На Пиренейском полуострове духовно-рыцарские ордена продолжали войну с маврами, но уже подчиняясь непосредственно местным монархам. В Кастилии ордена Сантьяго, Алькантары и Калатравы отвоевывали и защищали земли от нападения мусульман. Орден Алькантары к тому же охранял границу с Португалией в районе Эстремадуры. Все испанские ордена участвовали в знаменитой битве у реки Сальдо в 1340 году, в результате которой испанцы заняли стратегически важную крепость Альгасир. За последующие полтора столетия Реконкиста ограничивалась периодическими рейдами по территории последних владений мавров в Гранаде. И наконец в 1492 году объединенные испанские силы окончательно вытеснили мусульман с Пиренейского полуострова.

После этого испанские рыцарские ордена еще долгое время сохраняли свое влияние и богатство. Госпитальеры являлись самыми крупными землевладельцами в Арагоне, а в Кастилии ордену Алькантары принадлежала половина всех земель в провинции Эстремадура. Постепенно руководство орденов все больше втягивалось в местные политические интриги. Короли и знать упорно старались протолкнуть на магистерские должности своих сыновей — законных и незаконных. В период между 1487 и 1499 годами все кастильские ордена перешли под королевский контроль, а орден Монтесы был присоединен к арагонской короне в 1587 году.

В Португалии орден тамплиеров, с папского разрешения, целиком перешел во вновь созданный королем Дионисием орден Христа. Здесь рыцари также находились под контролем португальских монархов, которые могли назначать на должность магистра своих сыновей или придворных фаворитов. Принц Генрих Мореплаватель, сын Жуана I, взошедший на трон в 1418 году, воспользовался богатствами ордена для организации многочисленных морских экспедиций, в том числе вдоль побережья Африки до мыса Доброй Надежды и далее — до Индии и Китая. В XVI веке полный контроль над орденами перешел к королям, а поскольку в новых папских указах заметно смягчались требования к умеренности во всем, целомудрию и послушанию рыцарей-монахов, то членство в ордене стало просто делом чести и престижа.

Единственным орденом, который по-прежнему активно участвовал в священной войне против мусульман, оставались госпитальеры. В период магистерства Фулько де Вилларе и процесса над тамплиерами они хранили молчание — отчасти из страха навлечь на себя гнев Филиппа Красивого, а отчасти из-за надежды поживиться наследством храмовников. Как же им удалось выжить? Если Гильом Ногаре и вправду происходил из семьи катаров, то, вероятно, он питал к госпитальерам симпатию как к защитникам еретиков во время Альбигойского крестового похода. Тем более что мало кто верил, будто святотатство, ересь и содомия — грехи, присущие исключительно ордену тамплиеров и не свойственные другим монашеским братствам. Однако в отличие от тамплиеров у госпитальеров на службе состояло немало квалифицированных адвокатов, а их резиденция на Родосе находилась вне досягаемости властей. Кроме того, их готовность взять на себя роль лидеров в крестоносной экспедиции отвечала интересам как короля Филиппа IV, так и папы Климента V.

Несмотря на постоянные размолвки между тамплиерами и иоаннитами, отсутствуют свидетельства, что госпитальеры злорадствовали, наблюдая расправу над рыцарями-храмовниками. Различия между орденами всегда были незначительны, и орден Госпиталя относился к храмовникам с уважением. То, что они унаследовали часть собственности тамплиеров, заметно укрепило их престиж, и не столько из-за солидной стоимости этого наследства, сколько потому, что им предстояло продолжить благородное дело своих коллег. Вкупе с их прежними владениями новые земельные приобретения — несмотря на «урезания», сделанные жадными руками Филиппа Красивого и других европейских монархов, — заметно подняли общественный вес ордена, однако, как и предсказывал Жак де Моле, отсутствие конкуренции привело его к постепенному упадку и саморазрушению. В 1343 году папа Климент VI сетовал, что, «по единодушному мнению духовенства и мирян», госпитальеры ничего не делают для реальной защиты христианской веры, и даже предложил создать новый орден, передав ему часть их собственности.

В 1522 году базу госпитальеров на острове Родос захватили турки-оттоманы, и взамен император Карл V в 1530 году предложил им переселиться на Мальту. В 1565 году их столицу, город Валлетту, снова осадили турки, но в результате героической обороны под руководством Великого магистра Жана де Паризо Ла Валлетта госпитальерам удалось удержать крепость, потеряв убитыми двести пятьдесят рыцарей из полуторатысячного гарнизона, и после пятимесячной осады турки отступили. А шесть лет спустя корабли госпитальеров приняли участие в битве у мыса Лепанто, где оттоманский флот был разгромлен.

В XVII веке госпитальеры, к тому времени более известные как мальтийские рыцари, создали мощный флот, который успешно отбивал атаки мусульман с моря и совершал прибыльные набеги на принадлежавшие туркам североафриканские порты. Гребцами на галерах, как правило, были рабы, а капитанами — молодые аристократы из стран, где имелись орденские владения; впоследствии эти капитаны — после выхода на пенсию — становились управляющими многочисленных европейских командорств. Членство в ордене служило удобной синекурой для выходцев из дворянских семей, обеспечивая им безбедное существование. Жизнь в мальтийской столице Валлетте, по словам историка Родерика Кавальеро, была весьма однообразной: «Скука — именно таким словом можно охарактеризовать жизнь на острове. Общая атмосфера, царившая среди городской верхушки, характеризовалась бездушной чопорностью наряду с мелочной и суетливой заботой о дисциплине и соблюдением субординации».

В конце XVIII века разложение ордена госпитальеров достигло критической точки, и ранее неприступная крепость была взята Наполеоном Бонапартом практически без сопротивления, за один день. Из трехсот двадцати двух рыцарей, составлявших городской гарнизон, пятьдесят были слишком стары, чтобы взять в руки оружие. Как впоследствии прокомментировал Наполеон, «хотя номинально крепость обладала всем необходимым для защиты, но моральный дух полностью отсутствовал». К тому времени, когда французский император потерпел окончательное поражение под Ватерлоо, Мальта была оккупирована британцами, которые вовсе не собирались возвращать остров оставшимся там госпитальерам. После отставки Великого магистра Фердинанда ди Гомпеша, не сумевшего защитить свои владения, на место Великого магистра рыцари святого Иоанна неожиданно избрали российского императора Павла I, надеясь на его покровительство, — тот, по словам Джонатана Райли-Смита, «не был ни католиком, ни целибатом, ни членом братства, а был просто сумасшедшим».

За этим последовал период, который специалисты назвали «самым печальным двадцатилетием за всю историю ордена, которое было заполнено мелкими эгоистичными склоками, что приводило к постоянным скандалам». Однако позднее, уже в XIX веке, орден вернулся к той благотворительной миссии, ради которой когда-то и создавался, — бескорыстной помощи больным, бедным и немощным. В таком виде он дожил до наших дней.

Сегодня мальтийские рыцари были бы просто вынуждены отказаться от своих военных функций, поскольку католическая церковь официально отринула идею крестовых походов: на втором Ватиканском соборе было открыто заявлено