводы стали объединяться в ополчения для изгнания поляков с русской земли. К тому времени в Москве уже стоял польский гарнизон, а отправленное к Сигизмунду Смоленское посольство было арестовано.

К Первому ополчению присоединились и бывшие тушинцы, лишившиеся своего государя-самозванца. В марте 1611 года они подошли к Москве, собираясь начать штурм крепостных стен. На пути их оказался Новодевичий монастырь. Это вновь заставило многострадальных монахинь испытать чувство страха. Начались бои около стен Белого города, проходившие совсем неподалеку. Только к лету обстановка немного улучшилась. Белый город был взят, поляки со своими сторонниками оказались запертыми в Китай-городе и Кремле.

Однако вскоре обитатели Новодевичьего монастыря узнали, что им стоит опасаться не только интервентов, но и своих освободителей. После гибели одного из руководителей ополчения, П. И. Ляпунова, казаки под руководством И. Заруцкого занялись грабежами. Новодевичий монастырь показался им ценной добычей. Они разворовали всю ценную церковную утварь, сорвали с икон дорогие оклады, забрали дорогие ткани. Не пощадили они и монахинь. Молодых и красивых увели в свой лагерь для любовных утех, а богатых и знатных ограбили до нитки. В их числе оказалась и Ксения — Ольга. Та же участь постигла и Марфу Владимировну. Они оказались и без крыши над головой, так как казаки сожгли все деревянные монастырские постройки.

В страхе бедные монахини пришли в полное уныние и были готовы тут же распрощаться с жизнью. Второй руководитель ополчения, князь Д. Т. Трубецкой, сжалился над ними и повелел под охраной отвезти подальше от полей сражения во владимирский Княгинин монастырь. Его в самом начале XIII века основала жена Всеволода Большое Гнездо Мария Ясыня для женщин знатного рода. Хотя все его постройки были древними, содержался он на казенный счет и был достаточно безопасным местом.

Только на Владимирской земле несчастная дочь Бориса Годунова обрела относительный покой. Там она познакомилась с подругами по несчастью: двумя постриженными женами царевича Ивана Ивановича — Евдокией Юрьевной Сабуровой и Прасковьей Михайловной Соловой, а также с Марией Петровной Буйносовой, постриженной женой В. И. Шуйского, которую бояре из уважения к ее заслуженному роду не отдали в польский плен. Прасковья Соловая уже давно жила в Княгинином монастыре, остальные — в Покровском в Суздале.

Владимирский воевода А. И. Измайлов, как мог, заботился о знатных монахинях. Выделял им необходимое количество продуктов, поставлял дрова, нанял слуг. Здесь Ксения — Ольга снова занялась чтением книг, рукоделием. Вместе с другими царицами и царевнами она любила проводить время в беседах о пережитом, о превратностях человеческих судеб, о Божьем промысле.

В феврале 1613 года все с радостью узнали, что после освобождения Москвы от поляков новым государем избран юный Михаил Федорович Романов, приходившийся царю Федору Ивановичу двоюродным племянником. Появилась надежда, что со Смутой будет покончено навсегда и вернутся прежние времена спокойствия, довольства и процветания.

Уже в следующем голу выяснилось, что мать нового царя, Великая государыня старица Марфа Ивановна, решила покровительствовать всем знатным постриженицам. Она стала присылать в Княгинин монастырь подарки для Прасковьи, Марфы и Ксении — Ольги. Потом Прасковью перевели в Ивановский монастырь в Москве, где ее жизнь стала много лучше. Мария Буйносова переехала в восстановленный Новодевичий монастырь. Марфа Владимировна до улучшения своей жизни не дожила. Ксения — Ольга осталась в Княгинином монастыре, поскольку Марфа Ивановна недолюбливала весь ее род, помня о том, что именно Борис Годунов постриг ее в монахини и обрушил на всю семью жесткие репрессии.

Но царевна не держала на нее зла. Она уже не ждала от жизни радости или каких-либо счастливых перемен. Ей казалось, что все в прошлом и нужно думать только о будущей вечной жизни. Поэтому ежедневный пост, молитвы и ночное бдение стали ее образом жизни. Этим она надеялась замолить все грехи отца и своих родственников.

Через несколько лет красота ее полностью поблекла, а тело высохло. Желая быть погребенной рядом с родными, она попросила дальнего родственника Вельяминова перенести ее останки в Троице-Сергиев монастырь и отдать немногочисленное имущество на помин души. Распорядившись обо всем, в 1622 году многострадальная царевна тихо скончалась. Родственник выполнил ее просьбу и захоронил рядом с матерью, отцом и братом. Ныне усыпальница Годуновых находится рядом с Успенским собором Троице-Сергиева монастыря, напоминая всем верующим о трагической участи первого избранника