Сначала Ли искал способ обойти грозную позицию Портера с фланга. Он поскакал влево и решил перебросить туда две резервные дивизии Лонгстрита и А. П. Хилла для атаки с целью отрезать Портеру линию отступления. Это был смелый шаг, который мог бы увенчаться успехом - Лонгстрит, конечно, так и думал, - но около 16:00, когда две дивизии были еще в движении, Ли получил сообщение, что федеральные повозки с припасами и боеприпасами находятся в движении, что указывало на возможное отступление Портера. В это же время Магрудер, задержавшийся из-за того, что его проводник выбрал не ту дорогу, прибыл на позицию справа, где обнаружил, что Армистед уже выдвинул свою бригаду вперед и ведет тяжелые бои. Ли опасался, что "враг уходит от нас", как выразился Лонгстрит. Полагая, что все его командиры получили и готовы выполнить его приказ от 13:30, Ли передумал насчет "поворотного движения" слева и быстро продиктовал второй приказ, призывая всех своих командиров "быстро продвигаться вперед", то есть к общему наступлению на центр и правую часть войск Союза, надеясь настичь федералов при их отступлении.

Но они не отступали. Магрудер, получивший приказ Ли в 13:30, еще находясь на дороге, увидел, что бригада Армистеда ведет бой, и, следуя приказу, воспринял его как сигнал к немедленному наступлению, хотя его артиллерия все еще оставалась далеко позади. Вскоре весь центр и правая часть армии Ли, отреагировав на шум тяжелых боев справа, двинулись вперед, чтобы атаковать позиции союзников, несмотря на непрерывную линию федеральной артиллерии, стоящей перед ними.

В результате произошла затяжная катастрофа, которая продолжалась до самого вечера. Д. Х. Хилл позже писал: "Это была не война - это было убийство". Постоянные атаки полков Конфедерации на непрерывную линию орудий, хотя и были "грандиозно героическими", привели в ужас даже артиллеристов Союза. Один из солдат Союза написал домой, что один из артиллеристов сказал ему: "Было ужасно видеть, как мятежники наступают в линию глубиной в десять человек... . . Он сказал, что у него заболело сердце, когда он увидел, как они прорубают через них дороги в некоторых местах шириной в десять футов". Малверн-Хилл запомнился тем, кто пережил его, как самое ужасное сражение, которое когда-либо вела армия Северной Вирджинии, хуже даже Антиетама и Геттисберга. Как только начался штурм, сражение вышло из-под контроля Ли и продолжалось до наступления ночи под "душераздирающие крики агонизирующих мальчиков на склоне холма". Описания битвы и ее кровавых последствий, будь то репортеры или солдаты в письмах домой, неизменно вызывают ужас. Спустя годы Лонгстрит, который был сторонником атаки, но впоследствии изменил свое мнение, высказал более холодную оценку: "Результатом сражения стал отпор конфедератов по всей линии и гибель нескольких тысяч храбрых офицеров и солдат". Потери конфедератов были в три раза выше, чем у федералов, * , и Портеру удалось ночью переправить своих людей и артиллерию в безопасное место на реке Джеймс.

Ли прекрасно понимал, что потерпел неудачу. Когда он собрался писать отчет о кампании, то отметил: "При обычных обстоятельствах федеральная армия должна была быть уничтожена", что было вполне справедливо - и у Гейнс-Милл, и у Фрейзерс-Фарм была возможность для решающей победы, которая ускользнула от его внимания. Большинство историков и биографов, особенно южных, не любят возлагать вину на Ли. Они склонны возлагать вину на более крупные и лучше снабженные федеральные силы, и кампания на полуострове не является исключением - даже Малверн-Хилл рассматривается через фильтр южного героизма (потрепанная пехота снова и снова бьет артиллерию северян), но поражение там было совершенно очевидно результатом беспорядочных и противоречивых приказов Ли, почти полного отсутствия координации между дивизиями и бригадами, плохих карт и отсутствия четкого плана по концентрации всех сил Ли в едином мощном натиске. В очередной раз люди Джексона, все 18 500 человек, практически просидели в сражении в качестве наблюдателей, разместившись в крайнем правом углу линии Союза, где они не могли принести никакой пользы, как будто, разместив их там, Ли просто забыл о них. Довольно типично, что генерал Ричард Тейлор, который был там, позже написал, что утром армия Макклеллана оказалась "на неприступной позиции" у Харрисонс-Лэндинг на реке Джеймс, а затем продолжает: "Стратегия, продемонстрированная стороной Конфедерации, была великолепна", не замечая противоречия.

Часто утверждают, что Ли научился у генерала Уинфилда Скотта тому, что задача командующего заключается лишь в том, чтобы привести свою армию в нужное место в нужное время для сражения, после чего командиры корпусов на месте должны сами решать, что делать. Однако Скотт принимал гораздо большее участие в принятии решений на поле боя, чем Ли при Малверн-Хилле, и его приказы были гораздо более конкретными после начала сражения. Ли был самым смелым и талантливым разведчиком Скотта, и именно его талант вести разведку в тылу врага впервые привлек к нему внимание Скотта; но теперь у него не было такого человека, на которого можно было бы положиться. Трагедия Ли заключается в том, что, хотя его штаб был предан, восхищен, даже боготворим, в нем не было такого человека, как молодой капитан Роберт Э. Ли.

Той ночью, когда Ли проезжал через ряды конфедератов, он проехал мимо генерала Магрудера, который как раз готовился "лечь на расстеленные для него одеяла".

Ли остановил свою лошадь и спросил: "Генерал Магрудер, почему вы напали?"

Магрудер ответил: "Повинуясь вашему приказу, дважды повторенному".

Сообщается, что Ли больше ничего не сказал. Да и что он мог сказать? У Магрудера были свои недостатки, и он утратил всякое доверие Ли, но он не ошибался. Более мудрый и предусмотрительный генерал мог бы усомниться в том, что Ли хочет, чтобы он штурмовал несокрушимую линию Союза с ее артиллерией, но поскольку Магрудер уже опоздал с прибытием на поле боя из-за изменений в приказах Ли, он вряд ли захотел бы усугублять задержку, посылая адъютанта, чтобы найти Ли и спросить, хочет ли он по-прежнему штурмовать.

Несмотря на неудачную попытку Ли уничтожить Потомакскую армию, южане все равно считали, что он добился триумфа. Всего за неделю он снял угрозу с Ричмонда, захватил 10 000 пленных федералов, 52 орудия и более 30 000 единиц стрелкового оружия и отбросил Потомакскую армию на болотистую косу, где, конечно, она была в безопасности от нападения, но откуда она больше не могла угрожать Ричмонду. Это было выдающееся достижение, но это была не та победа, которую хотел Ли или которая была нужна Конфедерации.

Газета New York Times отметила, что,