Морозов фактически возглавил правительство Руси. Три года, с 1645 по 1648 год, можно назвать временем полного торжества этого боярского временщика, ставшего в этот период самым богатым человеком на Руси, сумевшим даже породниться с Царём. Взяточничество и казнокрадство приобрели невиданные до того размеры. Как писал известный немецкий путешественник и учёный Адам Олеарий (в 1643 году ездил в Москву и описал свои путешествия), «кто больше всего приносил подарков Борису Ивановичу Морозову, тот с милостивой грамотой, весёлый возвращался домой».

Описывая тридцатилетнего Царя Алексея, англичанин Самуэль Коллинс, служивший в 1659–1667 годах лекарем при Царском дворе, написал: «Наружность Императора красива; он двумя месяцами старее Короля Карла II и здоров сложением; волосы его светло-русые, он не бреет бороды, высок ростом и толст; его осанка величественна; он жесток во гневе, но обыкновенно добр, благодетелен, целомудрен, очень привязан к сестрам и детям, одарен обширной памятью, точен в исполнении церковных обрядов, большой покровитель веры; и если бы не окружало его густое облако доносчиков и бояр, которые направляют ко злу его добрые намерения, то его, без сомнения, можно бы было поставить наряду с добрейшими и мудрейшими государями».

Англичанин был прав в том отношении, что «ближние бояре», особенно первой поры царствования, творили немало недобрых дел, тень от которых неизбежно падала и на Самодержца. И здесь особо неприглядное место принадлежало боярину Борису Морозову.

Морозов играл важную роль и при выборе невесты для Царя Алексея Михайловича. В начале 1647 года Государь задумал жениться. Собрали до двухсот девиц; из них отобрали шесть и представили Царю. Алексей Михайлович остановил свой выбор на красавице Евфимии Фёдоровне Всеволожской (1630–1657), дочери касимовского помещика; она перед свадьбой была помещена в кремлёвском царском тереме «наверх» (дворцовая половина Царицы).

При одевании в первый раз в царскую одежду сенные девушки так затянули волосы на голове Всеволожской, что, взволнованная и без того, красавица упала в обморок при женихе. Естественно, поползли слухи, что молодую, недавно цветущую здоровьем девицу извели злые люди по дьявольскому наущению. Современник событий Григорий Котошихин, будущий известный русский эмигрант (†1667), написал, что царскую невесту завистники из других знатных боярских родов «опоили отравами».

Царь был потрясён, а всесильный боярин Морозов приписал обморок «падучей болезни», обвинив отца невесты в умолчании о «порченой» дочери и сослал его со всей семьей в Тюмень. После женитьбы Царя на Милославской всем Всеволожским было объявлено прощение…

Происшествие с невестою так подействовало на Царя, что он несколько дней не ел ничего и тосковал, а боярин Морозов стал развлекать его охотами. Молва, однако, приписывала несчастья Всеволожской козням этого боярина, который боялся, чтобы родня будущей Царицы не отодвинула его от рычагов управления страной, а следовательно, и от источника имущественного благополучия.

Морозов всеми силами старался остаться навсегда у Алексея Михайловича первым и главным советником, удаляя от двора всякого, кто не был ему покорен. Одних посылали подалее на воеводства, а других – в ссылку. Последнего рода участь постигла тогда одного из самых близких людей к Царю, его родного дядю по матери С.Л. Стрешнева (1616–1666). Царского дядю обвинили «в волшебстве» и сослали в Вологду; Алексей Михайлович не мог ещё перечить своему всесильному наставнику.

Для упрочения своей власти Морозову хотелось женить Царя так, чтобы новая родня была с ним близка; и он нашёл подобный способ. Был у него верный, лично ему преданный подручник, незнатного роду дворянин Илья Данилович Милославский (1595–1668), у которого имелись две красивые дочери: Мария и Анна. Морозов составил план: выдать одну из них за Царя, а на другой жениться самому.

Боярин расхвалил дочерей Милославского и предоставил Царю случай увидеть их в Успенском соборе на литургии. Самодержец засмотрелся на Марию, пока она молилась. Вслед за тем Алексей Михайлович повелел позвать её с сестрою к царским сестрам, явился туда сам и, разглядевши поближе, нарек её своею невестой. Эта партия была необычной и вызвала различные слухи о том, что «Царя околдовали», «опоили зельем». Ведь избранница Царя была на три года его старше! Такого в истории Царского Дома ещё не бывало.

16 января 1648 года Алексей Михайлович сочетался браком с Мариею Ильиничною Милославской (1624–1669). Свадьба эта, сообразно набожным наклонностям Царя, отличалась тем, что вместо игры на трубах и органах, вместо битья в накры (литавры), как это допускалось прежде на царских свадьбах, певчие дьяки распевали стихи из праздников и триодий.

Брак этот оказался в полной мере счастливым; Алексей Михайлович нежно любил свою жену все двадцать один год супружества. Супругов несомненно сближало то, что оба были ревностными, полноправными православными людьми. Мария, считавшая своей небесной покровительницей Марию Египетскую, была столь же последовательной и столь же непримиримой, как и супруг, в соблюдении церковного обряда, в исполнении всех обиходных норм благочестивого жизнеустроения. Она много и всегда с открытой душой помогала бедным и неимущим, опекала своей заботой некоторые обители и храмы. В народе Мария Ильинична пользовалась почитанием; её называли «благочестивой» и «церкволюбивой».

В летописи чудес от иконы Богородицы в Успенском девичьем монастыре Александровской слободы сохранилось предание о явлении покровительницы монастыря Царицы Марии монахиням обители. Это бесхитростно-трогательное и эмоциональное повествование – свидетельство высокого почитания Марии Милославской в православной среде.

«Прихожанка некая девица именем Мавра из слободы Александровы, била челом отцу Корнилию (настоятелю храма), приходя в монастырь 5 лет, дабы её принял во святую обитель и причёл ко избранному стаду. Отец же Корнилий, видев её слезы и прилежное прошение, принял её. Она же поживе лето едино, отец же Корнилий возложи на неё ангельский образ. Она же жила 11 лет в монашестве, в тяжких трудах и службах монастырских. По сем диавольским наваждением, от неразумия своего, прокляла жизнь свою. И в тот час ударилась о землю, и пребывала в той болезни лютой годичное время. Видя же себе толико страждущую сильно, начала со слезами молится Богу и Пресвятой Богородице с великою верою и с сокрушенным сердцем. По сем видит в видении благоверную Царицу Марию Ильиничну со двумя ангелами, среди трапезы стоящую. Монахиня же затрепетала. Благоверная (Царица) говорит ей: «Старица, приближься ко мне». Она же рече: «Не смею, госпожа моя, приближаться к тебе, понеже заповедано нам от наставника нашего не приближаться к Вашему Царскому Величеству». Рече же ей Царица: «Приближься ко мне, не бойся». Она же, пришедши и припав к честным ногам её, и начала со слезами молится. Благоверная же Царица и Великая княгиня Мария Ильинична